Укрепившись на первой захваченной пулеметной точке, морские коммандос принялись вести огонь из РПГ по внутреннему двору и южной части крыши, там, где египтяне оказывали наиболее яростное сопротивление. Расстояния были настолько близкими, чтов ход шли ручные гранаты. Несколько осколков впились в ногу старшего лейтенанта Ами Аялона. Тем не менее он продолжал вести прицельный огонь по дальней пулеметной точке, которая простреливала весь участок крыши.
Параллельно со стороны моря группа прикрытия, расположившаяся на двухметровом бетонном блоке, открыла пулеметный огонь. Однако огневое прикрытие из-за возникших неполадок с оружием оказалось малоэффективным. Более того, египтяне обрушили на бетоннаду столь массированный ответный огонь, что морским коммандос ничего не оставалось, как ретироваться назад в воду и попытаться найти укрытие с южной стороны блока.
Ситуация складывалась критическая. Если северную часть внутренних помещений удалось зачистить практически одним ударом, воспользовавшись фактором неожиданности, то укрепленные точки, установленные на крыше, так и не удавалось подавить. Капитан Дов Бар отдал приказ группе Амнона Софера подняться на крышу крепости и поддержать захлебнувшуюся атаку. По спинам друг друга они поднялись на крышу и присоединились к Ами Аялону и Залману Роту.
Один из бойцов группы Амнона Софера, сержант по имени Диди Гароль (Didi Garol), решился на отчаянный шаг. Под прикрытием автоматного огня он подбежал к пулеметной точке на расстояние приблизительно 30 метров и закидал ее осколочными гранатами. Однако взрывов так и не последовало. Как выяснилось потом, практически все гранаты и взрывные устройства из-за долгого пребывания под водой вышли из строя. Диди Гароль бросился на укрепленную точку с одним личным оружием и тут же получил пулю в верхнюю часть бедра. Пройди пуля несколько левее, она непременно перебила бы артерию, лишив Диди всяких шансов. На какие-то секунды он потерял сознание из-за сильного болевого шока и еще некоторое время продолжал лежать на совершенно открытом, простреливаемом со всех сторон участке крыши. Один из бойцов попытался оттащить его в безопасное место, однако со стороны укрепленной точки полетели несколько гранат. Диди Гароль получил еще одно ранение, несколько осколков в лицо и грудь. Пуля прошла навылет, раздробив ногу чуть ниже тазобедренного сустава. Только неимоверным усилием воли ему удавалось сохранять сознание.
Во время непродолжительного, крайне ожесточенного боя первая волна десанта смогла взять под свой контроль несколько зенитных и пулеметных точек, размещенных на крыше в северной части крепости, а также зачистить радарную башню и несколько внутренних помещений. Однако во время захвата плацдарма морские коммандос израсходовали практически весь свой боекомплект, а вторая волна десанта даже не приблизилась к острову. Дальнейшее продвижение было невозможно. Почти треть личного состава получила ранения. Боеприпасы, большая часть которых из-за промокания пришла в негодность, были на исходе. Ничего иного не оставалось, как закрепиться на захваченном участке крепости и ожидать прибытия второй волны десанта.
Капитан Дов Бар, командовавший высадкой первой волны десанта, попытался выйти на связь со штабом операции, однако кроме шума в трубке он так ничего и не услышал. Тогда он выпустил в небо две сигнальные ракеты, означавшие, что плацдарм высадки захвачен и удерживается. Ситуация сложилась более чем критическая. Оправившись от первого шока, египтяне перешли в атаку, желая сбросить израильских коммандос в море. К тому же египетская береговая артиллерия открыла ураганный огонь по острову, невзирая на то, что большая его часть продолжала оставаться под контролем гарнизона крепости. Быть может, только это и позволило израильтянам удержаться на захваченном плацдарме, поскольку самим египтянам пришлось искать убежище от снарядов собственной береговой артиллерии.
В какой-то момент береговая артиллерия прекратила огонь, и египтяне вновь бросились в атаку. Понимая, что иного выхода в сложившейся ситуации нет, капитан Дов Бар пошел на отчаянный шаг, приняв решение перейти от обороны в контратаку на египетские укрепленные точки, которые по первоначальному замыслу отводились на долю «Сайерет Маткаль». Старшина Хаим Штурман (Haim Shturman) и сержант Йоав Шахар (Yoav Shahar), выскочив из укрытия, бросились по крыше, вдоль искусственной бухты к самой крайней укрепленной точке. Захват ее мог в корне изменить ход боя еще до прибытия второй волны десанта с «Сайерет Маткаль» и резервной группой «Шайетет-13». Необходимо было только миновать крышу здания и соскочить на землю, чтобы оказаться в «мертвой», непростреливаемой зоне, а затем вплотную приблизиться к укрепленной точке и попытаться закидать ее оставшимися гранатами. Когда уже оставались считаные метры до «мертвой» зоны, в том месте, где еще мгновение назад находились Штурман и Шахар, неожиданно блеснула ослепительная вспышка и раздался оглушительный взрыв. По всей видимости, один из египетских солдат метнул на крышу здания связку ручных гранат или какое-то другое взрывное устройство. Старшина Хаим Штурман и сержант Йоав Шахар погибли на месте. Один из бойцов «Шайетет-13» спрыгнул во двор и автоматной очередью скосил египетского солдата. Тем временем израильтянам удалось прорваться к трупам своих двух товарищей и оттащить их к месту высадки второй волны десанта.
Лодки второй волны десанта находились в 600 метрах от острова Грин и, судя по расчетам, должны были достигнуть объекта за считаные минуты. Но высадка произошла только в 02:00. Несмотря на то, что каждая минута для находившихся на острове была критической, второй волне десанта понадобилось более 20 минут, прежде чем начать высадку. Как выяснилось, расстояние от места ожидания до крепости оказалось намного больше, чем предполагали в штабе операции. К тому же у некоторых лодок неожиданно возникли неполадки с мотором.
Отряд «Сайерет Маткаль», входивший в состав второй волны десанта, состоял из трех групп, одной из которых командовал сам подполковник Менахем Дигли, командир подразделения, двумя другими – капитан Эхуд Рам (Ehud Ram) и капитан Амитай Нахмани (Amitay Nahmani). Причалив резиновые лодки к северному плацдарму, находившемуся под контролем морских коммандос, спецназовцы Генштаба стали выгружать ящики с боеприпасами. После этого поднялись на крышу, влившись в группу капитана Амнона Софера.
Бой на крыше был в самом разгаре. К этому времени морские коммандос успели потерять двух человек убитыми и шестерых ранеными. Несмотря на несколько неудачных попыток штурма укрепленной точки, капитан Дов Бар дал приказ продолжать атаку, поскольку орудие, размещенное на ней, могло поставить под угрозу отход всего десанта. Любой, даже самой дорогой ценой, оно должно было быть уничтожено. Один из бойцов «Шайетет-13», обогнув три укрепленные точки, захваченные ранее, выстрелил из РПГ, однако взрыва не последовало. Он отбросил РПГ в море и стал расстреливать укрепленную точку из личного оружия, когда возле него разорвалась граната. Силой взрывной волны его откинуло на несколько метров и практически полностью сорвало экипировку. Лишь по счастливому стечению обстоятельств ему удалось отделаться только контузией.
Тем временем бойцы «Сайерет Маткаль» смогли подойти к укрепленной точке и забросать ее ручными гранатами. Впереди продолжали действовать еще три укрепленные точки противника, приблизиться к которым вообще не представлялось возможным. Эта часть крыши простреливалась со всех сторон, и любой, кто бы попытался высунуться, неминуемо был бы скошен пулеметной очередью. Оставался единственный реальный шанс пробиться к египетским орудиям – через внутренний двор. Вместо этого подполковник Менахем Дигли приказал идти в лобовую атаку. На крыше царил сущий ад. Крики раненых, казалось, заглушали шум боя. Вокруг распространялся запах сожженной человеческой плоти и свежей крови. Даже опытные бойцы пребывали в состоянии близком к психическому шоку. Никто не решался поднять голову. Командир «Сайерет Маткаль» вновь выкрикнул приказ, на этот раз обращаясь лично к капитану Эхуду Раму. Казалось, Эхуд прекрасно осознавал свою обреченность, но он бросился вперед, стараясь поднять за собой остальных бойцов своей группы. Пуля попала ему прямо в голову. От удара его тело отбросило с крыши на прибрежные камни.
Во внутреннем дворе крепости бой был в самом разгаре, в любую секунду готовый вылиться в рукопашную схватку. Расстояние между египтянами и израильтянами составляло считанные метры. Оценив ситуацию, командир «Сайерет Маткаль» приказал двум группам спуститься во двор, для того чтобы помочь бойцам «Шайетет-13» подавить сопротивление египетского гарнизона. Поскольку на тесном участке действовали два подразделения, никогда прежде не участвовавших в совместных операциях, на поле боя царила полная неразбериха. В ночном бою было крайне сложно отличить своих солдат от противника. Так, во время спуска во внутренний двор две группы «Сайерет Маткаль» попали под огонь «Шайетет-13», в результате чего получил смертельное ранение 19-летний рядовой Юваль Мерон (Yuval Meron).
