Однако так как окончание постройки лодок, наряду с броненосцами, задерживалось, да и результаты ежегодных учебных десантов оставляли желать лучшего, то не допускавший в этом деле риска И.А. Шестаков настоял на отсрочке операции до полной готовности, так при нем и не достигнутой. Между тем, возрождение Черноморского флота с одной стороны заставляло Турцию прислушиваться к пожеланиям России, с другой же — беспокоило султана и толкало его в объятия Тройственного союза. Более вероятным становилось и проникновение через проливы английской Средиземноморской эскадры, способной при содействии турок поставить Черное море под свой контроль.
Еще одним последствием Афганского кризиса стала попытка управляющего придать большее значение подготовке к борьбе с Англией крейсерами, базирующимися на Владивосток. Считая, что угроза крейсерской войны в Тихом океане может заставить англичан уступить России в интересующих ее внешнеполитических вопросах, он в 1886 году решил усилить Тихоокеанскую эскадру, финансовые же ограничения заставили его сделать это за счет упразднения отряда судов в Средиземном море, несмотря на сопротивление Министерства иностранных дел и диаметрально противоположные предложения контр-адмирала Н.И. Казнакова, доказывавшего большое значение крейсерства у Дарданелл и в Архипелаге. Составленный вслед за тем лейтенантом М.К. Истоминым план содействия Босфорской операции атаками английской эскадры и турецких войсковых транспортов миноносцами на подступах к Дарданеллам был в целом одобрен, но никаких мер к обеспечению его реализации в течение нескольких лет не принималось. В Средиземном море, к некоторому ущербу для внешней политики, остался единственный станционер.
Тихоокеанская же эскадра, с 1887 года постепенно увеличивавшаяся в полном соответствии с расчетами И.А. Шестакова, к концу 1880-х годов достигла намеченной им численности, однако параллельное усиление английской эскадры, китайского и японского флотов, в составе которых появились достаточно мощные броненосцы, свело все усилия российского Морского министерства на нет. Выдвинутый было управляющим в 1887 году, но весьма мало обоснованный план высадки десанта в английских колониях, после его смерти не получил развития. Да и в целом этот второстепенный, по сравнению с европейским, театр, даже в случае достижения господства на нем, не позволял существенно влиять на внешнюю политику Англии, а тем более стран Тройственного союза, что и было учтено преемником И.А. Шестакова, вице-адмиралом Н.М. Чихачевым.
На протяжении 1880-х годов, при обострении ситуации на дальневосточных границах империи, возможность которого связывалась главным образом с военно-политической активизацией Пекина, планировалось по примеру прошлых лет посылать в Тихий океан балтийские эскадры. Другие варианты развития событий практически не рассматривались, хотя возможное столкновение с Японией поставило бы российский флот в трудные условия, а исход его в значительной мере зависел бы от позиции Англии, в руках которой были сосредоточены средства ремонта и снабжения судов в прилегающих к Японии водах.
Что касается Балтики, то руководящие круги морского ведомства считали достаточными имевшиеся средства обороны Петербурга с Кронштадтом, Свеаборга и финляндских шхер. Сверх того, на совещаниях 1881 года положения разработанных в 1854–1855 и уточнявшихся в 1863–1864 и 1877–1878 годах оборонительных планов были объединены с общим указанием на необходимость активных действий и отвлечения германского флота крейсерскими операциями в океане. Опасность высадки десанта на берега Княжества Финляндского и прибалтийских губерний, отличавшихся прогерманскими симпатиями влиятельных слоев населения, осознавалась, но первоначально не рассматривалась. Впрочем, сближение с империей Гогенцоллернов в 1881 году, казалось, устраняло угрозу столкновения в ближайшем будущем,
Тем не менее, И.А. Шестаков прислушался к доводам Н.М. Чихачева, призванного им на пост начальника ГМШ, и согласился дополнить систему базирования Балтийского флота опорным пунктом в Либаве, позволявшим выводить корабли в открытое море даже зимой. Правда, управляющий не признал возможным устроить там крупный военный порт, что ставило решение Особого совещания 21 августа 1881 года относительно борьбы с германским флотом на более твердую почву, а полагал достаточным иметь только морскую станцию», едва отвечавшую потребностям крейсерской войны.
Зато адмирала увлекла мысль дополнить оборону побережья Финского залива устройством передовой позиции для миноносцев в Моонзунде, подсказанная ему капитаном 2 ранга Ф.В. Дубасовым. Однако реализовать этот замысел, предполагавший некоторое смещение рубежа постоянно контролируемых Балтийским флотом вод на запад и юг, за пределы Финского залива, но оставлявший без должной защиты большую часть Курляндского побережья на фланге войск, располагавшихся вдоль границы с Германией и прикрывавших стратегическое развертывание армии, И.А. Шестаков не успел. Сменивший его Н.М. Чихачев, с одной стороны считавший необходимым базирование на незамерзающий порт броненосной эскадры, способной оспаривать у немцев господство на театре или угрожать коммуникациям вторгшихся на Балтику англичан, а с другой — крейсеров большого водоизмещения, пригодных для длительных действий в Атлантике и Индийском океане, на основных путях британской морской торговли, предпочел обустроить Либаву, где уже реконструировался коммерческий порт и намечалось сооружение крепости.
Впрочем, до конца 1880-х годов российский флот, постепенно увеличивавшийся, продолжал опираться практически на прежнюю, все более устаревавшую систему военных портов: на Дальнем Востоке — плохо оборудованный Владивосток, на Черном море — Николаев и расширявшийся с 1884 года, но еще не вполне обустроенный Севастополь, на Балтике — надолго замерзавшие и удаленные от границ Германии Кронштадт, Свеаборг и Ревель. Эта система, позволявшая решать отдельные задачи береговой обороны и обеспечить Босфорскую операцию, не удовлетворяла потребностям войны с Германией или Англией. Последнюю Шестаков считал главным противником России. Однако, хотя она была уязвима лишь в океанах, на торговых коммуникациях, Морское ведомство не сумело расширить возможности для ведения успешной крейсерской войны. У него по-прежнему отсутствовали угольные станции, равно как и система снабжения и осведомления крейсеров в целом, не было достаточного числа кораблей с большой автономностью, высокой скоростью и сильным вооружением.
Правда, поиски мест для устройства легальных или секретных опорных пунктов в дальних морях продолжались на протяжении всех 1880-х годов, но успеха не имели. Кроме того, министерство весьма неспешно обновляло состав морально и физически устаревавших крейсеров, поэтому они становились оружием скорее психологическим, нежели боевым, что во многом подтвердилось в дни Афганского кризиса. Наконец, все более сомнительной становилась сама идея крейсерской войны, особенно с Англией — одним из важнейших, наряду с Германией, торговых партнеров России. Даже кратковременная приостановка экспортно-импортных операций могла отозваться неприемлемо высокими экономическими потерями, далеко превосходящими ожидаемые военно-политические приобретения. Заметно осложнились бы и внутрихозяйственные связи, так как в силу географического положения страны важнейшие морские пути дальнего каботажа легко блокировались.
Но именно крейсера, как и в предыдущий период, оставались единственным инструментом морского ведомства, использовавшимся для решения внешнеполитических задач. Несмотря на пребывание в Средиземном море броненосца «Петр Великий», крейсера обеспечивали присутствие российского флага в египетских водах во время кризиса 1882 года. Они же в 1886 году были посланы к берегам Болгарии и участвовали в международной морской блокаде Греции, правда, учитывая специфику российско-греческих отношений, не проявляя излишней активности. Следует отметить, что количественная и качественная неравноценность представлявших Россию корабельных соединений иностранным лишь подчеркивала ограниченность находившихся в ее распоряжении средств воздействия на международную политику. Тем не менее, благодаря подобным акциям Петербургу удавалось сохранять свое место среди великих держав.
Развитию коммерческого судоходства российское правительство уделяло сравнительно мало внимания, ограничиваясь содержанием Добровольного Флота и субсидированием нескольких пароходных обществ, приносившим, правда, определенную пользу. Неоднократные предложения разных предпринимателей о создании при помощи государства крупных частных судостроительных и судоходных фирм по экономическим соображениям не встречали сочувствия, главным образом у Министерства финансов, Государственного контроля и Департамента экономии Государственного Совета. Следует отметить, что достаточно глубокую заинтересованность в судьбах мореходства, прежде всего на русском Севере, проявляла верховная власть. Однако результаты ее вмешательства в объективные процессы становления отечественного торгового мореплавания были довольно скромными. Поэтому коммерческий флот не мог достойно служить военному резервом личного состава и материальных средств и лишь со значительным напряжением обеспечивал последний вспомогательными судами.
