– подрыв их на минах, сорванных штормом со своих оборонительных минных заграждений и дрейфовавших через позиции подводных лодок;
– гибель подводных лодок при возвращении с дозора на оборонительных минных заграждениях, выставленных в заливе Петра Великого, из-за навигационных ошибок или не учета гидрометеорологических условий.
В конце 1941 года подлодки Л-14, Л-15, Л-16 перебазировались на Камчатку.
В зимние месяцы подводные лодки продолжили отработку подледного плавания и использования оружия и технических средств в условиях низких температур. 11 декабря 1941 года три подводные лодки под руководством командира бригады поочередно вышли подо льдом из бухты Улисс, прошли подо льдом до кромки ледяного поля восточнее острова Скрыплева.
1942 год
С целью сокращения штатной численности флота и выделения личного состава в действующую армию и флот в конце 1942 года был расформирован ОУДПЛ. Большая часть достраивавшихся и капитально ремонтирующихся подводных лодок из его состава передали в 1 – ю БПЛ.
25 апреля в ходе отработки задач Боевой подготовки столкнулись подводные лодки Л-8 иЛ-17 18 июля 1942 года на подводной лодке Щ-138 произошел взрыв запасных стеллажных торпед во втором отсеке. В результате взрыва была полностью уничтожена носовая часть подводной лодки. Механизмы и оборудование первого, второго, третьего и частично четвертого отсеков, а также часть прочного и легкого корпуса были разорваны на крупные и мелкие куски и отброшены взрывом на расстояние 500-1000 метров. После взрыва подводная лодка Щ-138 затонула. Прочный корпус стоявшей рядом подводной лодки Щ-118 от взрыва на соседней лодке был разрушен, в левом борту образовалась большая пробоина. До взрыва подводная лодка Щ-118 стояла с открытыми верхним рубочным люком и люком первого отсека, были открыты и переборочные двери между всеми отсеками. Вода быстро затопила прочный корпус с первого по пятый отсеки, и подводная лодка затонула у пирса. Команда в количестве 20 человек оказалась загерметизирована в шестом и седьмом отсеках. Через пять часов после подъема кормовой части подъемным краном подводников удалось вывести наружу. В результате взрыва на двух подводных лодках погибло 44 подводника.
4 сентября 1942 года ГКО приняло решение об усилении Северного флота за счет перевода с ТОФ шести подводных лодок. Для этого выделили две подводные лодки тип «Л» XIII серии (Л-15 и Л-16) и четыре подводные лодки тип «С» IX-бис серии (С-51, С-54, С-55, С-56). Подводные лодки тип «Л» вышли 29 сентября из Петропавловска-на-Камчатке в Датч – Харбор. Подводные лодки тип «С» в период с 5 по 14 сентября совершили переход из Владивостока в Петропавловск-на-Камчатке, а затем в Датч – Харбор.
11 октября в Тихом океане во время перехода с Тихоокеанского на Северный флот погибла подводная лодка Л-16. На переходе из Датч-Харбора в Сан-Франциско подводная лодка Л-16, шедшая головной, внезапно взорвалась. С дифферентом на корму 45° она начала быстро погружаться в воду и менее, чем за минуту, затонула. Сигнальщики Л-15 обнаружили два перископа на расстоянии около 10 кабельтовых, а артиллеристы успели выпустить несколько снарядов. Обстоятельства гибели подводной лодки Л-16 до сих пор до конца неясны. После войны ответственность за потопление Л-16 взял на себя командир японской подводной лодкой 1-25 Мейдзи Тагами. Японская подводная лодка возвращалась из района ведения боевых действий у побережья Америки и, обнаружив подводные лодки, выстрелила по ним последнюю оставшуюся торпеду, считая корабли американскими. Радиостанция в Токио 27–28 декабря 1942 г. сообщала о потоплении японской подводной лодкой одной из американских подводных лодок. Судя по времени и месту атаки, это могла быть только Л-16. Погиб весь экипаж.
Другой версией гибели Л-16 считается ошибочная ее атака американской подводной лодкой SS31, вышедшей из Датч-Харбора накануне. Перископы американской подводной лодки очень походили на перископы, показавшиеся из воды перед атакой и обстрелянные артиллеристами советской подводной лодки Л-15.
1943 год
В 1943 году в 1-й БПЛ был создан учебный дивизион. В ходе плановой боевой подготовки 3 сентября 1943 года в результате столкновения подводных лодок Щ-128 и Щ-130 затонула подводная лодка Щ-130 (впоследствии поднята). В результате аварии погибло 2 человека.
Схема развертывания подводных лодок Тихоокеанского флота в войне с империалистической Японией.
1944 год
В сентябре 1944 года 1-я ОДПЛ в бухте Находка преобразовали в 4-ю БПЛ, состоявшую из двух дивизионов подводных лодок тип «Щ».
В марте на основании приказа Народного комиссара ВМФ №-002 от 2 февраля 1944 года с целью получения боевого опыта экипажами подводных лодок Тихоокеанского флота и смены наиболее уставших команд подводных лодок Северного и Черноморского флотов произведена замена экипажа подводной лодки Л-2 °CФ на экипаж подводной лодки Л-19 ТОФ. Команда подводной лодки Л-19 сдала свою подводную лодку и убыла на Северный флот. Приняв подводную лодку Л-20, тихоокеанская команда участвовала в Боевых действиях, совершила несколько Боевых походов. На подводной лодке Л-19 была сформирована новая команда, командир – капитан 3 ранга А.С.Кононенко.
Команда подводной лодки М-16 была переведена на Черноморский флот. Приняв подводную лодку М-111, тихоокеанская команда завершила ремонт подводной лодки и приняла участие в Боевых действиях против немецко-фашистских захватчиков. Подводная лодка выполнила пять походов. В первом походе (11–19 апреля 1944 года) у мыса Тарханкут М-111 атаковала конвой противника. В ходе атаки подводная лодка не удержалась на заданной глубине и дала обнаружить себя сопровождавшему конвой самолету, суда конвоя уклонились от выпущенных торпед. М-111 подверглась преследованию кораблями охранения, успешно уклонилась от глубинных бомб и вернулась в Туапсе. Во втором боевом походе (19 – 24 мая 1944 года) подводная лодка действовала на позиции у румынского порта Констанца, по данным воздушной разведки вышла в атаку на караван возвращающихся в порт судов. Торпедный залп оказался неудачен, торпеды выскочили на поверхность, были обнаружены, цель успела уклониться. Подводная лодка была контратакована и получила повреждения. Всплыв через полтора часа, вновь подверглась атаке немецким самолетом, уклонилась от сброшенной торпеды. После возвращения в Очамчири командование засчитало М-111 победу. В третьем боевом походе (26 апреля – 6 мая 1944 года) подводная лодка под перископом вышла в атаку на немецкий конвой, выпустила торпеды по тральщикам, охранявшим транспорты. Подводная лодка была обнаружена и контратакована кораблями и гидросамолетом противника, при уклонении от глубинных бомб провалилась на глубину 84 метра (предельная глубина погружения – 60 метров).
По результатам этих боевых походов командир подводной лодки капитан-лейтенант М.И.Хомяков 16 мая 1944 удостоен звания Героя Советского Союза. 22 июля подводная лодка М-111 стала Краснознаменной. На завершающем этапе войны у подводной лодки М-111 было еще два Боевых похода на позиции в районе Констанцы и Варны. Обнаружив суда противника, подводная лодка пыталась выйти в атаку, но не сумев занять выгодной позиции, командир от атак отказался. Тихоокеанская команда черноморской «малютки» внесла достойный вклад в победу на Черном море.
В 1944 году по решению ГКО для усиления Черноморского флота из состава ТОФ передали 10 подводных лодок. В течение июля-августа 1944 года были перевезены по железной дороге и вошли в состав 4-го дивизиона 2-й БПЛ ЧФ подводные лодки М-30, М-114, М-115, М-116. Доставка остальных шести подводных лодок (М-25, М-26, М-27, М-28, М-23, М-24) по разным причинам задерживалась. Подводные лодки в Боевых действиях принять участие не успели. В августе подводные лодки М-1, М-5, М-8 и М-11 переданы в состав Северной Тихоокеанской флотилии. В 1944 году четыре подводные тип «М» и три тип «Л» совершили штурманский поход до залива Владимира.
За достигнутые показатели в Боевой подготовке в 1944 году приказом Наркома ВМФ № – 559 от 14 декабря призом «Бюст Ворошилова» награждена подводная лодка Л-19.
1945 год
В апреле 1945 года в соответствии с решением НК ВМФ (№ – 0048) подводные соединения ТОФ переформировали в четыре бригады и два отдельных дивизиона. В состав 1-й БПЛ входили одиннадцать подводных лодок тип «Л» (из них 4 ПЛ типа «Л» до окончания войны остались в составе 3 ОДПЛ). В ее состав вошли подводные лодки С-52, С-53, Щ-101, Щ-113, Щ-114, Щ-125, Щ-128, Щ-131, Л-13, Л-14, Л-17, Л-18, Л-19, Л-7, Л-8, Л-9, Л-10, Л-11, Л-12, эсминец «Войков», плавбаза «Смоленск» (подводные лодки Л-8, Л-10, Л-13 прибыли с Камчатки только 3 октября 1945 года).
В состав 2-й БПЛ входили 14 ПЛ тип «М». В состав 3-й БПЛ входили пять подводных лодок тип «Щ» и десять подводных лодок тип «М». В состав 4-й БПЛ входили шестнадцать подводных лодок тип «Щ». В состав 2-й ОБПЛ входили шесть подводных лодок тип «Щ» и четыре подводные лодки тип «М». В состав 3-й ОДПЛ входили четыре подводные лодки тип «Щ».
