Когда неделю спустя Флиндерс принял командование судном, его уже начали переоборудовать для предстоящего плавания. Флиндерс с помощью президента Королевского общества Бэнкса получил разрешение Адмиралтейства на полный контроль за ходом этих работ, а также за подбором экипажа, оснащением судна различным исследовательским оборудованием, покупкой и погрузкой продовольствия.
Флиндерс скрупулезно следил за снаряжением судна в далекий и трудный путь. Был взят запасной руль, оборудованы дополнительные баки для пресной воды. Для того чтобы освободить для них место, десять крупнокалиберных пушек были заменены на легкие орудия. Флиндерс распорядился погрузить на корабль большое количество лимонного сока, уксуса, кислой капусты как противоцинготных средств.
Одновременно Флиндерс с большой тщательностью отбирал команду корабля. Желающих принять участие в экспедиции было очень много. Однажды Флиндерс сказал, что хотел бы посмотреть одиннадцать человек, а пришло двести пятьдесят. О Флиндерсе шла слава не только как об опытном навигаторе, но как и о гуманном человеке, хотя и требовательном. К тому же нельзя не учитывать, что в это время шла война, поэтому куда спокойнее было отправиться в плавание к берегам Новой Голландии, чем принимать участие в морских сражениях в европейских водах. Так что у Флиндерса был большой выбор, и он не преминул этим воспользоваться.
Прекрасно был подобран научный состав экспедиции: ботаник Роберт Браун, картограф Уильям Уэстолл и художник Фердинанд Бауэр. Все они, как и Флиндерс, были люди молодые. Самым юным из них был Бауэр, которому исполнилось лишь девятнадцать лет. На должность второго лейтенанта Флиндерс пригласил своего брата Сэмюэла.
Во время подготовки экспедиции Дж. Бэнкс был для Флиндерса добрым гением. Он вовремя вступал в дело, устраняя возникавшие препятствия, оказывал нужную помощь и поддержку. Это ускоряло ход подготовительных работ. А времени было мало. Чтобы быть на месте в наиболее благоприятное для экспедиции время, «Исследователь» должен был прийти в Порт-Джексон в декабре 1802 г., т. е. через одиннадцать месяцев после назначения Флиндерса капитаном корабля. По крайней мере половину этого времени должна было занять плавание. На отбор экипажа и снаряжение судна у Флиндерса оставалось не более пяти месяцев. Время для Англии было трудное, французская угроза становилась все серьезнее. Доставать все необходимое для экспедиции было очень сложно.
15 марта Флиндерс сообщил Адмиралтейству, что корабль почти готов к плаванию и что он надеется отправиться в Новую Голландию через месяц.
День ухода в плавание приближался. Флиндерса мучил вопрос, как быть с Аннетт. Он чувствовал, что не может уйти в море без нее. Аннетт, которая также горячо любила Мэтью, настойчиво спрашивала в письмах, как он думает устроить их будущую жизнь.
6 апреля Флиндерс написал Аннетт письмо, в котором предлагал ей, если она готова соединить свою жизнь с моряком, имеющим «лишь запас белья и немного денег», плыть с ним в Порт-Джексон, где он поселит её «под дружественной крышей», пока сам будет занят «самой опасной частью плавания». А затем они вернутся в Англию.
Аннетт с радостью согласилась. Влюбленные решили тайно обвенчаться. После этого Мэтью должен был тайно доставить Аннетт на борт «Исследователя».
Венчание состоялось в Линкольншире в пятницу 17 апреля, а в понедельник молодожены были в Лондоне. Теперь Флиндерс страстно желал как можно скорее уйти в море. Но этого нельзя было сделать до получения от французского правительства специального документа, своего рода охранной грамоты. Выдавалась она лишь кораблям, осуществлявшим плавания с мирными целями, чтобы обезопасить их в период войны.
Впервые такой документ был получен британским правительством при посредстве американского посла во Франции Б. Франклина от французского правительства для Дж. Кука, что позволило последнему беспрепятственно заниматься исследованиями в Тихом океане. 13 июня 1800 г, британское правительство выдало соответствующий документ Николасу Бодену.
20 марта 1801 г. Адмиралтейство обратилось в министерство иностранных дел Великобритании с просьбой получить у французского правительства охранный документ для Флиндерса. Министерство ответило, что оно сделает это не теряя времени. Однако запрос был послан через месяц, а документ получен лишь 23 июня 1801 г. За это время Флиндерс пережил много неприятностей, которые чуть было не привели к концу его морскую карьеру.
Через несколько недель после того, как Флиндерс поселил Аннетт на «Исследователе», на корабль неожиданно прибыла инспекция из Адмиралтейства. Инспекторы, как было потом записано в акте, «обнаружили в каюте капитана женщину без шляпки», что они расценили «как весьма откровенное свидетельство того, что это был ее дом».
Лорды Адмиралтейства категорически потребовала удалить Аннетт с корабля. Флиндерс был предупрежден, что, если в Адмиралтействе станет известно, что Аннетт «оказалась в Новом Южном Уэльсе, его немедленно отстранят от командования кораблем».
«Это правда, что у меня было намерение взять миссис Флиндерс в Сидней, — писал Флиндерс в своем ответе Адмиралтейству, — и оставить ее там, пока я не добьюсь цели, поставленной перед экспедицией. Отправляясь домой, я предполагал снова взять ее на корабль. Адмиралтейство, вероятно, предположило, что я собирался держать ее на борту корабля во время экспедиции, но это не так». Флиндерс надеялся своим признанием смягчить лордов Адмиралтейства и добиться, что бы Аннетт разрешили сопровождать его в плавании. Он просил Бэнкса помочь ему убедить лордов. Но все было тщетно. Аннетт должна была остаться в Англии. От пережитых волнений Аннетт расхворалась и оставалась в Лондоне до начала июля, затем она вернулась к родителям в Линкольншир. Флиндерс очень страдал. В письме к жене, написанном в самом конце июня, он горько сетовал: «Могу ли я, живя без тебя, быть счастливым? Конечно, нет». Дни тянулись тоскливо.
17 июля Флиндерс получил наконец пакет из Адмиралтейства. В нем находились инструкции относительно предстоящего плавания, разрешение французского правительства, списки материалов и инструментов, переданных Флиндерсу, а также указание губернатору Нового Южного Уэльса выделить в распоряжение руководителя экспедиции в качестве сопровождающего судна находившийся там корабль «Леди Нельсон». Этот бриг водоизмещением в 60 тонн имел небольшую осадку и мог быть использован при исследовании заливов и рек. Кстати сказать, бриг «Леди Нельсон», покинувший Англию в начале, 1800.г., был первым судном, которое прошло в Новый Южный Уэльс через Бассов пролив.
