Глухое неприятие оккупантов охватывало все большее число населения Прибалтики, включая даже тех, кто первоначально активно поддержал «новый порядок». Испытывая недоверие к ряду бойцов из вооруженных формирований, созданных из местного населения, оккупанты прибегали к репрессиям против них.
28 декабря 1943 года немцы окружили батальоны добровольческого латышского 32-го гренадерского полка, расформировали их, придав латышей немецким воинским частям. 13 января 1944 года гитлеровцы, заподозрив 1-ю роту 313-го латышского полицейского батальона в попытках дезертировать, расстреляли в ней каждого третьего.
Возрастали и трения между оккупантами и верхушкой коллаборационистов. 16 февраля 1944 года было объявлено о соглашении между командованием СС в Литве и литовским генералом П. Плехавичиусом о создании «Литовского территориального корпуса» для борьбы с советскими партизанами. «Это мероприятие, в отличие от предыдущих, получило благословение многих знатных местных людей, которые увидели в этом ядро возрождавшейся литовской армии в то время, когда приближались советские войска», — отмечали Р. Мисиунас и Р. Таагепера. В ряды этого формирования вступили около 30 тысяч добровольцев. Однако немцы нарушили свое обещание и стали направлять их на фронт. Это привело к конфликту с генералом Плехавичиусом, который вместе со своим штабом был арестован в мае 1944 года.
Многие жители прибалтийских стран, первоначально не выступавшие против оккупационного режима, осуществляли акты саботажа и диверсии, крестьяне уклонялись от выполнения обязательных поставок оккупантам и все чаще оказывали поддержку партизанскому движению. В донесении германской разведки из Тарту в декабре 1943 года сообщалось, что «жители деревень при приземлении парашютистов… оказывают им помощь и становятся виновниками в предоставлении им приюта и питания».
Разведчики доносили: «Штаб эстонских партизан в Москве (генерал-майор Каротамм) высаживает своих людей в разные районы Эстонии с неограниченным сроком пребывания, в большинстве случаев до предполагаемого прихода Красной Армии… На эстонской территории с русским населением выявлены группы в 4–6 человек. Они скрываются около Нарвы, Рая, Пийри и на западном берегу Чудского озера. Усиленное выступление партизан наблюдается также на западном берегу Псковского озера и около Печор. Их число — около 170 человек… Есть небольшие группы из сбежавших русских военнопленных, из числа уклонившихся от службы в немецкой армии и сбежавших из армии. Всех их поддерживают жители деревень, которые не хотят сообщать об их присутствии. Выявлено около 450 скрывающихся партизан».
Партизанское движение Прибалтики разрасталось и становилось все более организованным. В марте 1943 года на базе партизанских групп была образована 1-я Латышская партизанская бригада. Весной и осенью 1943 года на всей территории Латвии была создана сеть подпольных областных, окружных и уездных комитетов Коммунистической партии. Эти комитеты, как и центры партизанского движения, поддерживали постоянную связь с Центральным штабом партизанского движения в Москве.
Партизанские отряды Латвии нападали на гарнизоны оккупантов и их пособников, срывали угон населения в Германию, распространяли листовки, уничтожали воинские эшелоны. Особенно эффективно действовал партизанский отряд в районе Абренского железнодорожного узла.
Рижские подпольщики сумели сорвать митинг, который собирались созвать оккупанты и их пособники на Домской площади 13 ноября 1943 года. Этот митинг должен был засвидетельствовать протест населения Латвии против решений Московского совещания министров иностранных дел антигитлеровской коалиции, среди которых, в частности, была «Декларация об ответственности гитлеровцев за совершаемые зверства». В ходе митинга возле трибуны была взорвана мина.
Несмотря на оккупацию, подпольщики сумели организовать по всей Латвии сбор средств на создание латышской танковой колонны и латышской авиаэскадрильи Красной Армии.
Укреплялось партизанское движение в соседней Литве. В апреле 1943 года из центра была направлена новая группа литовских коммунистов во главе с М. Шумаускасом и Т. Зимансом. Группа обосновалась в Белоруссии. Одновременно в Белоруссию была направлена группа литовских комсомольцев во главе с И. Мацявичусом.
Примером героической борьбы литовских партизан стала Мария Мельникайте, которая была заброшена с группой партизан в оккупированную Литву 23 мая 1943 года. Она приняла участие в боевых действиях отряда имени Кестутиса. 8 июля 1943 года она была схвачена карателями и после жестоких пыток расстреляна в местечке Дукштас.
Несмотря на потери, партизаны продолжали вести упорную борьбу против оккупантов и их пособников. 15 октября 1943 года литовские партизаны вели большой бой в Биршайском лесу, в ходе которого уничтожили значительное число карателей.
28 ноября 1943 года был создан Литовский штаб партизанского движения во главе с первым секретарем ЦК Компартии Литвы А. Снечкусом. К концу того же года в Литве уже действовало 56 партизанских отрядов. Почти во всех уездах были созданы подпольные организации компартии и комсомола. Существовало два обкома партии. В подполье издавалось 15 газет.
Пока патриоты Советской Прибалтики сражались на территории своих республик, многие литовцы, латыши и эстонцы защищали Советскую Родину за пределами родного края. Уже 10 августа 1941 года была создана 201 — я латышская стрелковая дивизия, которая вскоре приняла участие в битве под Москвой, участвуя в освобождении Наро-Фоминска и Боровска, затем сражалась под Демянском. Появились также латышский зенитный полк и латышская авиаэскадрилья, затем превратившаяся в авиаполк. В октябре 1942 года 201-я латышская стрелковая дивизия была преобразована в 43-ю гвардейскую стрелковую дивизию. Она сражалась под Старой Руссой и Великими Луками.
По постановлению Государственного комитета обороны СССР от 18 декабря 1941 года в мае 1942 года была сформирована 16-я литовская стрелковая дивизия, насчитывавшая 12 398 солдат и офицеров. С февраля 1943 года дивизия вошла в состав 48-й армии Брянского фронта. Затем дивизия приняла участие в боях под Орлом в ходе Курского сражения. С октября 1943 года дивизия участвовала в боях за Невель, Городок. В ходе операции «Багратион» дивизия принимала участие в освобождении Полоцка.
В 1942 году был организован также 8-й эстонский стрелковый корпус под командованием генерал-лейтенанта Л.А. Пэрна. Первые бои корпус вел в районе Великих Лук.
К началу 1944 года национальные части, состоявшие из граждан Советской Прибалтики, вместе с другими частями Красной Армии подошли к родной земле. Учитывая успехи Красной Армии в ходе «первого удара», в результате которого была снята блокада Ленинграда, полностью освобождены Ленинградская и Новгородская области, Ставка Верховного главнокомандования поставила задачу войскам правого крыла Ленинградского фронта: к 17 февраля 1944 года овладеть Нарвой, а затем, прорвав оборону противника севернее Чудского озера, наступать на Пярну, чтобы отрезать пути отхода таллинской группировки противника на юг. Тем временем войска левого крыла Ленинградского фронта должны были наступать в направлении Вильянди — Валга и Тарту — Выру, а далее на Ригу. 2-й Прибалтийский фронт должен был занять город Резекне и наступать на Карасаву.
Однако немцы превратили Нарву в мощный узел сопротивления. В ИВОВ отмечалось: «Несмотря на значительное продвижение вперед, директивы Ставки Верховного главнокомандования о наступлении войск Ленинградского фронта в направлении Валги, Выру и Риги и войск 2-го Прибалтийского фронта на Карасаву все же не были выполнены. Главной причиной этого явилось то, что нашим войскам приходилось преодолевать сильное сопротивление врага, действуя в лесисто-болотистой местности и в крайне неблагоприятных метеорологических условиях: мешали оттепели, метели, туманы. Дорог было мало, да и к тому же они раскисли. Все это дало противнику возможность отвести главные силы 16-й армии и остатки разгромленных войск 18-й армии, занять подготовленный ранее рубеж и оказать упорное сопротивление. Наши войска полтора с лишним месяца вели непрерывные напряженные наступательные бои. Они испытывали острый недостаток в боевой технике. Необходимо было приостановить наступление. По указанию Ставки Ленинградский и 2-й Прибалтийский фронты 1 марта перешли к обороне и приступили к подготовке новых операций».
Как вспоминал впоследствии генерал армии С.М. Штеменко, «до лета 1944 года для расширения масштабов боевых действий на прибалтийских направлениях не имелось достаточно благоприятных условий. Мы располагали там относительно слабыми силами и средствами, а потому предпринимали только частные операции, и результаты их были весьма скромными».
