Территория его дальнейших исследований примыкала к Пермской губернии и распространялась на юг, охватывая семь губерний: Казанскую, Вятскую, Пермскую, Уфимскую, Оренбургскую, Симбирскую и северную часть Самарской. Эту обширную территорию Сергей Иванович подразделяет на 6 растительных областей: 1) альпийскую, 2) область хвойных лесов, 3) область лиственных лесов, 4) лесостепную область, 5) область луговых степей, 6) область ковыльных степей. Здесь он выступает как последовательный ученик П. Н. Крылова. Он заимствует его методы работы. Все виды растений, населяющие эти области, Коржинский подвергает тщательному изучению, выясняет систематическое положение, синонимику, характерные особенности экологии, биологии, эволюции. В качестве категории, у которой наиболее полно выражено формирование ареала и морфологических признаков, Коржинский считает расу. Объем и значение этого понятия он выразил в следующих словах: «Все формы, которые при обладании известными морфологическими отличиями представляют особый ареал распространения, я считаю за отдельные самостоятельные расы.
Эти расы суть истинные систематические географические единицы. Они подлежат исследованию и изучению, как нечто действительно существующее. Между тем виды и подвиды представляют нечто условное. Их объем и значение определяются известной точкой зрения, известным субъективным масштабом.
По степени своей внешней и внутренней индивидуализации расы проявляют значительное разнообразие, от неясных, сливающихся форм до резко ограниченных видов. Поэтому их можно разделить на несколько категорий и обозначить названиями таксономических единиц разного достоинства. Эти категории суть не что иное, как стадии развития вида от его первых зачатков до полного сформирования».
Названными категориями у С. И. Коржинского были виды (по Коржинскому, расы), полностью сформировавшиеся, с вымершими промежуточными формами, не скрещивающиеся (за очень редким исключением) между собой; подвиды — не вполне сформировавшиеся, которые имеют многочисленные переходные формы и дают плодовитое потомство от скрещивания между собой.
Помимо форм, подходящих под эти категории, изменчивость растений создает и такие формы, которые никак нельзя назвать расами, хотя бы вследствие отсутствия у них ареала. Сергей Иванович также подразделяет их на две группы: вариации, уклонения, которые происходят, как он говорит, «в силу свойственной всем существам тенденции изменчивости» и не зависят от воздействия внешней среды, и модификаций, уклонений, происходящих под прямым влиянием внешней среды.
Учитывая, что распознавание мелких форм всегда несет печать субъективизма, С. И. Коржинский подчеркивает, что «совокупность внешних признаков еще не исчерпывает того, что мы называем видом, подвидом или расой. Вся сумма этих наружных признаков есть не что иное, как следствие или внешнее выражение известной внутренней индивидуализации вида или расы. Ее можно назвать морфомой, отражением истинного существа, или бионта, вида. Бионт же вида характеризуется целым рядом других специфических свойств, такими как половые и социальные отношения к другим формам, продолжительностью периодов развития, известными реакциями на те или другие климатические условия, почвенные» и т. п.
Взгляд С. И. Коржинского на вид как на группу близкородственных организмов (рас), достигающих определенной степени морфологического и географического развития, получил дальнейшую разработку в трудах современных ботаников, которые отстаивают необходимость применения понятия «вид-агрегат».
Во «Флоре Востока Европейской России» Коржинский широко использует карту, что для того времени было новинкой. На карте он тщательно отмечает местонахождения отдельных видов, вычерчивает их ареалы как внутри района исследований, так и на всем остальном пространстве.
«Описания и описания, бесконечные описания и полное отсутствие критического исследования», — такими словами характеризует Сергей Иванович флористику своего времени. Он первым из ботаников применил анализ как метод познания флоры. Взамен статистического понимания флоры как застывшего и конечного С. И. Коржинский подчеркивает: «Флора каждой страны есть нечто живое, нечто находящееся в вечном движении, подверженное непрерывным, постоянным превращениям, имеющее свою историю, свое прошедшее и будущее». Этим открытием исторического развития флоры современные ботаники пользуются чрезвычайно широко. В определении понятия флоры отразился исторический подход Сергея Ивановича как эволюциониста к изучаемым явлениям. Он указывает новые пути исследования флоры: систематическое изучение составляющих ее видов, главным образом с точки зрения места происхождения и степени их обособленности друг от друга, выяснение центров происхождения и площади обитания (ареала). Таким образом, по Коржинскому, изучение флоры неизбежно должно включать познание ее истории.
Крылов в это время работает над сравнительно небольшой, но также вошедшей в историю ботаники книгой «Липа на предгорьях Кузнецкого Алатау», посвященной флористическому описанию реликтовых липовых насаждений в Горной Шории. Не говоря о том, что он указал для небольшого островка темнохвойной тайги 170 видов, он детально остановился на реликтовости липы в Сибири. «… Нахождение липы — этого члена формации широколиственного леса — в незначительном количестве, но далеко в глубине Сибири возбуждает особый интерес. Что из себя представляет здесь это дерево, выделенное из родной ему формации? Имеет ли оно себе сотоварищей или скитается здесь одиноко среди чуждого ей элемента? Каким путем переселилась сюда липа, не совершилось ли это переселение в позднейшее время, не совершается ли и до сих пор? Или же известные в настоящее время местонахождения этого дерева являются лишь остатками более обширных лесов, некогда распространенных в Сибири». Эта работа была опубликована в 1891 году. Именно за эту чисто ботаническую работу Томским университетом ему была присуждена степень магистра фармации и фармакогнозии. Очевидно, это был первый случай, когда такую степень присуждали лицу без законченного среднего и высшего образования.
Липа в предгорьях Горной Шории
В Томске С. И. Коржинский прожил 4 года. За это время он совершил экскурсии вокруг Томска, собирая растения южной тайги и северной лесостепи.
