На просьбу Ломоносова ответа не было. Отложить доклад по ней было легко: императрица уезжала в Москву на коронацию и пробыла там долго, причем не было недостатка в больших заботах и неприятностях. Разумовский был силен и не мог забыть, как во время его президентства громче всех раздавался голос Ломоносова о беспорядках в Академии, как с небольшим за шесть месяцев до смерти Елисаветы в самом Сенате повторены были обычные жалобы Ломоносова на эти беспорядки, которые приписаны из учтивости долгому отсутствию президента из Петербурга, и решено было ходатайствовать о назначении ему товарища. 5 июля 1761 года Правительствующий Сенат имели рассуждение о состоянии здешней Академии наук и нашли, что оная, получая на содержание свое из Штатс-конторы превеликую денежную сумму, чрез толь долгое время не приносит никакой пользы государству: не имеет по сие время довольного числа из российских людей профессоров, адъюнктов, переводчиков и студентов; что студенты и ученики академические по причине недостатка нужных для учения их профессоров и за нечтением лекций напрасно теряют свои лета и казенную сумму; что выписанные чужестранные профессоры от слабого над ними смотрения по контрактам не читают лекций и напрасно получают великое жалованье, да уже и в контрактах своих выписываемые из иностранных земель профессоры включают, чтоб им лекций не читать, а делать бы только диссертации, кои можно доставить и за малые деньги или получать от почетных Академии членов; что художества при Академии в худом состоянии и из российских людей по сие время хороших мастеров нет; что библиотека в превеликом беспорядке и не имеет весьма многих нужных для Академии книг, хотя на приращение оныя ежегодно дается довольная денежная сумма; что Кунсткамера никакого приращения не имеет; что во всех оных департаментах беспорядок, бесполезность и напрасная трата казенной суммы; что многие при Академии должности, которые бы могли российскими подданными быть отправляемы, иностранным поручаются с большим жалованьем и что сие не от чего иного происходит, как от того, что Академии президент, находясь в долговременном отсутствии, не может сам своею особою надсматривать, а члены коим он в отсутствии своем поручил над Академиею смотрение, вместо надлежащего отправления своея должности и равнодушного (т.е. покойного, беспристрастного) об Академии попечения, непрестанно ссорясь и из одного несогласия выводя другое, один другому в полезных предприятиях препятствуют и, стараясь один перед другим преимуществовать, возбудили себе от всех своих подкомандных презрение, так что многие из профессоров, презирая членов, не делают никакого уважения посылаемым из Канцелярии о делах к пользе служащих ордерам, и как по оным не чинят исполнения, так и по заключенным с Академиею контрактам не поступают, и наконец несогласием своим до того довели, что Прав. Сенат по причине президентского отсутствия принужден был дела академические брать в свое рассмотрение, что нигде и ни в чем оная не наблюдает нимало экономии; сумма, определенная на содержание Академии, 53000 с лишком рублей, и притом также получаемая великая сумма от книжной лавки не только вся исходит, но еще, сверх того, на всякие починки и строения академические всегда особливые суммы Академиею от Правительствующего Сената требуются, а книжная лавка никогда должным порядком не считается, и, куда деньги употребляются, о том Ревизион-коллегия не знает. Того ради Правительствующий Сенат определил ее императорскому величеству поднесть доклад, не соблаговолит ли указать для лучшего распорядка при Академии быть гофмаршалу двора великого князя, камергеру графу Головкину, которого Правительствующий Сенат признает к тому способным, смотря по его наукам, а когда президент сюда прибудет, то Головкину быть при нем товарищем.
Теперь уже никто не назначал товарища Разумовскому, хотя по-прежнему не он управлял Академиею. Ломоносов продолжал болеть, но это положение его не стесняло его врагов. Разумовский подписал предложение взять из-под его ведения географический департамент. Больной лев не дал себя лягнуть: он подал в Академическую канцелярию представление: «Мое о новом российском атласе рачение не токмо географическому департаменту и Академической канцелярии, но и Правительствующему Сенату довольно известно, ибо 1) моим хождением истребованы от Сената указы, во все города российского государства разосланные с запросами географическими, и получаются довольные ответы. 2) Получено от Сената позволение и определены требованные вспоможения для географических экспедиций по моему ж представлению. 3) Из Камер-коллегии истребованы и присылаются реестры душ мужеска полу для великой надобности к сочинению российского атласа моим же старанием. 4) Сочинено 9 российских ландкарт к новому российскому атласу под моею же дирекциею. 5) Геодезисты и студенты географического департамента, кои прежде ландкарты только копировали, ныне же уже сами от себя их сочиняют чрез мое попечение. 6) Сочинена экстрактом топография тех городов, из коих присланы довольные ответы под моим старанием. Вместо награждения за неусыпное мое о географическом департаменте старание и успехи вижу себе горестное наказание, ибо что может быть несноснее, как моим рачением исходатайствованные и расположенные к полезному успеху способы видеть от меня по ложным причинам отнятые с поношением за благодарение!» Ломоносов удержал за собою географический департамент.
Несмотря на ослабление сил, Ломоносов не переставал заботиться об академической гимназии и о том, чтоб русским ученым даны были все средства заниматься наукою, просил прибавить по 12 рублей на содержание гимназиста. «Ей, — писал он, — по нынешней дороговизне 36 рублями содержать невозможно». Просил о доступности для профессора Попова обсерватории, также для адъюнкта Красильникова, геодезистов и студентов, «ибо оная для того и построена, чтобы пользоваться природным россиянам к пользе отечества». К этому же времени относится любопытная для истории русского просвещения записка Ломоносова о трудах его по академическому университету и гимназии. «По вручении ему, Ломоносову, в единственное смотрение университета соединил он студентов в общежитии, снабдив довольным столом, приличным платьем и прочими надобностями; учредил порядочные лекции и издавал их каталоги, как в университетах ведется. В гимназии хотя немало было гимназистов, однако в весьма бедном и бесполезном состоянии, затем что: 1) жалованье им давалось в руки, которое брали себе их родители или свойственники и держали больше на себя, нежели на школьников, так что в школы приходили в бедных рубищах, претерпевали наготу и стужу и стыдно было их показать посторонним людям. Притом же пища их была весьма бедная и един иногда хлеб с водою. В таких обстоятельствах наука мало шла им в голову. 2) Да и времени им к тому не было, затем что дома должны были служить отцу и матери для бедности, и, в гимназию ходя по дальнему расстоянию, теряли лучшие часы, и всегда случай имели резвиться и от школ отгуливать. И так не дивно, что чрез семь лет не было произведено из гимназии в университетские студенты ни единого человека. Но после поручения оной гимназии советнику Ломоносову в единственное смотрение все оные неудобства отвращены и пресечены, ибо гимназисты соединены, как и студенты, в общежитие, снабдены приличною одеждою и общим довольным столом по мере определенного им жалованья; не теряют времени ни ходьбою на дома, ни службою родителям, ниже заочною резвостию, будучи у инспектора гимназии и у нарочных надзирателей перед глазами в одном доме».
Только весною 1763 года в Москве узнали или начали думать о просьбе Ломоносова. 23 апреля императрица писала Олсуфьеву: «Я чаю Ломоносов беден; сговоритесь с гетманом, неможно ль ему пенсион дать, и скажи мне ответ». 2 мая дан был именной указ Сенату о вечной отставке Ломоносова с оставлением по смерть половинного жалованья и с производством в статские советники, но 13 мая указ был вытребован назад из Сената, по каким побуждениям — неизвестно. Быть может, успели внушить, что причиною просьбы Ломоносова об отставке была не болезнь, но неудовольствие, обида, что нельзя жертвовать Ломоносовым какому-нибудь Тауберту. Трудно было не поразиться мыслию, что в Академии уже не будет более Ломоносова; употреблялись все усилия, чтоб вызвать знаменитых иностранных ученых в Академию, и в то же время лишали Академию своей признанной знаменитости! У современников была привычка дурно отзываться об Академии, говорить, что она наполнена иностранцами, бесполезна для России; повторяли обыкновенно слова Ломоносова и забывали о самом Ломоносове, забывали, что в Академии находится русский ученый, который один стоит многих и многих других и которого знаменитая деятельность тесно, неразрывно была соединена с Академиею. Ломоносов без Академии, Академия без Ломоносова были немыслимы. Ломоносова оставили в Академии и в конце года дали ему чин статского советника и назначили жалованья 1875 рублей.
