Прокламации сделали свое дело. Среди команд батавских кораблей вспыхнуло движение в пользу штатгальтера, перешедшее в открытое возмущение. Все усилия адмирала Сторей и некоторых офицеров вернуть команды к повиновению оказались тщетными. Матросы заявили, что не будут драться против союзников, разрядили пушки и выбросили в море все снаряды. При таких условиях батавскому адмиралу ничего не оставалось делать, как заявить, что он, идя против своей воли, принужден сдать флот.
Союзники отправили своих офицеров и команды на сдавшиеся суда. «Мстиславом» (А.В. Миллер) был взят 56-пушечный корабль «Бескершер», «Ретвизаном» (A.С. Грейг) — 70-пушечный «Вашингтон» — флагманский корабль адмирала Сторей. Оба корабля были великодушно уступлены Павлом I союзнику, английскому королю Георгу III. Все захваченные голландские (батавские) корабли были приведены в Англию.
Главнокомандующий русскими морскими силами адмирал M.К. Макаров получил от английских адмиралов письма с изъявлением признательности за оказанное содействие, а от британского адмиралтейства особое постановление: «Лорды, члены Адмиралтейств-коллегий, сим изъявляют, что Его Величество Король Великобританский и вся нация весьма уважают усердие и ревность всех находившихся в бывшую благоуспешную экспедицию морских чинов, и с совершенною признательностью чувствуют, какую сильную помощь при этом случае оказали Ваше Превосходительство, равно как и вице-адмирал Тет, все капитаны, офицеры, матросы и солдаты, бывшие на кораблях Е.И.В. Государя Российского. Почему и просят Вас об этом объявить всем Вашим подчиненным».
Завладев батавским флотом, Англия, в сущности, добилась наиболее важной для себя цели: лишила Францию самой сильной на море из ее союзниц. Предстояли еще действия в Голландии на суше, но они для Англии уже не представляли особого интереса. Тем меньший интерес представляла Голландия для наших войск, прибывших к Текселю уже после сдачи батавского флота. 3 сентября эскадра П.В. Чичагова по просьбе англичан пришла к Текселю, и с 5-го по 9-е сентября войска дивизии генерал-майора А.А. Эссена были свезены на берег у деревни Гельдер. После высадки эскадра осталась у Тскселя, а фрегаты «Константин» и «Николай», имевшие малую осадку, пошли к берегам Голландии для совместных действий с английским отрядом капитана Попгама в прибрежных районах.
С этого момента в Голландии стал действовать русский десантный корпус из 15 тысяч человек под общим командованием генерал-лейтенанта А.Н. Германа. Затем к нему присоединилась доставленная из Ревеля на английских судах дивизия генерал-лейтенанта М.А. Жеребцова.
Общее командование англо-русскими войсками принял на себя герцог Йоркский, сын короля Георга III. Действия английских и русских войск в Голландии закончились весьма неудачно. Они встретили серьезный отпор со стороны франко-батавских войск, потерпели поражения в ряде сражений, потеряв при этом убитыми, ранеными и пленными (в числе попавших в плен командующий нашими войсками генерал-лейтенант Герман) около 10 000 человек, союзники, имевшие, кроме того, множество больных, были вынуждены очистить Голландию, и уже 13 октября началась посадка войск на английские и русские суда.
После переговоров герцога Йоркского и французского генерала Брюна было решено прекратить боевые действия. Английские и русские войска беспрепятственно выходят из Голландии.
П.В. Чичагов в сентябре сдал командование эскадрой контр-адмиралу К.Е. фон Брейеру, она должна была возвращаться в Балтику. Из-за противных ветров у Гельдера эскадра задержалась за тексельскими мелями до 8 октября. В тот же день К.Е. Брейер получил предписание герцога Йоркского, чтобы по случаю перемирия между англичанами и французами принять на эскадру российские десантные войска в Голландии и отвести их в Доунс, где солдат и офицеров пересадят на малые суда и отвезут на зимние квартиры
Приняв русские войска, в том числе и генерала Германа, освобожденного неприятелем, как и всех пленных, в обмен на захваченных англичанами французов и батавцев, эскадра под флагом К.Е. Брейера — корабли «Иануарий», «Эмгейтен», «Михаил», фрегаты «Венус», «Константин», «Николай», транспорт «Нептун» — пошла в море и 7 ноября прибыла в Доунс, но здесь получила приказ идти на Портсмутский рейд, куда пришла 9 ноября. В конце декабря фрегат «Св. Николай» доставил часть русских войск и боеприпасы на остров Джерси.
В январе 1800 г. С.Р. Воронцов докладывал из Лондона, что: «...контр-адмирал Брейер от английских начальников заслужил похвалу и одобрение, ибо по причине мелей, коими голландские берега наполнены, узких проходов у Текселя и близ Гельдера и за противными и бурными ветрами, находясь в претрудном положении, с таким искусством управлял эскадрой, что английские командиры удивлялись, и в то самое время как английское адмиралтейство, не предвидя возможности вывести оттуда наши корабли, дало секретное повеление лучше их сжечь, нежели чтобы попали в руки неприятеля, но он по своему искусству все оные нагрузив войсками, вывел все в целости и с безопасностью препроводил в Портсмут...
Причем рекомендует, что и контр-адмирал Чичагов весьма искусно и с великим трудом исполнил все в рассуждении десантного нашего войска».
Резолюция Павла I: «Брейеру и Чичагову пожаловать ордена Св. Анны 1 класса».
На место отправившейся от берегов Англии в Средиземное море для усиления Ф.Ф. Ушакова эскадры вице-адмирала П.К. Карпова и отряда контр-адмирала М.И. Борисова, ушедшего в Ревель, из Архангельска для соединения с русским флотом, находившимся в Северном море, была направлена эскадра вице-адмирала Б.А. Баратынского в составе трех 74-пушечных линейных кораблей: «Ярослав» (капитан 2-го ранга И.А. Баратынский 4-й), «Москва» (капитан 1-го ранга ГА Сарычев), «Св. Петр» (капитан 2-го ранга Е.И. Лутохин), двух фрегатов — «Тихвинская Богородица» (капитан 2-го ранга К.А. Абернибесов), «Феодосии Тотемский» (капитан-лейтенант Р.П. Шельтинг).
8 сентября 1799 г. эскадра под флагом вице-адмирала Б.А. Баратынского вышла в море. 11 сентября суда обогнули Св. Нос и вышли в океан. 2 октября в шторм корабли потеряли друг друга и далее шли самостоятельно. Все они получили серьезные повреждения.
На корабле «Ярослав» ослаб такелаж, сломались все три мачты, треснуло перо руля, затем переломился верхний румпель. Дальше корабль шел на буксире английского транспортного судна, а затем английского фрегата «Чампион». 17 ноября «Ярослав» был приведен на Литский рейд.
Корабль «Москва», прождав три дня, пошел к Эдинбургу, опрашивая встречные суда об эскадре. 21 октября он прибыл на Литский рейд. Затем перешел на Ярмутский рейд, а 19 ноября — в Блестекс, где остался до января 1800 г.
На корабле «Св. Петр» раскололся руль, сломались три мачты и бушприт. Вода в трюме поднялась почти на метр, ее непрерывно откачивали. На корабле поставили фальшивое вооружение. 21 октября корабль приблизился к Норвежскому берегу. Выдержав еще один сильный шторм, корабль 15 ноября прибыл в Берген и закончил кампанию.
На фрегате «Тихвинская Богородица» 2 октября из-за ветра и качки ослаб такелаж, в итоге сломались все три мачты, затем выворотило с места бушприт, при этом погиб один матрос. На следующий день поставили фальшивое вооружение на обломках мачт. 29 октября фрегат пришел на Литский рейд. В декабре начался ремонт судна.
У фрегата «Феодосии Тотемский» 1 октября во время шторма переломилась фок-мачта и бушприт, затем грот-мачта. К остаткам мачт поставили стеньги и фальшивое вооружение. 14 октября фрегат пришел к Норвежским берегам, а затем направился к Шотландским берегам. 23 октября пришел на Норский рейд. 11 ноября фрегат перешел в Блекстекс, где оставался до января 1800 г.
К концу года русские суда собрались в английских базах. Наиболее поврежденные были поставлены в доки на ремонт. С июля по сентябрь 1800 г. русские корабли, совместно с английскими, крейсировали в Северном море, блокируя голландские берега.
16 сентября было получено Высочайшее повеление — возвращаться в Россию. «Александру Невскому» приказано из-за ветхости идти в английский порт на соединение с эскадрой М.К. Макарова, контр-адмиралу K.E. фон Брейеру с остальными судами идти в Россию.
В начале 1800 г. в портах Англии находились 14 кораблей («Елисавета», «Всеволод», «Мстислав», «Болеслав», «Ретвизан», «Иона», «Александр Невский», «Северный Орел», «София-Магдалина», «Св. Петр», «Европа», «Иануарий», «Михаил», «Эмгейтен»), 6 фрегатов («Счастливый», «Рига», «Рафаил», «Венус», «Николай», «Константин»), катер «Диспач» и два транспорта. Кроме них в Англии находились суда Архангелогородской эскадры, сильно пострадавшие от штормов в 1799 г.
В конце мая суда М.К. Макарова, Е.Е. Тета и К.Е. фон Брейера собрались на Портсмутском рейде. На суда начали перевозить русские войска с английских судов. Всего принято 3185 человек. Остальные войска были отправлены в июле на русских и английских судах.
