17 июля Флиндерс получил наконец пакет из Адмиралтейства. В нем находились инструкции относительно предстоящего плавания, разрешение французского правительства, списки материалов и инструментов, переданных Флиндерсу, а также указание губернатору Нового Южного Уэльса выделить в распоряжение руководителя экспедиции в качестве сопровождающего судна находившийся там корабль «Леди Нельсон». Этот бриг водоизмещением в 60 тонн имел небольшую осадку и мог быть использован при исследовании заливов и рек. Кстати сказать, бриг «Леди Нельсон», покинувший Англию в начале, 1800.г., был первым судном, которое прошло в Новый Южный Уэльс через Бассов пролив.
Адмиралтейство опасалось, что Флиндерс может встретиться с экспедицией Николаса Бодена у австралийских берегов и начать бой. Поэтому в случае встречи с французскими кораблями Флиндерсу предписывалось действовать так, как «если бы между двумя странами не было состояния войны».
В связи с этим следует сказать несколько слов о французской экспедиции и о самом Николасе Бодене. Последний родился во Франции в 1750 г., большую часть своей морской службы провел, плавая на торговых судах. В 1786 г. он был зачислен лейтенантом во французский военно-морской флот. Боден плавал в Вест-Индию, и Китай, Малайю и к мысу Доброй Надежды.
Он имел репутацию опытного навигатора. Поэтому, когда в 1798.г. французские ученые предложили Наполеону, занимавшему в то время пост первого консула, послать экспедицию в Новую Голландию, ее командиром пыл назначен Боден.
Для экспедиции было выделено два тридцатипушечных корвета — «Географ» и «Натуралист». Первым командовал сам Боден, вторым — Эммануэль Гамелен.
И хотя экспедиция готовилась очень тщательно, проходила она неудачно. Плавание к острову Маврикий продолжалось 145 дней. Дисциплина на кораблях была очень низкой. Дезертировало 50 человек, в том числе 10 из научного персонала экспедиции. Сорок дней Боден простоял у Маврикия, а когда 25 апреля 1801 г. вышел в плавание, австралийская зима была в разгаре. Поскольку у южного побережья пятого континента бушевали бури, Боден, плывя на север, начал изучение западного берега Новой Голландии. 30 мая «Географ» бросил якорь в месте, где сейчас расположен город Басселтон. Здесь Боден потерял из виду «Натуралиста» и решил на одном корабле плыть на север, делая зарисовки побережья. От мыса Левек «Географ» повернул к Тимору, где встретился с «Натуралистом». От Тимора Боден направился к Земле Ван Димена, плывя вдоль западного побережья Новой Голландии на юг. У входа в Бассов пролив сильный шторм опять разъединил французские корабли. «Натуралист» пошел в Сидней, а «Географ» продолжил исследования берегов Бассова пролива. Был уже апрель 1802 г.
Флиндерс начал плавание 18 июля 1801 г. Перед самым уходом в море он особенно сильно страдал от разлуки с Аннетт. «Философская невозмутимость, которую я изображал перед тобой, — писал Мэтью Флиндерс Аннетт, — покинула меня, и я чувствую себя так же нелепо в разлуке с тобой, как одно лезвие ножниц, отделенное от другого». Другое письмо, посланное Аннетт за несколько дней до отплытия, было бодрее: «Теперь уж скоро я уйду из Англии, и каждый прожитый день будет приближать время моего возвращения. Оставайся уверенной, моя дорогая, в пылкости и неизменности чувств твоего Мэтью Флиндерса, любящего тебя безмерно».
Команда не догадывалась о душевном состоянии Флиндерса, для нее он оставался неутомимым капитаном, поглощенным своим делом. В день отплытия сделанная им запись в судовом журнале предельно лаконична: «В 10 часов был дан сигнал и поднят якорь. Умеренный бриз при прекрасной погоде».
Флиндерс, подсчитав, что 48 тонн питьевой воды, имевшейся на борту, не хватит до мыса Доброй Надежды, решил сделать остановку у островов Мадейра, которые принадлежали Португалии. 6 июня 1801 г. Наполеон вынудил португальцев подписать в Бадахосе договор, запрещавший английским кораблям заходить в португальские порты, но когда в начале августа Флиндерс подошел к островам, то оказалось, что они оккупированы 85-м полком британской армии. В главном городе Мадейры Фуншале Флиндерс пополнил запасы продовольствия и пресной воды и 7 августа направился к мысу Доброй Надежды.
В шесть часов вечера 17 октября «Исследователь» бросил якорь у Кейптауна. Прошло ровно три месяца с начала плавания. Эти первые месяцы показали, что Флиндерс действительно был «нужным человеком на нужном месте». Следуя опыту Кука, он заботился не только о выборе наиболее целесообразного пути и поддержании строгой дисциплины среди команды, но и о здоровье членов экипажа, Флиндерс тщательно следил не только за питанием, но и за тем, чтобы люди в условиях утомительного, длительного и однообразного плавания не теряли, бодрость духа. 3 сентября Флиндерс записал в своем дневнике: «Овсяную кашу на завтрак четыре дня вместо трех, а рисовую, которая теперь заменит сыр, готовить на завтрак в остальные три дня недели. Вареный горох на обед — четыре дня, как обычно, в остальные три дня давать на каждого человека по пинте первого блюда, состоящего из двух унций супа, двух унций шотландского ячменя и такого количества лука, перца и т. п., какое может быть туда добавлено, и достаточное количество воды. Таким образом, люди ежедневно будут иметь горячий завтрак, а также горячий суп на обед, кроме обычной еды (солонина и пиво)».
В дневнике Флиндерса есть такая запись: «Барабан и флейта играют каждый вечер, как обычно, для тех кто танцует или устраивает какие-либо игры». «7 сентября, — отмечал Флиндерс, — мы находились на 0°43′ северной широты и ожидали, что пересечем экватор в это же время следующей ночью. Частью моего плана сохранения здоровья людей является поощрение активных развлечений, не мешающих выполнению их обязанностей на корабле, поэтому в этот вечер должна состояться старинная церемония, проводимая по этому случаю».
Результатом забот Флиндерса было то, что в течение трехмесячного плавания не заболел ни один человек из команды.
Во время плавания обнаружилось плохое состояние судна. Это очень беспокоило Флиндерса. 6 сентября 1801 г. в его дневнике появилась такая запись: «Корабль дает все большую течь… к концу недели уровень, моды в трюме поднимался до пяти дюймов в течение часа… У меня с самого начала сложилось мнение о непрочности судна, теперь оно полностью подтвердилось. Почему же не сделали соответствующего представления и не был выделен более прочный корабль? Дело в том, что потребность военно-морского флота в подобных судах в то время была весьма неотложной, и мне дали понять, что лучшего судна предоставлено быть не может. А страстное желание завершить исследование берегов. Terra Australis не позволило мне отказаться от предложенного корабля».
