Афганистан открыл в столице Алима постоянное посольство, а Бухара – консульство на севере Афганистана, в Мазари-Шарифе. К апрелю в Ташкент потекли донесения, что Алим оплачивает пребывание в Бухаре 1500 афганцев, которые помогают готовить его армию к войне с Россией. 14 апреля Фрунзе предупредил Ленина, что Советскому Туркестану грозит серьезная опасность, поскольку Бухара и Афганистан лихорадочно вооружаются. В мае Ленин получил из Ташкента и из Комиссариата по международным делам настоятельные просьбы послать войсковые подкрепления для защиты Туркестана от ожидавшегося бухарско-афганского нападения.
С конца апреля до начала июля Москва, занятая польским вторжением в Россию и захватом бароном Врангелем южной части Украины, не могла помочь Ташкенту, но нападение Бухары в очередной раз не состоялось. Алим по-прежнему сомневался, стоит ли испытывать судьбу в войне против России, даже несмотря на то, что перспективы перманентного modus vivendi ничего хорошего не обещали. Ленинские тезисы «О национальном и колониальном вопросах», опубликованные 14 июля в журнале «Коммунистический интернационал», предписывали осуществлять освобождение отсталых колониальных стран объединенным фронтом буржуазных либералов, крестьянства и рабочих против духовенства и других реакционеров, стоящих за «ханами, землевладельцами, муллами и т. д.». Привлекла внимание Алима эта откровенная угроза или нет, но он не мог не принять к сведению прием в Ташкенте хорезмского посольства, направлявшегося в июне в Москву, по случаю которого Фрунзе и его главный политический комиссар В.В. Куйбышев обещали, что Бухара и другие угнетенные страны Востока скоро будут освобождены по примеру Хивы. Но эмир мало что мог сделать. Война с Россией была бы неадекватным ответом, который мог лишь сделать неизбежной судьбу, которой так страшился Алим. В июне он в отчаянии инициировал обмен дипломатическими любезностями с комиссаром иностранных дел Г.В. Чичериным и в конце месяца отправил в Москву посольство, чтобы убедить русских в его доброй воле и желании достичь взаимопонимания.
Однако к концу июня Фрунзе уже предпринял подготовительные шаги для русского вторжения в Бухару. 24-го он приказал укрепить оборонительные сооружения в Керки и Термезе и отправил один полк вверх по реке в Керки, а другой – по железной дороге в Карши. Мнимой причиной этих маневров была охрана железной дороги Новая Бухара – Карши – Керки, но в действительности, как откровенно сообщил Фрунзе в Москву 12 июля, это была подготовка к свержению эмира. В своих докладах Туркестанской комиссии 30 июня и Генеральному штабу в Москву 12 июля Фрунзе призывал к немедленной «интеграции Бухары в систему Советов». Дальнейшее существование независимой Бухары под властью эмира представляло для России прямую военную угрозу и, поддерживая надежды контрреволюционеров, делало невозможным достижение реального мира в Туркестане.
Фрунзе соглашался с тем, что свержение эмира следует осуществить под видом внутреннего восстания, возглавляемого Бухарским революционным советом при поддержке вооруженных частей бухарских эмигрантов, уже сформированных на территории России, но честно признавал, что решающим фактором будет Красная армия. В конце июля Фрунзе сообщил Ленину, что Россия может подождать, пока революционное движение в ханстве усилится до такой степени, что сможет свергнуть эмира, но что в ближайшем будущем этого не произойдет из-за отсталости масс и плохой организованности революционеров. «Если скорейшая ликвидация ханства считается необходимой (как я полагаю, на этот счет не может быть разногласий), то остается второй путь, т. е. организация революции путем непосредственного участия наших сил». 10 августа политбюро предварительно одобрило планы Фрунзе по вторжению, но настаивало, чтобы Ташкент сделал все возможное для избежания очевидного вмешательства извне, которое в 1918 году привело к поражению Колосова. В освободительной армии должен был присутствовать сильный мусульманский элемент, состоящий из жителей русского Туркестана, бухарских эмигрантов и дезертиров, а нападению должно предшествовать приглашение со стороны руководства бухарских революционеров.
Чтобы укрепить местное революционное движение накануне предстоящей кампании, оргбюро РКП заранее решило заставить БКП и младобухарцев образовать коалицию. Консолидация власти Советов в Туркестане осенью 1919 года и завоевание Хивы оживили надежды этих двух групп на свержение эмира при содействии России. По своему составу и целям эти две партии мало чем отличались друг от друга. БКП состояла из тех, кто недавно и весьма поверхностно обратился в коммунистическую веру; например, партийная газета находилась в руках бывших умеренных джадидов Садриддина Айди и Абдул-Валида Бурханова. В то же время младобухарцы под руководством таких радикалов, как Файзулла Ходжаев, с зимы 1917/18 года изо всех сил старались выглядеть приемлемо в глазах России, от которой целиком и полностью зависел успех их дела. Младобухарцы впервые опубликовали программу, написанную для них Фитратом за восемь лет до этого, но сначала подправили ее фразами о единстве рабочих и крестьян всего мира, демократической республике как будущем устройстве Бухары и избирательном праве для всех, кроме контрреволюционеров. Партия ходатайствовала, хотя и безуспешно, о приеме в Коминтерн. Обе партии старались извлечь выгоду из существовавшей в ханстве неприязни к правительству эмира, но если младобухарцы взывали ко всем группам населения, то БКП сосредоточилась на низших классах. Впрочем, ни одна из партий так и не смогла обрести в народе большого числа последователей.
Обе партии были настроены друг к другу весьма враждебно, и БКП не раз возражала, чтобы Россия поддерживала ее соперника. Москва утверждала, что на ближайшую перспективу либерально-националистические младобухарцы являются «прогрессивным фактором, содействующим свержению деспотической власти эмира и беков», и будут полезны даже после революции, учитывая их превосходство над БКП с точки зрения личных талантов, а также в силу враждебного или безразличного отношения бухарского населения к делу социализма. С 4 по 6 августа Куйбышев председательствовал на конференции, где, несмотря на большие сомнения БКП, состоялось ее примирение с младобухарцами. Младобухарцы обещали сотрудничать с БКП в совершении революции и присоединиться к БКП после свержения эмира. Для дальнейшего укрепления бухарского революционного движения Ташкент в начале августа вызвал из Хивы членов РКП и КПТ, которые были посланы туда для установления Хорезмской Советской Республики.
С 16 по 19 августа Бухарская коммунистическая партия провела свой IV съезд в русском анклаве в Чарджоу, где она нехотя ратифицировала союз с младобухарцами и обсудила планы предстоящего свержения эмира. Сигналом к началу русской интервенции должно было послужить «спонтанное» восстание в бекстве Чарджоу. Предварительно Ташкент отправил съезду БКП 200 винтовок, чтобы вооружить восставших. Фрунзе уже назначил русский гарнизон в Чарджоу одним из участников предстоящей кампании. 23 августа новые члены Туркестанской комиссии, направленные Москвой с полномочиями одобрять или менять планы бухарской кампании, прибыли в Ташкент и единогласно поддержали решения, принятые Фрунзе.
В тот же день среди туркмен бекства Чарджоу началось запланированное восстание, и 25 августа Фрунзе отдал своим войскам приказ: начиная с ночи 28 августа они
