В 1799 г. по инициативе Баранова на острове Ситке, получившем его имя, были построены новые помещения для служащих и рабочих Компании и возведена крепость, названная Архангельской. Здесь было поселено до двухсот русских промышленников и алеутов. Впоследствии на остров Ситку был перенесён центр управления колоний с Кадьяка, так как остров Ситка (Баранова) по сравнению с Кадьяком занимает более выгодное и удобное положение по отношению к другим островам и материку. В Ситке была создана судостроительная верфь. Сеть русских поселений и промыслов быстро увеличивалась. Как на островах, так и на побережье Северной Америки были возведены укрепления в пунктах постоянных и временных поселений русских промышленников. Таким образом, возник ряд крепостей — Александровская, Георгиевская, Воскресенская, Николаевская, Павловская, Симеоновская.
На острове Уналашке была оборудована Капитанская гавань. Позже, в 1812 году, русские продвигаются далеко на юг по американскому побережью и проникают до р. Славянки, расположенной недалеко от залива Сан-Франциско. Здесь под 38°33 с. ш. был основан укреплённый форт Росс с рядом предприятий (кожевенным заводом, мельницей, различными мастерскими). В русские поселения на островах Уналашке и Кадьяке Баранов назначал подчинённых ему во всём управляющих островами. Баранов поставил на широкую ногу торговые связи и коммерческие отношения Компании с другими странами — Калифорнией, Филиппинскими островами, Китаем. Гаммамеа, король Гавайских островов, также поддерживал торговлю с Барановым и предполагал приехать к нему в Новоархангельск на остров Ситку. Чили, Канада, Соединённые Штаты, Англия и даже Персия и Турция также вели торговлю с Российско-Американской компанией.
Российско-Американская компания вывозила с островов и побережья Аляски пушнину, древесину, моржёвые клыки, китовый ус, и другое. Предметами взвоза служили, главным образом, различные продукты — сало, масло, мясо, соль, пшеница, бобы, ячмень, мыло, спиртные напитки и ряд товаров широкого потребления — кожи, железные орудия, материи и т. п.
В середине XIX века усилилась конкуренция со стороны американских и английских промышленников, которые начинают охотиться в русских владениях. Охранять эти владения, ввиду отдалённости их от метрополии, было очень трудно. Взаимоотношения между Россией и Англией особенно обострились после Севастопольской кампании, когда хищничество английских китоловов и звероловов в североамериканских русских колониях достигло серьёзных размеров и совершалось почти безнаказанно. Положение было таково, что русское правительство опасалось даже захвата Англией русских североамериканских колоний. Учитывая это положение, Соединённые Штаты предложили Александру II продать им все русские владения в Америке. 18 марта 1867 года был заключён и подписан договор о продаже всей Аляски и прилежащих тихоокеанских островов — Алеутских, Прибылова, Шумагинских, Евдокимовских, Кадьяка, Ситки (Баранова) и др. Продажа была осуществлена по небывало низким расценкам — по 4,7 цента за гектар, что составило в общей сумме 7 миллионов американских долларов. 200 тысяч долларов было прибавлено сверх этой суммы для удовлетворения частных лиц. Вся эта сумма, вместе взятая, была равна 11 миллионам рублей по курсу того времени. Так как вся Аляска, помимо пушных богатств, располагала ещё громадными запасами золотых россыпей, которые русским правительством не разрабатывались, то американцы за несколько десятилетий получили доходов от эксплоатации Аляски в сто раз больше заплаченной за неё по договору суммы.
Таким образом, многочисленные усилия и средства, потраченные Российско-Американской компанией для закрепления за Россией североамериканских колоний, в конечном итоге не завершились успехом и окончились потерей русскими Аляски. Однако более чем полувековая деятельность Российско-Американской компании, несмотря на конечный неуспех её предприятий, имела огромное и всестороннее значение для развития русских дальневосточных владений, истории русского морского флота и географических открытий. В результате деятельности Компании создавались многочисленные новые поселения, гавани, верфи. Были построены новые суда, количество которых во много раз превосходило количество немногочисленных кораблей, находившихся в распоряжении Компании в момент её организации. Уже в 1820 году флот Российско-Американской компании состоял из тридцати двух судов различного типа. В период же ликвидации у Компании было 14 крупных, великолепных пароходов и несколько десятков паровых и парусных судов. Для управления этим флотом нужны были опытные, квалифицированные моряки. Это положение способствовало появлению на русских тихоокеанских берегах кадровых морских офицеров с большим опытом и специальным образованием. На службу в Компанию приходили, естественно, наиболее предприимчивые, активные, энергичные моряки. Они сосредоточили в своих руках командование судами, их постройку, организацию судоходства и способствовали, таким образом, развитию мореплавания и улучшению флота на Тихом океане.
Усиление навигации в Тихом океане и многочисленные рейсы между азиатскими и американскими портами требовали выяснения особенностей судоходства в этой акватории. Отсюда необходимость изучения и описания тихоокеанских берегов, которая ставила на очередь вопрос о специальных научных исследованиях. Большая часть русских географических исследований, произведённых в первую половину XIX столетия, определяется нуждами Российско-Американской компании, с которой так или иначе связана организация всех крупных плаваний в Тихом океане. Помимо выяснения навигационной обстановки в его водах, особенно прибрежных, необходимость снаряжения кораблей в дальние плавания диктовалась также чисто экономическими причинами. В первый период существования русских колоний у побережья Аляски продукты и товары доставлялись туда из России сухим путём через Сибирь, а затем из Охотска по Тихому океану на немногочисленных еще в то время судах. Дальность пути по сибирским глухим таёжным тропам и ограниченность числа судов и тоннажа тихоокеанского флота Российско-Американской компании с первого года её существования приводили к частым перебоям в снабжении русских колоний у северозападных берегов Америки. Поэтому русские промышленники нередко остро нуждались в хлебе, порохе и оружии. "Даже соли, — пишет И. Ф. Крузенштерн, — сей необходимейшей приправы яств наших, часто у них не бывает". Поэтому Российско-Американская компания была вынуждена искать какой-то новый путь для снабжения продуктами и товарами своих колоний. Этим новым путём мог быть только морской путь через Атлантический и Тихий океаны, который, несмотря на свою дальность, был всё же проще и дешевле тяжёлого и утомительного передвижения по сибирскому бездорожью. Перевоз товаров и продуктов через Сибирь во много раз удорожал их стоимость и составлял весьма существенную статью расхода Российско-Американской компании. Достаточно сказать, что для перевозки продуктов и товаров в русские североамериканские колонии через Сибирь ежегодно было занято более 4 000 лошадей. Трудности доставки сказывались на ценах, которые по тому времени были колоссальными. Так, например, пуд ржаной муки стоил восемь рублей, в то время как в Европейской России цена на него была всего лишь 40–50 копеек. Часто случалось, что во время перевозки караваны с товарами на пути подвергались ограблению, и в Охотск приходила только незначительная их часть. Ряд вещей было Еовсе невозможно доставить по таёжным тропам. Поэтому канаты, например, разрубались на куски по 15–16 метров, а в Охотске их опять скрепляли. Якоря тоже перевозили отдельными кусками, которые затем в Охотске сковывали вместе. Всё это чрезвычайно осложняло пользование самыми простыми вещами, совершенно необходимыми в быту промышленников.
