С середины XVIII столетия миссионерская деятельность среди коренного населения Сибири стала сокращаться, а к концу XVIII столетия совсем ослабла. Стали наблюдаться отпадения от Православия прежде принявших Крещение. В 1828 году в Синоде созрело решение учреждать хорошо организованные миссии в тех пределах, где проживает коренное нерусское население.
Промыслительными путями Божиими призыв найти людей, способных и достойных занять должность миссионера, достиг отца Макария, и он откликнулся на него. Последним и самым сложным испытанием стали глубоко смиренное сознание своего недостоинства к столь великому служению и телесная немощь. Отец Макарий с детства обладал очень слабым здоровьем, а с годами и совсем растратил остатки его. Но сила Божия «в немощи совершается». Укрепляемый благодатию Божией и целиком полагаясь не на себя, но на Бога, отец Макарий отправился в Тобольск. В Тобольске отец Макарий выбрал себе в сотрудники двух семинаристов, которые отличались благонравным поведением и выразили желание также посвятить себя миссионерскому служению. А потом следует удивительное дело: многоученейший архимандрит, предназначенный Святейшим Синодом на пост начальника миссии, составляет для себя и своих сотрудников, недоучившихся еще семинаристов, следующие правила:
«А. Желаем, да будет у нас все общее: деньги, пища, одеяние, книги и прочие вещи; и сия мера да будет для нас удобностию в стремлении к единодушию.
Б. Желаем тому из нас, которому определением Начальства будет поручено особенное попечение о деле проповедания, повиноваться по правилам иноческого общежития как в поручениях, относящихся к проповеданию, так и в других отношениях и случаях; он же должен во всех своих распоряжениях руководствоваться также правилами общежития иноческого и теми постановлениями, какие мы от Начальства приимем за руководство в служении проповедания.
В. Желаем принимать от него наставления со вниманием, смирением и любовию; а его наставления должны проистекать из слова Божия и быть согласными с учением Церкви Восточной и Греко-Российской.
Г. Желаем быть пред ним искренними и откровенными в частом исповедании помыслов и искушений наших и вместе с ним учиться у Господа уклоняться от зла и творить благое; он же обязуется всякое исповедание такое погружать в бездну милосердия Божия, отнюдь не обличая явно того, что ему будет открываемо за тайну; как в исправительных, так и во всех других мерах своих действовать в смиренной памяти о собственной немощи, по долгу любви и снисхождения к братиям, и беспристрастно принимая от них благонамеренные советы, полезные замечания, кроткие напоминания, в случае погрешительности поступков своих искренно виниться перед ними и просить у них прощения и пособия к исправлению своему».
История Алтайской духовной миссии являет собой яркий пример сочетания благодатных дарований апостольства и старчества. Она не была самой древней или самой обширной среди других миссий. Но именно в ней более всего проявился дух апостольства. Алтай собрал для миссионерского служения иноков со многих известных русских монастырей. В монастырях и общинах Алтая, в миссионерских станах подвизались выходцы из Глинской пустыни, из Киево-Печерской Лавры, из Оптиной Пустыни, из Саровского монастыря, из Троицкого Волховского Оптина монастыря и с Афона. Отец Макарий всем находил место в миссионерском деле. Он говорил: «Если не можешь быть ловцом человеков, то лови рыбу для питания ловцов человеков».
Для просветительской деятельности архимандрит Макарий изучил местные наречия инородцев. Целью отца Макария было обращение туземцев в православную веру с помощью их родного языка. Отец Макарий занимался переводом святоотеческих творений, а его ученики и сподвижники их переписывали. Он перевел для алтайцев необходимые молитвы, текст Евангелия, многие места из Деяний и Посланий апостольских, многочисленные псалмы, краткую Священную историю, краткий Катехизис и ряд других книг.
Апостольские труды архимандрита Макария составляют одну из славных страниц в истории православных миссий в Сибири. Архимандрит Макарий разъезжал по алтайским аулам и кочевал, стараясь не упускать ни одной возможности для проповеди. Был ли это сбор ясака или выдача хлеба – на любом собрании алтайцев присутствовал отец Макарий. Зачастую отец Макарий выделял на благоустройство первых миссионерских поселений денежные средства из своей магистерской пенсии, раздавал нуждающимся то сухари, то нитки. Оказывал медицинскую помощь, осуществлял прививки оспы и других болезней, чем заслужил доверие и уважение алтайцев и во многом подорвал авторитет шаманов в деле лечения болезней. Для детей-алтайцев им были открыты три школы для мальчиков в Улале и Майме и одна в Майме для девочек.
С самого начала своей деятельности архимандрит Макарий придавал малое значение «статистическим данным» о количестве крещеных. Он изучал племенные и жизненные особенности различных племен Алтая, их религиозные воззрения, вступая в личное общение с теми инородцами, которые были настроены миролюбиво.
Рассказывая о христианстве, говорил подробнее, только если видел интерес. У каждого, выразившего желание креститься, он выяснял, почему человек принял такое решение, а также наводил справки – какой жизнью он живет. Архимандрит Макарий требовал от желавшего креститься послушания себе и восприемнику, и, только удостоверившись в искренности желания креститься, приступал к оглашению. Оглашение продолжалось от нескольких дней до нескольких недель. За это время архимандрит Макарий разъяснял сущность христианского учения, рассказывая о Боге, сотворении мира, грехопадении, о пришествии Сына Божия для спасения людей от грехов, о Его страданиях, смерти и воскресении, о вознесении на небо и о будущей жизни людей по их смерти, учил его молиться и знакомил с основами православного богослужения и веры. Он крестил только тогда, когда видел плоды своих бесед о христианской вере. Само Крещение архимандрит Макарий считал лишь началом пути христианской жизни.
Миссионерская деятельность отца Макария на Алтае продолжалась почти четырнадцать лет. Это был не только самоотверженный, но и очень грамотный миссионер. За время своего миссионерского служения он окрестил около семисот взрослых алтайцев и более семисот их детей. Обращенные в христианство у отца Макария были сознательные исповедники Христа.
Из-за болезни по собственному прошению в 1843 году архимандрит Макарий был уволен из миссии и определен настоятелем Волховского Свято-Троицкого Оптина монастыря Орловской губернии. Отец Макарий непрестанно всех учил молитве. Учил, всегда применяясь к духовному уровню слушателей: учил начальным молитвам, читал и разъяснял Символ веры, пел молитвы с обучаемыми. Приехав в Волховский монастырь, он был буквально поражен, что местные жители толком не могут даже «Молитву Господню» прочитать. Будучи миссионером по призванию, архимандрит Макарий стал собирать местных жителей для бесед на религиозно-нравственные темы, проповедовал за каждым богослужением, учил молитвам как на церковнославянском языке, так и в русском переводе.
В 1846 году он получил разрешение на командировку в Святую землю, но тяжело заболел, болезнь быстро приняла острую форму и перешла в тиф. 18 мая 1847 года отец Макарий скончался. Перед тем как блаженная душа его отошла к Господу, он поднялся с постели, сел и твердо сказал: «Свет Христов просвещает всех!» Эти последние слова архимандрита Макария явились выражением надежды на конечный успех того святого дела, служителем которого являлся он на земле. Этот святой и богопросвещенный муж познал любовь Божию ко всем людям, живущим в мире: к праведным и грешным, к христианам и язычникам, к друзьям Божиим и к врагам Церкви Его.
Был похоронен в соборном храме Волховского монастыря по правую сторону алтаря. На месте его погребения были устроены два придела – Воскресения Христова и Воскрешения Праведного Лазаря.
Его перевод Ветхого Завета был посмертно опубликован в журнале «Православное обозрение» (1860–1867 гг.) и затем использовался при работе над синодальным переводом Библии.
Ученики отца Макария Глухарева передавали друг другу предания и заветы первоапостола Алтая, продолжали его переводы на алтайский язык, всегда помнили о нем и верили в силу его молитвенного о них ходатайства пред Богом и во всем старались подражать ему.
На торжественном собрании, посвященном столетию со дня рождения основателя миссии (1792–1892), владыка Макарий (Невский) сказал: «Семя Царствия Божия, посаженное отцом Макарием, прозябло, выросло и стало древом, широко раскинувшим свои ветви не только по горам и дебрям Алтая, но и за пределы его – в соседнюю степь Киргизскую. То, что было при основателе единично или считалось немногими единицами, теперь возросло в десятки, сотни и тысячи».
