В течение 1961–1962 годов личный состав дивизии постоянно участвовал в строительстве основных позиционных районов. Были проведены значительные работы по изготовлению сборных бетонных укрытий для личного состава на боевых стартовых позициях, по подготовке и установке комплектов сборных стартовых площадок в дневных и ночных условиях. Много внимания уделяется проведению и совершенствованию маскировочных работ с использованием полихлорвиниловой плёнки и других материалов с учётом открывшихся возможностей космических средств фоторазведки вероятного противника.
По строительству боевых стартовых комплексов дивизия занимает первое место в армии. В течение двух лет проделана огромная работа по геодезической привязке элементов боевого порядка, созданию учебно-материальной базы в дивизионах, полках и ртб, батальоне связи.
В 1962 году большое внимание уделялось доподготовке водителей всех категорий, особенно вождению различных типов машин в составе колонн в дневное и ночное время. Впервые в этом году доподготовка водителей закончилась трёхсуточным 500-километровым маршем.
В нештатной школе младших специалистов совершенствуется учебно-воспитательный процесс: составляются планы и программы, улучшается методическое мастерство офицерского состава. Углублению этого процесса способствует введение в состав дивизии с декабря 1962 года штатной школы подготовки сержантов на 500 курсантов.
В этот год усиливается внимание к организации боевого дежурства и боевого управления. С июня решением командира дивизии на командном пункте соединения организуются направления на полки, назначаются начальники направлений, вводятся помощники оперативных дежурных. С сентября в батальоне связи вводятся нештатные дежурные по связи, а в октябре организуется круглосуточное дежурство на нештатном запасном командном пункте дивизии, совмещённом с командным пунктом 323 ракетного полка, со сменой через 10 дней. Боевому дежурству придаётся особая значимость как основы поддержания боевой готовности дивизии.
Немаловажную роль сыграло то обстоятельство, что в период Карибского кризиса с 11 сентября по 21 ноября 1962 года личный состав дивизии всеми боевыми расчётами нёс боевое дежурство в повышенной боевой готовности, были проведены все мероприятия этой готовности, приобретён опыт несения боевого дежурства в повышенной боевой готовности и окончательно слажены боевые расчёты.
В течение 1962 года боевыми расчётами дивизии с Государственного центрального полигона проведено три учебно-боевых пуска ракеты Р-12 с оценкой «хорошо». По итогам года объявлены отличными 25 ракетный полк (командир полковник Евсеев Ф. Ф.), 349 (начальник полковник Тамарлаков В. К.) и 432 (начальник инженер-подполковник Дмитриев А. А.) ремонтно-технические базы, 957 отдельный батальон связи (командир подполковник Калина П. И.).
С укомплектованием частей и подразделений штатным вооружением и техникой актуальным становится вопрос их эксплуатации. С целью улучшения регламентированного обслуживания вооружения и техники, проведения грамотной рекламационной работы и технического надзора с августа 1963 года в ракетных дивизионах вводится инженерно-ракетная служба. Как показал дальнейший опыт, она сыграла огромную роль в поддержании ракетного вооружения и техники в готовности к боевому применению, подготовке специалистов-ракетчиков и в безопасной эксплуатации всей техники дивизионов.
В 1963 году части дивизии освоили подготовку к пуску по сокращённым графикам из различных степеней боевой готовности, а боевые расчёты освоили подготовку к пуску сокращённым составом (без увольняемых в запас солдат и сержантов).
Продолжалась практическая проверка боевых расчётов к выполнению боевых задач путём проведения учебно-боевых пусков с полигона. Было выполнено пять учебно-боевых пусков ракеты Р-12 и два – ракеты Р-5М с оценкой «отлично». К сожалению, при огромной работе, которая была проведена всем личным составом в 1963 году, дивизия не смогла подтвердить звание передового из-за упущений в работе по укреплению воинской дисциплины.
В последующие годы основные усилия руководящего состава сосредотачиваются на совершенствовании боевого дежурства с целью поддержания неснижаемого уровня боевой готовности. В результате напряжённого труда более 50 процентов боевых расчётов дивизии подготовлены с оценкой «отлично». Подтверждением высокой выучки боевых расчётов явились шесть отличных оценок за учебно-боевые пуски с полигона. Лучшими, как и прежде, стали 25 ракетный полк (командир полковник Швырёв А. Ф.) и 349 ремонтно-техническая база (начальник полковник Добрынин А. Н.).
За успешное освоение новой сложной техники Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1964 года награждены орденом Красной звезды начальник 349 ремонтно-технической базы полковник Добрынин А. Н. и командир 2-го ракетного дивизиона 25 ракетного полка подполковник Пилипчук А. М.
В период с 16 по 25 сентября 1964 года дивизия проверялась Главной инспекцией Министерства обороны СССР совместно с Главным политуправлением СА и ВМФ. Учитывая ухудшившееся состояние воинской дисциплины, боевая готовность дивизии была оценена «удовлетворительно», были вскрыты и указаны недостатки и упущения в работе по укреплению воинской дисциплины и в воспитательном процессе.
В течение 1964 года, используя накопленный опыт работы с учебными компонентами ракетных топлив, с каждым боевым расчётом было проведено по два комплексных занятия с заправкой учебно-тренировочной ракеты Р-12Д боевыми компонентами. Это положило начало плановым систематическим комплексным занятиям с заправкой учебно-тренировочной ракеты в каждом периоде обучения. Каждый боевой расчёт сдавал зачёт на допуск к проведению этих опасных работ, а инструкторские группы формировались из числа наиболее подготовленных офицеров дивизиона и полка, как правило, от инженерно-ракетных служб.
С целью использования возможностей ракетного комплекса в полном объёме в период с 22 по 24 октября 1964 года командующий 50 ракетной армии провёл с дивизией опытное учение по теме: «Действия ракетной дивизии с запасного позиционного района». В процессе учения дивизионы и сборочные бригады совершили марш в запасный позиционный район на расстояния 50–80 километров и выполнили учебные задачи с необорудованных позиций в ночное время. Дивизия успешно справилась с этой сложной задачей. Опытное учение показало возможность выполнения боевых задач в полевых условиях и необходимость совершенствования маршевой и полевой выучки, систематических тренировок стартовых отделений по установке сборно-разборных стартовых площадок СП-6, оперативному проведению геодезических привязок и прицеливанию в любых условиях погоды, днём и ночью. Опыт учения подтвердил необходимость систематической подготовки частей и подразделений в проведении большого объёма фортификационных и маскировочных работ при занятии полевых позиций в запасных позиционных районах. Становится очевидным, что учебные позиционные районы должны стать полигонами для проведения подобного вида работ, а с другой стороны, иметь образцовые фортификационные сооружения, на которых можно было бы обучать личный состав проведению этих работ, приобретать умения и навыки. Это опытное учение положило начало этапу обучения дивизионов и сборочных бригад, а впоследствии – подвижных формирований полков выполнению боевых задач из учебных запасных позиционных районов.
В 1965 году принимается в эксплуатацию командный пункт дивизии, в состав узлов связи соединения вводятся передающие и приёмные радиоцентры, а во всех пунктах управления от дивизионов до управления дивизии включительно организуется боевое дежурство дежурными командирами и начальниками, что повышает оперативность управления дежурными сменами и в целом организацию боевого дежурства. С этой же целью, а также для анализа прохождения информации через пункты управления и квалифицированного решения вопросов боевого управления сначала в полках с сентября 1965 года, а затем в дивизионах в 1967 году, вводятся штатные командные пункты.
В июне 1966 года 957 отдельный батальон связи переформировывается в 727 отдельный узел связи.
С освоением вооружения и техники, совершенствованием профессиональной подготовки личного состава, учитывая необходимость сокращения интенсивности боевого дежурства офицерским составом, встаёт вопрос о подготовке пуска ракет из постоянной боевой готовности дежурными сменами. Эта задача отрабатывается и решается к исходу 1966 года.
В июне 1966 года во всех частях дивизии широко отмечается двадцатая годовщина со дня формирования бригады особого назначения РВГК, которая стала базой для создания дивизии и, де-факто, истоком Ракетных войск стратегического назначения.
