От брака Ивана Молодого и Елены родился сын Димитрий, а от брака Иоанна III с Софией Фоминичной родился в 1472 году сын Василий.
В 1490 году Иван Молодой, будучи 32 лет от роду, разболелся ломотой в ногах и вскоре умер.
После смерти сына перед государем естественно явился вопрос: кто должен наследовать великое княжение: сын Василий или внук Димитрий? По старому обычаю, конечно, должен был наследовать Василий по отчине и по дедине; но по новым московским порядкам больше прав имел на наследство Димитрий, как сын старшего сына, еще при жизни отца названного великим князем и соправителем. С другой стороны, однако, и Василий имел огромное преимущество: он родился от греческой царевны, принесшей с собою в Москву как бы царское наследие Византийской империи.
Мнения по этому поводу разделились. Старые бояре, которым были не по душе все новшества, привезенные Софиею, а главное, мысли, внушаемые ею мужу и сыну о высоком значении московского государя перед прочими князьями и боярами, были за Димитрия; наоборот, люди менее родовитые и знатные, дети боярские и дьяки, были за Софию и Василия, так как знали, что они ставят личную усердную службу своему государю выше древней породы и знатности. Среди последних в 1491 году составился заговор в пользу Василия, причем они решили тайно погубить Димитрия, но заговор этот открылся, возбудив, конечно, сильное негодование Иоанна, который казнил нескольких виновных и при этом рассердился на жену свою и сына: 19-летнего Василия он заключил под стражу, а Софии стал остерегаться. Его же сноха Елена и бояре торжествовали.
Чтобы закрепить в глазах народа права малолетнего Димитрия на престол, Иоанн решил торжественно венчать его на великое княжение, что не делалось со времен Владимира Мономаха. 4 февраля 1492 года в Успенском соборе пред аналоем, на котором лежали Мономахова шапка и бармы, были поставлены три седалища: для великого князя, внука его и митрополита. После молебна Богородице и святому Петру Чудотворцу Иоанн обратился к владыке с просьбою благословить внука на великое княжение, указывая на пример прародителей, завещавших свои столы старшим сыновьям: «Отцы наши, великие князья, сыновьям своим старшим давали великое княжение; и я было сына своего первого Ивана при себе благословил великим княжением; но Божиею волею сын мой Иван умер, а у него остался сын первый Димитрий, и я его теперь благословляю при себе, а после себя великим княжением Владимирским, Московским и Новгородским, и ты бы его, отец, на великое княжение благословил».
К. Лебедев. Боярин
Митрополит благословил Димитрия, затем старый великий князь венчал его шапкой и бармами Мономаха, а по окончании молитвы и многолетия митрополит сказал Иоанну: «Божиею милостию радуйся и здравствуй преславный царь Иван, великий князь всея Руси, самодержец, и с внуком своим великим князем Димитрием Ивановичем всея Руси на многая лета». Затем он обратился с поучением к юному Димитрию, которое повторил и Иоанн, сказав ему: «Внук, князь Димитрий! Пожаловал я и благословил тебя великим княжением; и ты имей страх в сердце, люби правду и суд праведный и попечение от всего сердца о всем православном христианстве!» После этого Димитрий вышел из церкви в шапке и бармах; его трижды осыпал в дверях золотыми и серебряными деньгами один из младших сыновей Ивана; то же повторили и перед Архангельским и Благовещенским соборами.
Однако торжество Елены и Димитрия и унижение Софии и Василия продолжалось недолго. В 1499 году открылась важная крамола среди бояр, поддерживавших Елену; знатнейших из них после расследования дела, князей Патрикеевых и Ряполовского, приговорили к смертной казни, причем князю Семену Ряполовскому отрубили голову на Москве-реке; князей же Патрикеевых Иоанн, снисходя на просьбы духовенства, помиловал: отец и старший сын постриглись в монахи. В чем состояла крамола бояр, неизвестно, но несомненно одно, что эта крамола была важная; притом она находилась в связи с действиями Елены против Софии, и бояре были наказаны за высокоумничанье, то есть за самовольные действия против распоряжений великого князя. Вслед за опалой Ряполовского и Патрикеевых последовала и опала Елены, которая была, как выяснено, ярой последовательницей ереси жидовствующих, о чем мы скажем подробнее несколько ниже.
После этого Иоанн стал мало-помалу возвращать свои добрые чувства Василию и не радеть о Димитрии. После тяжелой душевной борьбы и тщательно обдумав, что более послужит ко благу государства, Иоанн решил окончательно назначить своим преемником Василия, а для предупреждения смуты пожертвовать внуком; он наложил на него и его мать опалу и приказал заключить под стражу, не велев впредь поминать их на ектеньях.
Василий же 14 апреля 1502 года был торжественно посажен на великое княжение Владимирское, Московское и всея Руси самодержцем по благословению Симона-митрополита. Отправляя посла своего к старому союзнику своему Менгли-Гирею, Иоанн дал такой наказ в случае, если посла спросят о причинах опалы Димитрия: «Внука своего Государь наш было пожаловал, а он стал Государю нашему грубить; но ведь всякий жалует того, кто служит и норовит, а который грубит, того за что жаловать?» Такой же ответ должен был дать и посол, отправленный в Литву, в случае вопроса о перемене наследника.
Несмотря на эти тяжелые семейные обстоятельства, несомненно, сильно отозвавшиеся на престарелом великом князе, он неустанно вел дела своего обширного государства с обычной ему ясностью взгляда, осмотрительностью и, где нужно, необычайной настойчивостью и твердостью.
Отношения к Менгли-Гирею Крымскому продолжали быть неизменно хорошими. Ими очень дорожил Иоанн Васильевич, имея в виду не только Золотую Орду, но и Литву; поэтому он отправлял послами в Крым всегда самых знатных бояр, которые должны были оказывать Менгли-Гирею отменную честь и величание, но, по возможности, отговариваться от поминков, то есть подарков, на которые так были падки алчные татары.
Менгли-Гирей тоже очень ценил дружбу Иоанна и заключил с ним договор, чтобы последний дал ему пристанище на Руси, если с ним случится какая-либо беда. В 1475 году Крым был завоеван турками, и Менгли-Гирей остался в нем ханом в качестве подручника султана; это нисколько не изменило его добрых отношений с Москвою, причем чрез его посредство завелись и наши первые сношения с Турцией. Поводом к ним послужило притеснение русских купцов турками в Азове и Кафе, торговых городах, населенных генуэзцами, татарами и турками. В 1492 году Иоанн послал через Менгли-Гирея грамоту султану Баязету II, которая начиналась так: «Султану великому Царю! Между басурманскими государями ты великий Государь, над Туркскими и Азямскими государями ты волен, ты польский (сухопутный) и морской Государь. Султан Баязет! Иоанн, Божиею милостию единый правый Господарь всея России, отчич и дедич и иным многим землям от севера и до востока Государь, величеству твоему слово наше таково…». Далее следовали жалобы на утеснения русских купцов от турок в Кафе и Азове и предложение, какие установить правила во время их пребывания в этих городах. Грамота оканчивалась так: «Еще одно слово: отец твой славный и великий был господарь; сказывают, хотел он, чтобы наши люди между нами ездили здоровье наше видеть, и послал было к нам своих людей, но, по Божией воле, дело не сделалось; почему же теперь между нами наши люди не ездят здоровье наше видеть?..».
В ответ на эту грамоту Баязет отправил в Москву посла, но его не пропустили литовцы. Тогда в 1497 году Иоанн отправил в Турцию своего посла Михаила Плещеева. Чрезвычайно любопытен наказ, данный Плещееву: он рисует нам, так же как и наказы другим послам, насколько внимательно относился Иоанн к их выбору и с каким достоинством он предписывал им держать себя, чтобы не уронить в глазах иноземцев «высокую особу Русского Государя», лицо которого они «изображали», по словам Иоанна, а также какие обстоятельные сведения должны были собирать послы, находясь за границей. Плещееву было наказано править поклоны султану и сыну его, наместнику в Кафе, стоя, а не на коленях, не уступать места никакому другому послу и сказать посольские речи только султану, а не пашам. И Плещеев в точности исполнил этот наказ: он не хотел иметь никакого дела с пашами, не поехал к ним обедать и с гордостью отверг все предложенные ему подарки. После его посольства торговля с турками возобновилась.
Гораздо важнее, чем посредничество в наших сношениях с турками, была услуга, оказанная Менгли-Гиреем Москве по отношению к Золотой Орде. Мы видели, что Ахмат был убит ханом Ногайской Орды Иваком вскоре после бегства своего с реки Угры. Вражда между Ахматовыми сыновьями и Менгли-Гиреем продолжалась, несмотря на то, что, подчинив себе Крым, турецкий султан, как верховный повелитель всех мусульман, потребовал их примирения; в 1502 году Менгли-Гирей напал на сына Ахмата Шиг-Ахмата и нанес Золотой Орде тяжелый и окончательный удар. Шиг-Ахмат бежал в Турцию, но не был там принят, как враг Менгли-Гирея; тогда он направился к недругу последнего – к польскому королю, но король вероломно заключил его в неволю, желая иметь в руках узника, освобождение которого могло постоянно страшить Менгли-Гирея.
