13 ноября флагман дал приказ капитану Кикину высадить десант из сотни гренадер и мушкетеров, которым предстояло при помощи местных жителей выдвинуться к крепости и постараться, изображая большую силу, заставить французов оставить внешние укрепления. Началось оборудование батареи. У Кикина и артиллерийского лейтенанта Ганфельда было всего 128 человек, которые к 15 ноября установили на холме у деревни Мандуки севернее крепости батарею из 2 картаульных единорогов, 53-фунтовой гаубицы, 2 такого же калибра мортир и 4 малых полевых пушек. В тот же день началась канонада. Батарея и орудия крепости вели перестрелку днем и ночью. Французы делали вылазки, но с кораблей сразу посылали подкрепление, так что на батарее бывало не менее 300 человек, которые отбивали атаки, а местные жители и турки, расположенные поблизости, пресекали попытки французов захватывать продовольствие в соседних деревнях.
В отличие от других островов, где французы быстро капитулировали, на Корфу они собирались защищаться и совершали набеги на ближайшие деревни для пополнения запасов провианта. Посему корфиоты разделились на сторонников и противников французов. Сторонники исходили из того, что деревни противников французы разоряли; кроме того, они не доверяли туркам. В частности, возникла опасность, что жители деревни Горицы могут выступить в поддержку французов, чтобы не подвергаться их набегам и разорению. Ушаков, зная об этом, 15 ноября обратился к жителям с посланием. Он обещал защиту от нападений, но угрожал, что, если жители Гориц присоединятся к неприятелю, высаженные на берег албанцы сожгут деревню.
Очевидно, население предпочло выступить против французов. Около полудня 17 ноября посланцы деревень Беницы и Горицы прибыли на «Святой Павел» и обратились к Ушакову с просьбой о защите. При недостатке сил флагман не торопился с сооружением батареи южнее крепости, ибо наличные корабли были заняты, и ожидал прибытия подкреплений. Но жители просили дать для начала две-три пушки с небольшим числом людей и обещали, что им в помощь будет до двух тысяч вооруженных людей. Ушаков согласился. 17 ноября, отдавая ордер лейтенанту М. И. Ратманову о перевозке на шебеке «Святой Макарий» грузов для постройки батареи у церкви Святого Пантелеймона, вице-адмирал сообщал ему, что батарею будут сооружать сами жители. Постройку он поручил инженеру Маркати, а пушки, артиллеристов и офицеров следовало выделить капитану 2-го ранга Поскочину. Батарею соорудили в одни сутки; не дожидаясь подкреплений, Маркати открыл по крепости огонь, причинивший ей значительный ущерб.
Французы не смирились. 20 ноября, до прибытия союзных подкреплений, около шестисот человек французских войск атаковали южную батарею. Полторы тысячи местных жителей, непривычные к бою, сразу рассеялись, и 17 защитников батареи, включая поручика Кантарино и инженера Маркати, были взяты подавляющим противником; только 2 канонира и 2 солдата успели бежать и спастись на борту шебеки. Во время первой вылазки из крепости оборонявшиеся перестреливались с северной батареей, а позднее направили на нее тысячный отряд. Но здесь они встретили отпор. На батарее были 310 русских, сотня турецких воинов, 30 албанцев капитана Кирко и несколько местных жителей под общей командой капитана Кикина. Островитяне разбежались при подходе неприятеля. Французы атаковали решительно с трех сторон, но были встречены ружейно-пушечным огнем. Бой продолжался до вечера. Защитники штыками отбросили нападавших и вернулись на батарею, куда уже прибыло подкрепление с эскадры. Французы потеряли свыше сотни человек только убитыми; русские лишились 31 человека убитыми, ранеными 72, в том числе трех офицеров. После этой вылазки французы не решались более атаковать батарею и ограничивались набегами в южную часть острова за продовольствием. Но и здесь они получали отпор от десантных войск и расположенных поблизости албанцев.
После сооружения батарей возникла новая проблема. На эскадре не было избытка боеприпасов, и пришлось отдать приказ экономить снаряды, пока не пришли остальные корабли.
Первый же взгляд на укрепления Корфу заставлял задуматься о трудностях штурма. Крепость венецианцы возвели на гористом мысе с крутыми берегами. Французские инженеры укрепили ее, установили новую артиллерию, укрыли в скалах пороховые погреба. Со стороны суши крепость была защищена земляным валом с бастионами и редутом. От города ее отделял широкий канал. Севернее была построена французскими инженерами новая крепость, соединенная со старой земляным валом, протянутым вдоль берега пролива. С другой стороны морские подступы к крепости и стоящим в военной гавани судам прикрывали батареи острова Видо.
Рассчитывать с легкостью овладеть Корфу, как прочими островами, не следовало и надеяться. Против трехтысячного гарнизона у Ушакова для отправки на берег было не более нескольких сот солдат и матросов, если он хотел оставить корабли боеспособными, каждый из которых был на счету. Это видно из строгого ордера командиру аката «Святая Ирина», который долго не возвращался из плавания к Ахтиару. Флагмана беспокоило, что пока блокада недостаточно эффективна и французы, у которых еще оставались корабли, способны как высадить подкрепление из Анконы, так и совершить вылазку судами, стоявшими в порту острова. Потому 15 ноября Ушаков вновь писал Сенявину и торопил его быстрее идти от Санта-Мавры к Корфу.
Второй причиной для беспокойства служила проблема снабжения. Турецкие власти не торопились доставлять потребное соединенной эскадре продовольствие, и 15 ноября Ушаков послал гардемарина Мавро Михайли с письмом к морейскому паше, которого просил о скорейшей доставке провизии. Он обращался и к Кадыр-бею, чтобы тот со своей стороны добивался от Порты регулярных поставок. Томара 16 ноября писал Ушакову, что запас продовольствия в Константинополе собран и вся проблема в его доставке. Павел I издал указ выделить деньги для снабжения кораблей, но недостаток провизии надолго оказался чуть ли не решающим фактором, задержавшим боевые действия.
Тем временем Томара послал письмо, в котором сформулировал политические задачи Ушакова. Дипломат объяснял адмиралу, что не следует мешать проявлениям жестокости турок в отношении французов, с целью нарушить в дальнейшем отношения между двумя странами. К чести Ушакова, он не воспользовался этой рекомендацией. Однако он взял на вооружение мысли о том, что необходимо привлекать греков на сторону России и постараться, в случае взятия Корфу, сделать крепость нашим форпостом на Средиземном море.
Приступая к сложной осаде Корфу, Ушаков не намеревался распылять свои и так недостаточные силы. Получив письмо полномочного министра при неаполитанском дворе В. В. Мусина-Пушкина-Брюса с просьбой о действиях против Анконы, вице-адмирал 20 ноября отвечал, что сам ожидает десанта из Анконы и не может выполнить пожелание короля, пока не овладеет крепостью Корфу и не получит возможность отремонтировать корабли, пострадавшие в плавании. В том же письме он изложил свой план действий — в ближайшее время овладеть островом Видо и, обстреливая крепости с двух сторон, окончательно взять Корфу. Однако потребовалось еще три месяца, прежде чем этот план удалось осуществить.
Нелегкими оказались отношения с турками. Правда, Кадыр-бей был послушен уважаемому Ушак-паше, но и он не все мог сделать. В его силах было покарать своего солдата, который убил русского канонира на батарее. Но он не мог воздействовать на местных пашей, которым следовало выделить войска в помощь союзной эскадре и обеспечить ее продовольствием. Основную сложность составляли взаимоотношения с Али-пашой из Янины. Этот жестокий и умный политик добивался своих целей, не задумываясь о крови. Когда он взял город Превезу, состоявший под властью французов, его головорезы истребили местное население. В результате жители других городов и думать не хотели о совместных с ним действиях. А именно от Али-паши должны были поступить самые крупные воинские силы для действий на Корфу. Более того, его влияние сказывалось и в других районах. Паши, боясь его, не торопились исполнять предписания дивана, ибо правитель Янины не очень-то слушался повелений и самого султана. На такого-то человека Ушакову предстояло рассчитывать как на помощника!
1 декабря Ушаков приказал капитан-лейтенанту Г. Г. Белле на фрегате «Счастливый», взяв с собой турецкий фрегат, как можно быстрее доставить двухтысячный отряд албанцев Мустафы-паши. Он писал в ордере: «…часа одного пропустить не надобно». Однако этого было недостаточно, и уже 2 декабря флагман вновь обратился к Али-паше, настаивая на присылке войск, обещанных Портой, ибо от владетеля Янины зависело поведение других пашей. О том же вице-адмирал писал и Кадыр-бею, особенно упирая на то, что войска должны прибывать со своим провиантом, порохом и пулями. В письме Али-паше он отметил, что один из присланных с албанцами начальников отказался повиноваться, и требовал его примерного наказания.
