Клинтона. В 1802 году ведущий республиканский журналист штата Джеймс Читэм, перешедший на сторону клинтонианцев, обвинил Бурра в попустительстве с целью получить президентский пост для себя на выборах 1800 года. Эти обвинения оказали разрушительное воздействие на репутацию Берра среди республиканцев во всём мире. К 1804 году республиканская фракция в Конгрессе не дала ему ни одного голоса в качестве кандидата в вице-президенты и заменила его Джорджем Клинтоном.
После долгой и бесполезной беседы с Джефферсоном в январе 1804 года, в которой Берр, очевидно, просил о назначении, он решил баллотироваться на пост губернатора Нью-Йорка против кандидата от республиканцев, поддерживаемого семьями Клинтонов и Ливингстонов. Разочарованный тем, что проиграл гонку, несмотря на некоторую поддержку федералистов, Берр, по словам одного из его близких друзей, «был полон решимости вывести на чистую воду первого респектабельного человека, замешанного в позорных публикациях о нём». Гамильтон выступал против кандидатуры Берра, и он стал этим человеком. По словам врача из Олбани, Гамильтон на званом обеде высказал «ещё более презрительное мнение» о Бурре, чем просто сказал, что он «опасный человек». Когда Гамильтон упустил возможность откреститься от этого инцидента с помощью уклончивых замечаний, перепалка между двумя мужчинами вышла из-под контроля. В конце концов, разозлившись до предела, Берр «потребовал от генерала Гамильтона полного отречения от любых намерений в его различных разговорах передать впечатления, унижающие честь М. Берра». Когда Гамильтон отказался дать такое полное отрицание, Берр вызвал его на дуэль.
Гамильтон неохотно принял вызов Берра, и 11 июля 1804 года они встретились в Уихокене, штат Нью-Джерси. Смерть Гамильтона от полученных ран на следующий день вызвала бурный траур, а Берр, потрясённый реакцией на смерть Гамильтона, был вынужден бежать из Нью-Йорка на остров Пирса Батлера у побережья Джорджии. С ордерами на его арест вице-президент стал беглецом от правосудия.
Бурр уже подумывал о каком-нибудь подвиге на Западе, который мог бы восстановить его репутацию и состояние. Поскольку война между Соединёнными Штатами и Испанией становилась все более вероятной, а волнения в Нью-Йорке утихали, Бурр много раз встречался с генералом Уилкинсоном в Вашингтоне зимой 1804–1805 годов и изучал карты Флориды и Техаса. Ему казалось, что офицеры на Западе настолько оторваны от республиканской администрации, что их можно завербовать для выполнения любых задач. В декабре 1804 года генерал Джон Адэр, спекулянт из Кентукки, написал Уилкинсону, что его кентуккийцы «полны предприимчивости» и готовы к действию. «Мексика блестит в наших глазах — мы ждём только слова». В то же время Берр пытался заручиться британской финансовой и военно-морской поддержкой своих планов, которую англичане отказались предоставить. Весной 1805 года он путешествовал по Огайо и Миссисипи и общался с друзьями и другими людьми, включая Эндрю Джексона в Нэшвилле и Уилкинсона в Сент-Луисе. Хотя война с Испанией так и не началась, летом 1806 года Берр повёл шестьдесят человек и полдюжины плоскодонных лодок вниз по Миссисипи к Новому Орлеану.
Поскольку Берр говорил так много разных вещей разным людям, его конечная цель никогда не была полностью ясна. Собирался ли он просто возглавить американцев в филистерской экспедиции, чтобы отвоевать у Испании Западную Флориду или Техас? Или же он действительно намеревался отделить Запад от Союза и создать свою собственную империю? Пока ходили противоречивые слухи, федеральные чиновники в Кентукки поздней осенью 1806 года предъявили Бёрру обвинение в подготовке военной экспедиции против Мексики, но сочувствующее большое жюри отказалось предъявить ему обвинение. Поскольку администрация Джефферсона все больше и больше беспокоилась о деятельности Бурра на Западе, Уилкинсон решил спасти себя, предав Бурра. В ноябре 1806 года он предупредил президента Джефферсона о «глубоком, тёмном и широко распространённом заговоре» и приказал арестовать Бурра. Будучи, как всегда, щепетильным в вопросах конституции, Джефферсон беспокоился о том, имеет ли президент право призвать регулярные вооружённые силы для подавления внутренней попытки расчленения Союза, поэтому он попросил Конгресс принять закон, дающий ему такие полномочия.
После ареста Бурр был досрочно освобождён. Затем он попытался бежать на испанскую территорию, но был схвачен и доставлен в Виргинию. В 1807 году ему было предъявлено обвинение в государственной измене, и он предстал перед окружным судом США в Ричмонде, штат Вирджиния, с председателем Верховного судьи Джоном Маршаллом в качестве судьи. К несчастью для Берра, Джефферсон уже сообщил Конгрессу, что вина Берра «не подлежит сомнению». Ранее Джефферсон довольно легкомысленно относился к вопросу об отделении Запада от Союза; но в тех случаях он исходил из того, что западные районы, а именно Кентукки и Теннесси, полны американцев, верящих в американские принципы, и поэтому их граждане не слишком искушены в дезунионистских планах. Но Берр угрожал отделением Нового Орлеана, который ещё не был заполнен американцами, и это имело значение.
Решив, что Берр будет признан виновным в государственной измене, Джефферсон упорно добивался его осуждения. Решения Маршалла во время судебного процесса и его строгое определение государственной измены разочаровали Джефферсона. В итоге Берр был признан невиновным, но его политическая карьера была разрушена. Он с позором бежал из страны и вернулся лишь несколько лет спустя, чтобы прожить остаток своей жизни в безвестности.
Запад Джефферсона, конечно же, всё ещё был населён индейцами, которые были для него столь же очаровательны, как и сам Запад. Хотя Джефферсона много критикуют за отсутствие современных этнографических симпатий, на самом деле он был более чутким этнографом, чем большинство его современников. Ни один президент в истории Америки не интересовался коренными народами так, как Джефферсон. Он собирал каждую крупицу информации о них — их тела, их ораторское искусство, их привычки, их языки; фактически, он провёл большую часть своей жизни, собирая и изучая индейские словари.
Одержимость Джефферсона индейцами разделяло большинство его соотечественников. Действительно, никогда ещё в истории Америки индеец не занимал такого центрального места в надеждах и мечтах образованных белых американцев. И никогда прежде индеец не вызывал такого восхищения и не прославлялся так, как это делало поколение Джефферсона. Поскольку именно это поколение по сути уничтожило общество и культуру индейцев, живших к востоку от Миссисипи, такая привязанность становится ещё более любопытной и ироничной. На самом деле она выросла из нервозности американцев по поводу своего обитания в Новом Свете. Лучшими научными авторитетами западного мира американцы времён ранней республики были проинформированы о том, что американская природная среда пагубна для всего животного мира. На самом деле было что-то ужасно неправильное — что-то, заложенное в самой природе, — что делало климат Нового Света вредным для всех живых существ, включая индейцев, которые были единственными коренными жителями Нового Света.
