С тех пор без малого четыре века монастырь все только прирастал и хорошел. Его архитектурный комплекс представляет собою собрание всех существовавших в это время стилей — от древнерусского до эклектики конца XIX века.
После революции Даниловский монастырь продержался дольше других московских монастырей, — он был закрыт последним в 1929 году. И в нем разместился лагерь для заключенных-детей. Но, как ни безжалостно использовала монастырь новая власть, к счастью, большинство его построек сохранилось. Самой тяжелой и, увы, безвозвратной утратой стала ликвидация уникального монастырского некрополя. Лишь немногие останки были перезахоронены где-то на других московских кладбищах. Большинство же могил так и пропали бесследно.
Возможно, кладбище Даниловского монастыря было одним из древнейших русских погостов. Во всяком случае, зародилось оно отнюдь не одновременно с монастырем. Первых умерших даниловских иноков XIII века хоронили на уже существующем сельском кладбище. И трудно даже предположить, когда именно оно было основано. Не исключено, что оно с дохристианским стажем: может быть, еще древние вятичи устраивали там свои могильники.
Самым известным из ранних захоронений на монастырском кладбище стала могила самого основателя монастыря, — в 1303 году, у деревянной Даниловской церкви, был погребен князь Даниил Александрович, принявший перед смертью в монастыре монашеский постриг. Много лет его могила в заброшенном, опустевшем монастыре находилась также в совершенном запустении. Считается, что почитание его могилы и последующая канонизация Даниила Александровича связана с чудесной случайностью. Одному молодому боярскому сыну из стражи Ивана III явился Даниил и попенял на великого князя: «Если он меня забывает, то мой Бог меня помнит». Боярич немедленно передал это Ивану Васильевичу. Устыженный великий князь отыскал могилу своего славного предка, и с тех пор она стала очень почитаться москвичами. У надгробной плиты, по церковным свидетельствам, стали происходить всякие чудеса: исцеления и прочие. А затем благоверного князя причислили к лику святых, и его нетленные мощи были обретены. Это произошло 30 августа 1652 года. Мощи св. Даниила поместили в серебряную раку и установили в монастырском храме Семи Вселенских Соборов.
До тех пор пока город не подступился к Данилову монастырю, а преодолела эти четыре версты Москва где-то только к концу XVIII века, на монастырском кладбище хоронили преимущественно самих насельников. Сохранилось любопытное свидетельство древности некрополя Даниловского монастыря. Сейчас в монастыре находится один из старейших в Москве каменных храмов — собор Семи Вселенских Соборов, который начали строить в середине XVII века, и затем к нему пристраивали всякие приделы вплоть до XIX века. На некоторых камнях, вложенных в основание собора, выбиты какие-то надписи, теперь уже едва различимые. Лишь специалистам по силам их разобрать. Оказывается, камни эти не что иное, как древние надгробные плиты. По всей видимости, дефицит строительных материалов вынудил мастеров использовать белокаменные надгробия с монастырского же кладбища. Самые ранние даты на этих камнях относятся к XVI веку. Но, естественно, для наружного, лицевого ряда основания храма артельщики использовали наиболее сохранившиеся, то есть, относительно новые плиты. А вот каким веком они забутили основание внутри, теперь уже никогда не узнать. Очевидно, что туда были пущены более ранние и, само собою, менее сохранившиеся плиты и обломки надгробий.
Уже к концу XVIII века на монастырском кладбище стали хоронить без разбора сословий и званий. Раньше, чтобы похоронить умершего, его сродники должны были получить в полиции, так называемый «билет», подтверждающий, что покойный «почил с миром», и дающий право беспрепятственно предать его земле по православному обряду. Когда-то это делалось, прежде всего, для того, чтобы исключить погребение на православном кладбище самоубийц. Но впоследствии «билет» стал свидетельствовать главным образом, что смерть данного лица не имеет криминального характера. Вот такие, например, «билеты» выдавались когда-то в Москве: «Тело умершего московского купца Алексея Васильева в Данилове монастыре погребсти, мая 27 дня 1783 г.», или: «Тело умершей купецкой жены Марьи Абрамовой, имевшей от роду 40 лет, в Данилове монастыре погребению предать, декабря 10 дня 1792 г.». Иногда, если покойный был «высокого рода», такие «билеты» выписывал сам обер-полицмейстер: «Тело умершего господина действительного статского советника князя Михаила Николаевича Голицына, имевшего от роду 71 год, предать земле в Даниловом монастыре позволяется, апреля 5 дня 1827 г. Московский обер-полицмейстер».
В Даниловском монастыре было похоронено много дворян, заслуженных людей, титулованных особ: генерал-майор и кавалер Александр Васильевич Арсеньев (1755–1826), генерал от инфантерии Иван Александрович Вельяминов (1773–1837), действительный статский советник Григорий Михайлович Безобразов (1786–1854), князь Александр Дмитриевич Волконский (1812–1883) и другие Волконские, князь Владимир Константинович Гагарин (1821–1899) и еще несколько князей Гагариных.
С середины XIX века здесь стали появляться могилы известных писателей, историков, ученых, причем преимущественно сторонников русской национальной идеи — славянофилов. В 2000 году на монастырской ограде, у Поминальной часовни, была установлена мемориальная доска. На ней написано: Деятели истории, науки и культуры, захороненные в некрополе Данилова монастыря. Кошелев Александр Иванович (1806–1883), славянофил, общественный деятель, публицист. Самарин Юрий Федорович (1819–1876), общественный деятель, писатель, славянофил. Тихонравов Николай Саввич (1832–1893), историк русской литературы, академик. Чижов Федор Васильевич (1811–1877), общественный деятель, ученый-энциклопедист, писатель. От Российской государственной библиотеки. 2000 год.
У входа в настоятельский дом были похоронены Николай Васильевич Гоголь (1809–1852), поэт Николай Михайлович Языков (1803–1846), историк-славянофил Дмитрий Александрович Волуев (1820–1845) и один основателей славянофильства — богослов, философ, писатель, публицист, социолог, историк, врач, живописец, изобретатель Алексей Степанович Хомяков (1804–1860).
Николай Языков и Дмитрий Волуев были похоронены под одним надгробием. Через год после смерти Языкова его знакомая Е. И. Попова записала к себе в дневник: «День открытия памятника Николаю Михайловичу Языкову и день его ангела. Четвероугольный, гранитный, серого цвета камень, с обыкновенною, наподобие гроба, крышею или вершиною, составляет памятник. На лицевой стороне надпись: „Блажени чисти сердцем, ибо тии Бога узрят“; на боковых — имена Валуева и Языкова. Сошлись друзья, сошлись родные. …Лавровый венец венчает не главу поэта, а могильный крест».
Возле ограды, напротив северной стены Троицкого собора была могила поэта Михаила Александровича Дмитриева (1796–1866), автора «Московских элегий» и настоящего бесценного памятника своей эпохи — книги воспоминаний «Мелочи из запаса моей памяти», в которой рассказывается о жизни русской интеллигенции, о московской литературе и журналистике первой половины XIX века. Рядом находилась и могила его сына — первого русского профессора-текстильщика Федора Михайловича Дмитриева (1829–1894).
У северо-восточного угла Троицкого собора был похоронен известный пианист, основатель московской консерватории Николай Григорьевич Рубинштейн (1835–1881).
В монастыре находилась также могила основоположника российской гинекологии Владимира Федоровича Снегирева (1847–1916). В 1889 году доктор Снегирев основал гинекологическую клинику на Девичьем поле, которой было присвоено имя ее создателя к столетию последнего. Возле клиники стоит памятник В. Ф. Снегиреву. На Плющихе, на доме, где он жил — мемориальная доска. Но, увы, могилы одного из крупнейших российских медиков не существует.
Но особенно много в монастыре было купеческих захоронений. Причем хоронили купцов в самых почетных местах, в том числе и под храмами. Такой существовал в России порядок — на лучшем месте хоронили тех, кто жертвовал от щедрот своих на строительство или на содержание храма. Например, в каком-нибудь сельском приходе даже настоятеля этого прихода обычно хоронили на общем погосте, но могила доброхотного жертвователя — дворянином ли он был, купцом, кулаком — не имеет значения, — всегда находилась в самой церковной ограде, вблизи храма. В 1833–1838 годы в Даниловском монастыре на средства купцов Ляпиных, Куманиных и Шестовых был выстроен величественный собор Живоначальной Троицы. Нет единого мнения об авторе этого красивейшего храма. Считается, что он мог быть построен и О. И. Бове, и Е. Д. Тюриным. Но в любом случае, это настоящий шедевр архитектуры. Под собором впоследствии появилось несколько захоронений, в том числе и купцов Куманиных и Шестовых. А в подклете древнего храма Семи Вселенских Соборов были родовые захоронения купцов Ляпиных и Савиных. Причем усыпальница Ляпиных была оформлена в 1910 году самим Федором Осиповичем Шехтелем, бывшим в то время председателем Московского архитектурного общества. К сожалению, ни работы Шехтеля, ни самих купеческих могил не сохранилось.
