После отплытия основной массы людей оставшиеся перебрались на более безопасный островок Горгон, где в страшных лишениях и переживаниях они провели несколько месяцев в ожидании Альмагро. Партнер Писарро привез провиант, но желающих присоединиться к погибавшей экспедиции в Панаме не нашлось и на этот раз. Тогда партнеры принимают решение продолжить поиски богатой южной страны даже в этом ограниченном составе, и Писарро снова отправляется в плавание вдоль континента. Встречные ветры и течения в этих широтах доставляют испанцам много неприятностей, заставляя их часто продвигаться зигзагами между берегом и открытым океаном. Их попытки высаживаться на берег приходилось сворачивать или отменять из-за враждебного поведения встречавшихся им местных жителей, поскольку численность отряда была столь незначительной, что усугубляло переживаемые ими лишения ввиду нехватки воды и продуктов. Почти два года спустя после выхода с острова Горгон отряд Писарро оказался в просторном заливе Гуаякиль перед очень красивым большим городом, поднимавшимся своими замечательными дворцами, храмами и домами из пышной зелени долины. Такого в Новом Свете им еще видеть не приходилось, и это открытие города Тумбес наполнило измученных путешественников новыми надеждами на осуществление их дерзких планов. Это произошло в начале 1527 года.
В этом цивилизованном месте появление пришельцев вызвало огромное удивление и любопытство, но поскольку их было немного, они не представляли собой угрозы и были приняты довольно дружественно. Состоялся обмен подарками и визитами, благодаря которым испанцы могли убедиться в богатстве и высоком уровне развития новой земли. Экспедиция провела дальнейшее обследование побережья к югу от Гуаякиля, а затем, воодушевленная, вернулась в Панаму. Свидетельства перуанских богатств, привезенные Писарро, произвели столь сильное впечатление на Альмагро и Луке, что партнеры решили обратиться непосредственно к королю за разрешением предоставить им право завоевать новую страну и управлять на всей ее территории. Собрав в качестве заема необходимую сумму денег на путешествие в Испанию, так как собственных денег у них практически не осталось, они отправлют туда Писарро для встречи и переговоров с королем.
Сначала он предстал перед Советом Индий с изложением своих планов завоевания Перу и ожидаемых от этого богатств для Испании взамен на право управлять этой обширной империей. Писарро очень повезло, поскольку его появление совпало с триумфальным пребыванием при дворе победоносного покорителя сказочно богатой страны ацтеков Эрнана Кортеса. На встрече с королем Писарро получил разрешение на завоевание «Новой Кастилии» — будущего вице-королевства Перу — с титулом аделантадо, то есть губернатора и военного командующего, что делало его независимым от губернатора Панамы и одновременно ставило над двумя партнерами в военных и гражданских вопросах. Для главного финансиста экспедиций Луке было предусмотрено довольно расплывчатое положение будущего епископа города Тумбес Альмагро, хотя и получил вместе с Писарро титул «дона», который поднимал их в социальном положении, был оставлен в подчинении у своего главного партнера, что вызвало у него острую обиду, которую пришлось притуплять всевозможными обещаниями.
Получив вожделенные королевские бумаги, Писарро поспешил в Севилью, откуда он направился на встречу со своими компаньонами в Панаму в сопровождении многочисленных идальго из родной Эстремадуры, трех братьев (Фердинандо, Гонсало и Хуана) и одного сводного (Мартина). Довольно скоро Писарро с братьями прибыл в Панаму и при первой же встрече столкнулся с бурной реакцией Аль- магро на его договоренности в Испании. Альмагро считал себя равным партнером и, по существу, являлся основным организатором экспедиций. За время отсутствия Писарро он продолжал активные поиски денег и людей для подготовки нового похода, и теперь, когда он был лишен каких-либо ответственных позиций в предприятии, его негодованию не было предела. Очень серьезная ссора партнеров грозила поставить под угрозу весь их многолетний план, и для улаживания дела в него вмешались их друзья и брат Писарро Фернандо, который даже встал на сторону обиженного Альмагро. Главе экспедиции пришлось давать торжественную клятву, что он откажется от титула аделантадо в пользу своего партнера и будет просить короля утвердить это изменение. Полученное Альмагро обещание на данный момент успокоило его, и он согласился тогда предоставить Писарро необходимую сумму собранных им денег, приготовленные запасы провианта и оружия, а также набранных людей и две принадлежавшие ему лично каравеллы.
Основная часть отряда Писарро в составе около 180 человек вышла из Панамы в начале 1531 года, рассчитывая на получение впоследствии дополнительных сил. Он взял курс на знакомый Тумбес, где планировал учредить столицу своего правления в новой земле. Первые две недели каравеллы продвигались довольно быстро, но затем им пришлось вновь столкнуться с превалирующими в тех водах сильными встречными ветрами и течениями, что в конечном счете заставило экспедицию высадиться примерно на 100 лиг севернее Тумбеса, в северной части сегодняшнего Эквадора Там Писарро решил отправить парусники в Панаму за людьми и продовольствием, а самому продвигаться на юг по суше, полагая, что это будет быстрее. Однако его расчеты себя совершенно не оправдали. Местность, лежавшая на пути испанцев, с ее бесконечными ливнями, многочисленными болотами и реками, оказалась очень трудно проходимой, требуя больших усилий на строительство плотов для их пересечения. Индейских поселений там почти не было, так что питаться приходилось чем придется. Но упорный глава экспедиции продолжал вести отряд на юг, и наконец он достиг Тумбеса.
Там, в заливе Гуаякиль, ее ожидали подкрепления в виде двух отрядов из Никарагуа: один под командованием Себастьяна Беналькасара в составе 30 человек и второй во главе с Хуаном Фернандесом, который прибыл с целой сотней своих людей. Чтобы избежать преждевременных столкновений с крупными силами индейцев Тумбеса и привести своих людей в порядок после тяжелейшего перехода, Писарро с помощью вновь прибывших решает перебраться на бальсовых плотах на остров Пуна, находившийся в 12 лигах от берега. Но островитяне оказали пришельцам ожесточенное сопротивление и уже при высадке убили четырех испанцев и многих ранили. С прибытием через некоторое время нового подкрепления из Никарагуа под руководством Эрнана де Сото с еще сотней солдат, что было тоже заслугой неутомимых усилий Альмагро, Писарро решил, что теперь он в состоянии приступить к захвату Тумбеса,
