Попав под обстрел канонерок республиканцев, Белле развернул на берегу батареи, которые после перестрелки потопили две лодки и отогнали остальные. 3 июня русский авангард прорвался в предместья Неаполя. 8 июня почти весь город был освобожден от французов и республиканцев, через четыре дня после обстрела капитулировали крепости Капуя и Гаэта. Лишь замок Кастель-Эльмо с трехтысячным гарнизоном продержался до 29 июня, когда был занят союзными войсками.
Англичане, прибывшие только 12 июня, постарались стать хозяевами положения в Неаполе. Нельсон, отменив условия капитуляции, по которой была гарантирована жизнь сдавшимся, открыл путь для белого террора, стоившего жизни 40 тысячам республиканцев.
После разгрома Макдональда в сражении на Треббии 7–9 июня А. В. Суворовым французские гарнизоны оставались лишь на побережье генуэзской Ривьеры, в Чивита-Веккии, вблизи Ливорно и в Анконе. Последний пункт, занятый первоначально трехтысячным отрядом и постоянно подкрепляемый, занимал положение, из которого французские корабли могли действовать на путях снабжения австрийской армии и войск Суворова в Северной Италии.
Еще 1 мая посланный Ушаковым отряд контр-адмирала Пустошкина вышел с Корфу и 5 мая начал блокаду Анконы, прерывая ее только 14–26 мая для пополнения запасов воды. В отряде состояли русские два корабля и бриг, турецкие — корабль и два фрегата. 30 мая высаженный в порту Пезаро русский отряд майора Гамена (200 человек) с отрядами местных роялистов 1 июня взял крепость Фано, затем — Сенигаллию на подступах к Анконе. В последнем случае корабли успешно взаимодействовали с десантом. Ушаков писал в рапорте, что противнику пришлось рассеивать свое внимание между действиями с суши и моря. Но успешные действия пришлось прервать. 6 июня контр-адмирал получил новый ордер. Извещенный Нельсоном о вступлении франко-испанской эскадры в Средиземное море, Ушаков приказал Пустошкину возвращаться к Корфу.
Ожидая, что франко-испанский флот направится к Египту за французскими войсками, англичане основные силы сосредоточили в районе Минорки и на подступах к Александрии. Однако союзники 19 мая высадили крупные подкрепления армии Моро в Савойе, провели 25 мая конвой в Геную, после чего вернулись в Брест 2 июля.
Узнав о том, что опасность миновала, Ушаков отправил отряд капитана 2-го ранга Войновича из пяти русских, двух турецких фрегатов и двух малых судов с десантом к Анконе, чтобы овладеть этим портом. Адмирал считал, что «…Венецианский залив не будет спокоен, пока не взята будет Анкона».
Отряд Войновича выступил 6 июля, 12 июля высадил в Пезаро десант (430 матросов и солдат); после соединения с неаполитанскими войсками Лагоста были добавлены еще 300 человек. Объединенные силы окружили Фано и 20 июля заставили противника капитулировать. 22 июля союзники с моря и с суши открыли огонь по Сенигаллии; без сопротивления французы подняли белый флаг. После этого началась тесная блокада Анконы, по мощи немногим уступавшей Корфу.
Тем временем французские войска, потерпевшие поражение от австрийцев и войск A. B. Суворова, отошли на север и соединились в генуэзской Ривьере. В сражении при Нови 4–5 августа союзники под командованием Суворова нанесли поражение французам и завершили освобождение Северной Италии. Однако требовалось овладеть Генуей. Суворов обратился к морскому командованию союзников с просьбой обеспечить блокаду Генуи и безопасную доставку из Ливорно продовольствия войскам. Нельсон выделил корабль, фрегат и бриг; отряд этот особой активности не проявлял.
Ушаков, оставив 3 корабля, 4 фрегата и корвет для охраны Корфу, 24 июля с главными русско-турецкими силами (10 кораблей, 6 фрегатов, 6 меньших судов) выступил, 3 августа прибыл в Мессину и интересовался, где Нельсон, чтобы согласовать с ним действия. Получив 4 августа обращение Суворова о блокаде Генуи от 16 июля, он срочно снарядил эскадру контр-адмирала Пустошкина с 2 кораблями, 2 авизо русскими и кораблем и 2 фрегатами турецкими. По инструкции, которую 10 августа Ушаков дал Пустошкину, тому следовало крейсировать у берегов от Ливорно до Генуи и блокировать последнюю.
В тот же день по просьбе неаполитанского короля адмирал дал инструкцию A. A. Сорокину с отрядом из 3 фрегатов следовать к Неаполю и поддерживать порядок в городе силою эскадры и ранее высаженного в Манфредонии десанта. В Неаполь должна была прибыть и эскадра контр-адмирала Карцова из Палермо, на которой было много больных цингой. Ушаков считал пребывание в Неаполе полезным для больных.
Сам Ушаков 11 августа отправился из Мессины в Палермо с 7 кораблями, фрегатом и 4 легкими судами для встречи с Нельсоном и совместных действий. Он знал, что франко-испанский флот вышел из Средиземного моря и прошел мыс Финистерре; за ним гналась английская эскадра.
Тем временем 16 августа Суворов получил приказ Павла I перенести действия в Швейцарию и вытеснить оттуда французов. Почти полностью освобожденная Италия была оставлена на попечение австрийцев. Но действия русского флота продолжались.
18 августа Пустошкин вышел из Мессины с русской частью отряда (на турецких судах началось брожение, и они не выступили). Преодолевая встречные ветры, отряд прибыл в Ливорно лишь 30 августа и до конца года крейсировал у берегов. Только за несколько дней были истреблены 10 неприятельских транспортов. Русские суда обстреливали береговые укрепления, поддерживали огнем наступление сухопутных войск. Высаженный с кораблей русский десант (200 человек под командованием майора Гамена) в начале декабря участвовал совместно с австрийцами в боях под Генуей и после поражения, потеряв 75 человек, отошел к Фано, на суда Пустошкина. В конце декабря эскадра ушла в Ливорно.
Главные силы Ушакова 16 августа выступили из Мессины и 21 августа прибыли в Палермо, где уже с 4 августа стояла эскадра Карцова. 22 августа Ушакова посетил Нельсон; на следующий день русский адмирал отдал визит. В ходе переговоров двух флагманов выяснилось, что англо-португальская эскадра и осаждающие войска должны уйти от Мальты. Нельсон предложил Ушакову блокировать остров, тогда как русский адмирал считал необходимым совместными силами быстрее овладеть Мальтой. Не договорившись, оба адмирала отправились по просьбе короля Обеих Сицилий с морскими силами в Неаполь, откуда Сорокин 25 августа сообщал, что русские войска в чести и охраняют порядок, а над виновными идет суд.
Тем временем в конце августа Кадыр-бей рапортовал Ушакову, что команды его кораблей бунтуют, считая, что слишком долго находятся в трудном походе, и требуют замены. Предлогом явилась драка на берегу с жителями Палермо, в результате которой погибли и пострадали много турок; попытки уговорить турецких моряков не удались. Турецкий адмирал был вынужден подчиниться бунтовщикам и идти к Константинополю.
26 августа эскадра Ушакова прибыла в Неаполь и соединилась с отрядом Сорокина. Фердинанд IV поручил адмиралу руководство военными действиями и подчинил ему неаполитанские войска. Ушаков высадил на берег десантный отряд полковника Скипора (818 человек), направленный по суше на Рим. После взятия Рима адмирал намечал направить 600 человек в помощь войскам, осаждавшим Анкону. К Чивита-Веккии адмирал послал капитан-лейтенанта Эльфинстона с фрегатом «Поспешный» и неаполитанским судном, чтобы препятствовать вывозу ценностей, награбленных французами.
19 сентября отряд Скипора вступил в Рим. Тем временем коммодор Троубридж и другие союзники приняли капитуляцию у гарнизона Чивита-Веккии, позволившую французам свободно эвакуироваться. Так как ко взятию Рима австрийцы не поспели, они повернули к Анконе, чтобы не позволить отряду Войновича взять ее. Русские войска вели упорные бои. Неприятельский гарнизон дошел почти до полного изнеможения. Гавань была тесно блокирована. 2 ноября отряд легких сил мичмана Икскуля из девяти легких судов захватил неприятельский бриг. Но австрийцы, 3 октября пришедшие к Анконе, месяц вели переговоры с гарнизоном и 4 ноября за спиной русских подписали с ним почетную для него капитуляцию.
Тем временем Нельсон, разочаровавшись в возможности 2700 англичан самостоятельно взять Мальту с четырехтысячным гарнизоном, в конце октября предложил Ушакову принять участие в осаде. 20 декабря после подготовки русская эскадра (семь кораблей, фрегат, восемь малых судов с двумя тысячами гренадер на борту) вышла из Неаполя. 22 декабря, зайдя в Мессину, адмирал получил приказ возвратить русскую эскадру на Черное море. Император был разочарован в союзниках, из-за действий которых оказались в трудном положении русские войска в Швейцарии.
1 января 1800 года корабли Ушакова выступили из Мессины и 8 января прибыли на Корфу. Несколько месяцев потребовалось для ремонта. Тем временем эскадра Карцова крейсировала с 20 марта по 2 июня между Сицилией и Барбарским берегом (Тунисом), эскадра Пустошкина находилась в Мессинском проливе, три фрегата Сорокина — в Неаполе, а три фрегата Войновича крейсировали в Венецианском заливе.
