Одновременно оккупационные власти стали спешно строить концентрационные лагеря для заключенных. В Тарту концентрационный лагерь был создан на Выставочной площади. Э.Я. Мартинсон писал: «Когда все девять павильонов бывшей выставки были забиты узниками, фашисты и их пособники создали еще один концлагерь — прямо под открытым небом: в землю были врыты столбы, на них натянули рядов в 25–30 колючую проволоку, и еще один атрибут «нового порядка» был готов. Семь концентрационных лагерей было создано фашистами в городе эстонских текстильщиков — Нарве, около двадцати на территории только Вирумааского уезда».
А.К. Рашкевиц писала: «Осенью 1941 года недалеко от Риги, в Саласпилсе, нацисты приступили к строительству крупнейшего в Прибалтике концентрационного лагеря для политзаключенных. Саласпилсский концлагерь был центральным лагерем всего «Остланда» и имел много филиалов на территории Латвии. Народ назвал его «мельницей смерти»… В Саласпилсском лагере содержались и были убиты не только граждане Советской Латвии. Сюда фашисты пригоняли также жителей Белоруссии, Литвы, даже граждан Польши и Чехословакии, Франции и других оккупированных стран. Всего в Саласпилсском концлагере фашисты убили и замучили 53 700 человек».
Характеризуя режим террора в оккупированной Литве, И.В. Добровольскас писал: «В первые дни оккупации Советской Литвы гитлеровцы, стараясь ликвидировать все возможные силы сопротивления «новому порядку», при активном содействии литовских буржуазных националистов прибегли к жестокому террору. Их жертвами пали сотни коммунистов, комсомольцев, советских и профсоюзных работников и рядовых трудящихся, активно включившихся в 1940 году в строительство социалистической Литвы. Людей расстреливали чаще всего без всякого суда, или же суд вершили сами палачи на месте расстрела. Уже в первые месяцы оккупации начали действовать концентрационные лагеря. Почти в каждом уезде создавались лагеря для крестьян, не выполнивших обязательных поставок сельскохозяйственных продуктов… Гитлеровские военные коменданты угрожали смертной казнью за любой поступок, противоречивший введенному оккупантами порядку. Чтобы держать в страхе местных жителей и принудить их выполнять распоряжения оккупантов, гитлеровские военные коменданты ввели систему заложников».
В «Истории Литовской ССР» сказано: «Смертная казнь стала массовым средством наказания. Достаточно было лишь подозрения, чтобы человек был брошен в тюрьму или концлагерь… Уже в первые месяцы оккупации начали действовать концентрационные лагеря в Правеншкесе, Пибраде. Тюрьмы были переполнены. Расстрелы коммунистов, комсомольцев, советских активистов стали повсеместным явлением. Только в первые дни оккупации в Литве было уничтожено около 5 тысяч советских активистов».
А.К. Рашкевиц обращала внимание на распоряжение рейхсминистра Розенберга, опубликованное в издании Министерства оккупированных восточных областей. Согласно этому распоряжению, подчеркивает Рашкевиц, «жителям ненемецкой национальности угрожала смертная казнь или тюремное заключение за любое противодействие, оказанное немецким оккупационным властям или отдельным ее представителям, а также за намерение оказать такое противодействие, более того, смертная казнь угрожала также и за несообщение властям о готовящемся противодействии. Смертная казнь за подобные проступки предусматривалась даже для несовершеннолетних. Расстрел угрожал, например, за слушание иностранных радиопередач, за невыполнение поставок сельскохозяйственной продукции, за уклонение от работы, за оказание помощи партизанам или военнопленным, за появление на улице в комендантский час и т. д. Нацисты не только угрожали, но и расстреливали людей, в большинстве случаев без суда и следствия. Так, например, 31 марта 1945 года за слушание иностранного радио нацисты застрелили Бракманиса Роберта — крестьянина Гренченской волости».
«Самые массовые расстрелы в оккупированной Эстонии, — сообщал Э.Я. Мартинсон, — производились в деревне Лемматси, под Тарту, у противотанкового рва, вырытого трудящимися города до его захвата гитлеровцами. Здесь находится самая крупная на эстонской земле братская могила жертв фашизма — у края противотанкового рва залпы гестаповцев оборвали 12 тысяч человеческих жизней… Свыше 15 тысяч человек расстреляли фашисты на территории бывшего Вирумааского уезда, 24 тысяч человек — на острове Сааремаа, 28 500 человек — в городе Нарве, свыше 2 тысяч человек убили фашисты в песках Калеви-Лийва, около 3 тысяч убили и сожгли в Клоога». Тысячи расстрелянных были закопаны в братских могилах в Кивиыли, Вильянди, Валге, Палдиски.
Такие же злодеяния творились и в Латвии. Помимо уничтоженных в Саласпилсском лагере, под Ригой в Бикерниекском лесу фашистами было убито 47 тысяч мирных граждан, в Румбульском лесу — 38 тысяч. Массовые расстрелы производились также в Даугавпилсе, Лиепае, Резекне, Валмиере и других городах. В «Истории Латвийской ССР (Сокращенный курс)» среди мест, где происходило уничтожение людей, названы также концентрационные лагеря в Страздумуйже, Бишумуйже, Милгрависе, «многочисленные лагеря для военнопленных», Дрейлиньский лес близ Риги, Межциемсе у Даугавпилса, Шкедские дюны близ Лиепаи, лес у озера Нинерие. Палачи не щадили детей. «В Центральной тюрьме в Риге они убили около 2000 детей, отобранных от родителей, и в Саласпилсском лагере — более 3000 детей».
Массовые казни творились и в Литве. В первые же дни после оккупации Каунаса немцы вместе с литовскими коллаборационистами стали сгонять советских военнопленных и мирных жителей в городской форт № 9. В материалах Нюрнбергского процесса говорилось: «Все, кто попадал в форт № 9, в живых не остались. Колоннами в несколько тысяч человек гитлеровцы гнали сюда женщин, детей, подростков, мужчин и стариков на расстрел и сжигание… Только за два дня в ноябре 1941 года в форте № 9 было расстреляно 7 тысяч мирных советских граждан, а за два дня в декабре 1941 года около 22 тысяч человек. В форте № 9 были расстреляны люди различных национальностей: русские, украинцы, белорусы, литовцы, поляки, евреи. В этом форте расстреляны: депутат Верховного Совета СССР Буджинскиене, депутат Верховного Совета Литовской ССР Зибертас, каунасский рабочий-стахановец Щербаков со своей женой и новорожденным ребенком и многие другие… Гитлеровцы уничтожили в форте № 9 80 тысяч мирных жителей. Среди уничтоженных в форте было 7 тысяч иностранцев — граждан Франции, Австрии, Чехословакии».
«История Литовской ССР» гласит: «Лагеря смерти и места массового уничтожения советских граждан и военнопленных существовали также в районе Алитуса, Шяуляя, Паневежиса, Баржая, Укмерге, Ново-Вильни и др.». Только в Паперяе, на окраине Вильнюса, фашисты уничтожили около 100 тысяч человек.
В «Истории Латвийской ССР (Сокращенный курс)» сказано: «В целях устрашения населения гитлеровцы прибегали к таким зверским актам террора, как сожжение населенных пунктов и полное истребление их населения. Такая судьба постигла деревню Аудрини Резекненского уезда, население которой прятало красноармейцев. Узнав об этом, гитлеровцы в начале 1942 года сожгли деревню, 30 ее жителей расстреляли на рыночной площади в Резекне, остальных 179 — у Анчупанских холмов. То же произошло в январе того же года с деревней Барсуки Луудзинского уезда и позднее осенью 1944 года с пятью хуторами в Злекской волости Венстпилского уезда».
В «Истории Литовской ССР» отмечалось: «За акты сопротивления и помощь советским партизанам гитлеровские оккупанты полностью сожгли деревни Ферма, Лазденай, Друшиляй, Шаркишес, Милюнай, Пирчюпяй. Жители одних деревень были расстреляны или сожжены, другие — угнаны в фашистское рабство».
Уничтожению на месте подвергалось население целых сел и местностей. Так, в сентябре 1941 года в местечке Эйшишкис были расстреляны из пулемета 800 человек: «3 июня 1944 года в деревню Перчюпе Тракайского уезда ворвались гитлеровцы. Окружив деревню, они произвели повальный грабеж, после чего загнали всех мужчин в один дом, а женщин и детей в три других дома и подожгли их. Пытавшихся вырваться и бежать фашистские изверги ловили и снова бросали в горевшие дома. Так было сожжено все население деревни — 119 человек, из них 21 мужчина, 29 женщин и 69 детей… Зверское массовое истребление мирных жителей немецкие оккупанты произвели в районе города Мариямполе, где было уничтожено 7700 человек. В местечке Сейрияй Апитусского уезда было расстреляно немцами 1900 человек, в Пильвишкяе было расстреляно 1000 жителей. В Шяуляйском уезде, по неполным данным, было уничтожено 3830 человек. В городах Тракай, Паневежис, Укмерге, Кедайняй и Брижай немцы истребили 37 640 человек мирного населения».
Массовое уничтожение населения опустошило земли Прибалтики. По оценкам Р. Мисиунаса и Р. Таагепера, только в результате казней, совершенных властями «Остланда» в трех республиках, было истреблено 210 тысяч человек местного населения (140 тысяч в Литве, 65 тысяч — в Латвии, 5 тысяч — в Эстонии).
