Уже 4 ноября 1787 г. последовал указ Черноморского адмиралтейского правления о постройке на Гнилотонской верфи 2 40-пушечных фрегатов и 6 дубель-шлюпок из лесов, находившихся на Рогожской верфи. Кроме того, в ноябре же П.В. Пустошкину приказали возобновить судостроение и на Новохоперской верфи, построив там 2 катера (брига) и 6 дубель-шлюпок. Проанализировав ситуацию и лично осмотрев Рогожскую верфь, П.В. Пустошкин предложил строить фрегаты на ней, учитывая наличие поблизости лесов, практическую готовность 2 эллингов и возможность завершить необходимые постройки (в рапорте он подробно разбирает, что нужно отремонтировать, а что построить). Кроме того, П.В. Пустошкин указывал, что доставлять леса на Гнилую Тоню долго и дорого, а Рогожская верфь более удобна для строительства фрегатов, их достройки и перевода в Таганрог (не надо проводить Доном, что экономит время). Также в связи с тем, что на этих фрегатах планировалась 36-фунтовая артиллерия и, следовательно, их размеры должны были быть большими, чем у предыдущих фрегатов, П.В. Пустошкин предлагал построить 2 новые камели, также на Рогожской верфи.
Черноморское адмиралтейское правление утвердило все предложения. Таким образом, развитие донских верфей дошло до логического конца: обеспечивалась работа верфи в самой дельте Дона и устранялся такой сложный и долгий этап их постройки, как проводка по Дону.
23 декабря 1787 г. корабельным подмастерьем И. Дожниковым на Рогожской верфи были заложены 2 фрегата 40-пушечного ранга «Петр Апостол» и «Иоанн Богослов». Ими началась серия из 6 таких фрегатов, построенных на Рогожской верфи (по ходу дела они превратились в 46-пушечные фрегаты, а в 1788–1793 гг. даже числились в классе линейных кораблей). А 8 февраля 1788 г, на Рогожской верфи заложили 2 камели, предназначенные для перевода этих фрегатов через бар.
Строительство их продвигалось достаточно успешно, но затем начались трудности: нехватка денег у конторы Таганрогского порта привела к задержке выплат вольнонаемным плотникам и кузнецам, которые сначала замедлили работы, а затем стали покидать строительство. Тем не менее, 10 августа 1788 г. оба фрегата были благополучно спущены на воду. Но вот работы по их достройке практически встали. Так, 29 сентября 1788 г. П.В. Пустошкин писал в Черноморское адмиралтейское правление, что недостаток денег привел к уходу в начале сентября более 200 плотников, а 9 сентября ушел еще 51 плотник и половина кузнецов. В результате, отмечал он, при нормальном финансировании оба фрегата были бы готовы уже в июне, а при существующей нехватке средств это недостижимо, и поздней осенью фрегаты нельзя будет отправить в Севастополь. По этой же причине до весны 1789 г. отложили спуск камелей. В результате оба фрегата только в 1789 г. были приведены в Таганрог, и затем, после вооружения и оснащения, они присоединились к флоту в Севастополе.
Что же касается дубель-шлюпок, которые повелевалось построить в Таганроге, то после доклада П.В. Пустошкина об отсутствии необходимых для этого лесов и невозможности закончить работы вовремя, 27 февраля 1788 г. последовал указ Черноморского адмиралтейского правления о покупке вместо них 20 больших казацких лодок и переделке оных, согласно присланному чертежу, для вооружения большими пушками. Однако отсутствие денежных средств у Конторы Таганрогского порта привело к покупке лишь одной лодки, переделке ее и вооружению одной 30-фунтовой пушкой, четырьмя 8- и четырьмя 4-фунтовыми пушками и двумя 3-фунтовыми фальконетами.
Между тем, постройкой двух упомянутых фрегатов работа Рогожской верфи не ограничилась. Дело в том, что после известия о сильных повреждениях и потерях Севастопольской эскадры во время ее похода к Варне в сентябре 1787 г. Екатерина II также предложила Г.А. Потемкину быстро усилить Черноморский флот, построив «дюжинку» фрегатов на Дону (то есть первой реакцией императрицы также было намерение воспользоваться донскими верфями). Получив согласие Г.А. Потемкина, Екатерина II приказала генерал-прокурору А.А. Вяземскому и генерал-интенданту Адмиралтейств-коллегий П.И. Пущину снестись со светлейшим князем для уточнения числа и ранга фрегатов, а 24 ноября 1787 г. последовал официальный указ в их адрес, с предписанием построить с подряда на Дону несколько фрегатов за счет их ведомств. Г.А. Потемкин счел необходимым построить таким способом 4 40-пушечных фрегата.
Сразу же возникла проблема с передачей подряда, так как желающих не нашлось. Однако в итоге за подряд взялся Ф. Фурсов. Для строительства он также выбрал Рогожскую верфь, и с 1788 г. на ней развернулось строительство четырех фрегатов по образцу уже строившихся Конторой Таганрогского порта. В 1788 г. здесь были заложены два 46-пушечных фрегата — «Царь Константин» и «Федор Стратилат», в 1789 г. — «Казанская Богородица», а в 1790 г. «Сошествие Святого Духа». Первый из них был спущен 27 июня 1789 г., второй — 9 апреля 1790 г., третий — 9 сентября 1790 г. и, наконец, последний — 18 июня 1791 г. «Царь Константин» и «Федор Стратилат» вошли в строй уже в 1790 г., «Сошествие Святого Духа» в 1791 г. (по окончании военных действий) и «Казанская Богородица» — только в 1792 г. Так завершился первый опыт строительства судов на донских верфях по подряду, и качество постройки оказалось очень высоким. Кроме того, на Рогожской верфи Фурсовым был построен 32-пушечный фрегат «Иоанн Златоуст», спущенный на воду 16 июля 1791 г., а также 3 бригантины («Таганрогская», «Алексей», «Лев»).
Достаточно активно работали во время войны и старые донские верфи: Новохоперская и Новопавловская. На первой в период 1788–1789 гг. были построены 6 дубель-шлюпок, 2 катера и 2 бомбардирских корабля (строились в 1788–1790 гг.), а на второй в 1788–1789 гг. — один бомбардирский корабль.
Здесь нужно отметить, что катера, заложенные в виде двухмачтовых бригов, уже по ходу строительства (в 1789 г.) добавлением третьей мачты были превращены в трехмачтовые фрегаты. После спуска на воду они получили названия «Сергий Чудотворец» и «Николай Чудотворец». Интересна и особенность дубель-шлюпок: они должны были иметь 2 мачты с тремя ярусами прямых парусов, то есть парусное вооружение наподобие бригов. Постоянные задержки с поставками необходимых припасов привели к тому, что эти фрегаты и дубель-шлюпки были спущены только в 1789 г. Но дальше возникли серьезные проблемы с проводкой их по мелководному Дону.
Бомбардирские корабли, построенные на Новохоперской верфи, получили названия «Сергий» и «Никон». Из-за проблем с проводкой по Хопру и Дону они только в 1791 г. были приведены в Таганрог. Что же касается бомбардирского корабля, построенного С.И. Афанасьевым на Новопавловской верфи, то он назывался «Новопавловск» и прибыл в Таганрог в 1790 г.
К сожалению, как следует из проведенного выше разбора, ввести в строй во время войны удалось лишь несколько из указанных судов, в частности 4 46-пушечных фрегата (кроме того, в 1787 г. в Таганроге достроили и вооружили 4 40-пушечных фрегата типа «Кинбурн», построенных на Гнилотонской верфи в 1783–1786 гг., а затем законсервированных). Остальные вошли в строй в 1791–1792 гг. Но и это было серьезным достижением. Херсон и Николаев дали флоту непосредственно во время войны один линейный корабль и два фрегата, а сразу после войны — два линейных корабля и один фрегат.
Не случайно Г.А. Потемкин, по всей видимости, сумевший, наконец, в годы Русско-турецкой войны по достоинству оценить значение Таганрога как базы для размещения части Черноморского флота, а главное — как одного из судостроительных центров, в своем плане дальнейшего развития русского флота на Черном море, составленном в 1790 г., имел на него теперь самые серьезные виды. В указанном плане, в частности, значилось: «…13-е. Таганрогскую гавань по последнему рассмотрению на найденной глубине близ старой немного к остовой стороне увеличить, так, чтобы и большим мореходным судам стоять и строение новых производить было можно при небольшой очистке машинами, дабы чрез сие избежать проводки на камелях…».{1738}
Тем не менее, окончание Русско-турецкой войны 1787–1791 гг. стало практически концом для Таганрога как для военного порта. Ситуацию не изменила даже постройка там в 1791–1793 гг. первого (и последнего) крупного боевого корабля — 32-пушечного фрегата «Поспешный». В 1795 г. сильнейший шторм фактически уничтожил старую гавань порта, а к инспекции контр-адмирала П.К. Карцова в 1797 г. пришли в крайне неудовлетворительное состояние и его береговые постройки. В частности, Карцов писал: «Внутри Таганрогской крепости, на горе, казенных адмиралтейских строений находится: каменный дом один для конторы над портом и деревянных связей для жилья штаб- и обер-офицерам 15, служительские казармы и 2 магазина, и под горою близ гавани провиантские, экипажеские и артиллерийские магазины, также разные адмиралтейские мастерские и небольшая госпиталь. Все сии деревянные строения крайне ветхи, а некоторые по гнилости их ни к чему не употребляются».{1739}В дальнейшем Таганрог как военный порт существовал лишь формально, пока в 1816 г. не был окончательно ликвидирован.
