ему пришлось принести присягу президента этому человеку, которого он так сильно недолюбливал. Как ни неловка была ситуация, всё, что он мог сделать, чтобы показать своё недовольство, — это отвернуться от Джефферсона во время принесения присяги.
Хотя в период с 1789 по 1801 год Федералистский суд принял решение всего по шестидесяти трём делам, он, безусловно, сделал многое для утверждения своего положения в национальном правительстве. Он утверждал, что уголовное общее право действует в федеральных судах, и стремился выработать расширенное определение измены Соединённым Штатам, чтобы укрепить федеральную власть. Он расширял свою юрисдикцию за счёт судов штатов, защищал гарантированные права от вторжения штатов и утверждал верховенство федеральных законов над законами штатов. Помимо того, что Суд приступил к разработке своих правил процедуры, он проделал долгий путь к налаживанию отношений с нижестоящими федеральными судами и судебными органами штатов.
Однако, несмотря на многообещающее развитие федералистского института, он оставался, по словам Гамильтона, «наименее опасной» ветвью власти и был далёк от того, чтобы иметь последнее слово в толковании Конституции. Конгресс претендовал на роль не менее важного толкователя Конституции, как и штаты. По мере того как Америка становилась все более демократичной, Верховный суд, как и все суды, казался все более аристократичным и уязвимым для нападок со стороны населения. Найти способных людей для работы в нём становилось всё труднее. В период с 1789 по 1801 год в Суде работали двенадцать человек. Пятеро из них, включая двух главных судей, ушли в отставку. Суд с трудом собирал кворум, из-за чего рассмотрение дел переносилось, а иногда заседания и вовсе отменялись. Моральный дух в Суде ухудшился. Джон Джей, отклонив предложение Адамса о повторном назначении на пост главного судьи, объяснил, что у суда нет необходимой «энергии, веса и достоинства» для поддержки национального правительства и мало шансов приобрести их.
Маршалл решил исправить эту ситуацию. Он стремился сплотить Суд, отказавшись от прежней практики, когда каждый судья выносил своё собственное мнение, что было принято как в английских судах XVIII века, так и в судах американских штатов. Вместо этого он убедил младших судей в большинстве случаев принимать коллективное решение (обычно написанное им самим), тем самым повышая авторитет Суда за счёт того, что он выступал единым фронтом.
Он не навязывал своё мнение коллегам с сильными взглядами. Напротив, он превратил Суд в «группу братьев» и работал над достижением консенсуса путём дружеских дискуссий и нередких бокалов вина. В Суде существовало правило, согласно которому вино пили только во время дождя. Маршалл мог выглянуть в окно в солнечный день и решить, что винопитие допустимо, поскольку «наша юрисдикция распространяется на столь обширную территорию, что доктрина вероятности позволяет с уверенностью утверждать, что где-то должен идти дождь».
За первые четыре года пребывания Маршалла в должности, с 1801 по 1805 год, Суд вынес сорок шесть письменных решений, все из которых были единогласными. Маршалл участвовал в сорока двух, и в каждом из них он написал мнение суда. Даже после 1810 года, когда республиканских судей стало больше, чем федералистов, Маршалл сохранил своё приятное доминирование. Джозеф Стори, который поступил в суд в 1811 году в возрасте тридцати двух лет как республиканец и трезвенник, быстро поддался обаянию Маршалла и его винопитию и стал его горячим сторонником. В общей сложности с 1801 по 1815 год Маршалл написал 209 из 378 заключений Суда.
В конечном итоге главным достижением Маршалла стало сохранение существования Суда и отстаивание его независимости в условиях враждебного республиканского климата. Он начал с того, что изменил лордский имидж Суда. При федералистах судьи, как правило, носили либо индивидуальные академические мантии, либо мантии алого цвета с горностаем в подражание английской королевской скамье — одежду, которую один сенатор-республиканец назвал «мантией цвета партии» деспотичной судебной власти. Своим примером Маршалл побудил своих коллег носить простые чёрные мантии республиканского образца, которые использовали судьи Вирджинии.
Этот символический отказ от монархизма был лишь первым шагом в попытках Маршалла уйти от партийной политики 1790-х годов. Он упорно стремился достичь какого-то согласия с другими ветвями власти и, по крайней мере, вплоть до войны 1812 года старался по мере возможности избегать прямой конфронтации с республиканцами. Все его уклонения и осторожность, как он позже сказал судье Стори, были основаны на его вполне здравом страхе, что судьи могут быть «осуждены как стая консолидирующихся аристократов».
В ряде решений суд отступил от некоторых передовых позиций, которые федералисты пытались установить для судебной системы и федерального законодательства в 1790-х годах. Поскольку пламенные пристрастные обвинения в адрес больших присяжных со стороны судей-федералистов, особенно судьи Чейза, возбудили политические страсти республиканцев, председатель суда быстро приступил к попыткам изменить поведение судей-федералистов. Он сознательно воздерживался от политических заявлений в своих обвинениях большим присяжным и отказывался публиковать их в газетах, «заявляя, что установил это как правило, от которого не намерен отступать».
Поскольку утверждение федералистов о том, что в федеральных судах действует английское общее право, вызвало столь сильную враждебность республиканцев, в 1800 году он предположил, что это не так, и возложил ответственность за распространение «этой странной и абсурдной доктрины» на «некоторые пенистые газетные публикации». Однако это лукавое предположение было несколько неискренним, поскольку Маршалл отрицал наличие в судах только «общего права Англии»; он соглашался с тем, что в каждом штате существовали версии американского общего права, на которые могли ссылаться судьи как судов штатов, так и федеральных судов. Но даже это было слишком открытой позицией, и в нескольких решениях между 1807 и 1811 годами суд Маршалла заявил, что «юрисдикция судов Соединённых Штатов зависит исключительно от конституции и законов Соединённых Штатов». Наконец, в деле Соединённые Штаты против Хадсона (1812 г.) суд постановил, что федеральные суды не обладают юрисдикцией в области общего уголовного права. Хотя это решение сметало ряд прецедентов низших федеральных судов и перечеркнуло два десятилетия утверждений федералистов, оно, вероятно, было неизбежным. По словам суда, этот вопрос был «давно решён в общественном мнении».
Даже в ходе судебного процесса 1807 года над Аароном Бурром, который Маршалл расценил как «самое неприятное дело, когда-либо представлявшееся судье в этой или, возможно, в любой другой стране, где действуют законы», главный судья тонко подрывал прежние позиции федералистов. В своём решении он отказался от широкого определения государственной измены, которое федералисты использовали в 1790-х годах при преследовании участников восстаний виски и фризов, и вместо этого дал узкую трактовку определения государственной измены в Конституции. Выступая от имени суда, Маршалл заявил, что заговор с целью развязывания войны и фактическое развязывание
