Осознавая недостаточность физико-механического взгляда на эволюцию, Спенсер дополняет его «органическим» и «надорганическим» взглядами, черпая основания для своих моделей эволюции из биологии и социологии. Он отмечает, что в живой органической материи эволюция достигает высокой сложности, а это на механическом уровне выражается в том, что она «соединяет значительное количество внутреннего движения с такой степенью сцепления, которая делает возможной временную прочность распределения» (Там же, с. 39).
Спенсер не останавливается на констатации механических истоков эволюции, выраженных в характеристике эволюции как превращении бессвязной однородности в связную разнородность. Он задаётся вопросами: «Выражает ли это обобщение всю истину? Охватывает ли оно все существенные характерные черты эволюции и исключает ли оно все остальные?» (Там же, с. 43). Отвечая на эти вопросы отрицательно, Спенсер стремится углубить определение эволюции посредством понятий определённости и порядка. «Эволюция, будучи изменением однородного в разнородное, есть вместе с тем и изменение неопределённого в определённое, вместе с переходом от простоты к сложности происходит также и переход от беспорядка к порядку – от неопределённого распределения к распределению определённому» (Там же).
Итак, действуя на умозрительном уровне, на основе обобщения разрозненных фактов, взятых из различных областей физики, астрономии, биологии и социологии, т. е. фактически создавая своеобразную эволюционную метафизику, Спенсер фактически предвосхищает многие выдающиеся достижения конкретной науки XX столетия. Он предлагает модель эволюции, основанную на механизмах перехода от хаоса к порядку, с рассеянием (диссипацией) движения (энергии) в неравновесных условиях, т. е. фактически в основных чертах воспроизводит эволюционные сценарии неравновесной термодинамики и синергетики, вплотную подходя к идее самоорганизации. Причём эволюция в спенсеровских описаниях отражается даже более разносторонне, чем в сценариях И. Пригожина и Г. Хакена, которые нередко рассматривали свои сценарии самоорганизации как универсальные для всех эволюционных процессов и в этом отношении были даже большими метафизиками, чем позитивистский философ Спенсер. Преимущество Спенсера перед специалистами конкретных наук, изучающими эволюционные процессы, состоит в том, что он свободно оперирует данными различных наук, стремясь воссоздать обобщённую картину эволюции, тогда как они, оперируя данными исследований конкретных эволюционных процессов в своей области науки, нередко пытаются истолковать всё огромное разнообразие эволюции, исходя исключительно из этих процессов.
Вклад Спенсера в теорию эволюции весьма многогранен. Он рассматривал каждую низшую ступень эволюции как пролог и фундамент развития высшей ступени. Он выдвинул идею размножения следствий, согласно которой «каждая перемена есть причина многих перемен, и усложнение возрастает по мере того, как объект воздействия делается более сложным» (Там же, с. 49). Огромное значение для развития биологии имела спенсеровская теория биологической эволюции, которая и предшествовала дарвиновской теории, и развивалась далее под влиянием последней. Ч. Дарвин признавал, что с точки зрения философско-концептуальной Спенсер опередил его теорию на целых семь лет. Именно Спенсер выдвинул идею переживания наиболее приспособленных, которую Дарвин со ссылкой на приоритет Спенсера заимствовал и органично вписал в свою теорию эволюции видов.
Спенсер в какой-то степени предвосхитил и нашу теорию мобилизационной активности как основы выживания, и концепцию биологической работы как формы эволюционной работы. Он предлагал отличать эволюционную роль создания высокой жизненности от созданий слабой жизненности. Он отмечал, что «спасение от врагов предполагает движения внутри организма, соответствующие по роду и быстроте движениям вне его» (Там же, с. 63). Он рассматривал структурные изменения живых тел как результат беспрерывного приспособления внутренних отношений к отношениям внешним. Он считал поддержание соответствия между внутренними и внешними отношениями одним из важнейших проявлений сущности жизни (Там же, с. 65). Он был убеждён, что отправление функций предшествует изменению строения, а не наоборот (Там же, с. 70). Он использовал введённый биологом Мильн-Эдвардсом термин «физиологическое разделение труда» для объяснения прогресса от простых видов биологической деятельности к сложным.
Спенсер вступил в длительную и острую полемику в А. Вейсманом, обвиняя последнего в отходе от учения Дарвина под видом развития неодарвинизма. Признавая роль естественного отбора как фактора эволюции, в изучение действия которого он внёс немалый вклад, Спенсер отрицал способность естественного отбора быть единственной движущей силой эволюции. Согласно Спенсеру, только фактор упражнения органов может объяснить, как происходит эволюция признака, прежде чем он становится полезным. Спенсер понимает естественный отбор уже не только как переживание и оставление потомства наиболее приспособленными, но и как уничтожение наименее сопротивляющихся отбору индивидов и выживание наиболее сопротивляющихся (Там же, с. 96).
Фактически Спенсер понимал учение Дарвина вполне адекватно классическому дарвинизму. Он считал, что естественный отбор и унаследование «наработанных» в жизненном процессе признаков как бы взаимно дополняют друг друга. Правда, передачу признаков он понимал как прямую и непосредственную, т. е. скорее как реализацию ламарковского, механистического сценария. Причиной этого было то, что биологическую эволюцию он стремился увязать «с теми же общими механистическими принципами, что и все остальные способы уравновешения» (Там же). Механическое уравновешение, а не структурная мобилизация в конечном счёте рассматривается им как движущая сила эволюционных процессов, что вполне совпадает с научной картиной мира его времени.
В то же время, согласуя в целом положения своей теории с господствовавшей при его жизни механистической картиной мира, Спенсер, опираясь на собственное эволюционное мировоззрение, часто приходит к выводам, которые звучат как вполне современные и могут быть использованы для развития современной теории эволюции. Обычно считается, что Спенсер воспринял агностическую теорию Канта, сочетая кантовский априоризм в понимании пространства и времени с позитивистским эмпиризмом. Однако Спенсер напрямую критикует Канта, предлагая свой вариант эволюционистской трактовки человеческого способа восприятия. Он указывает «на различные особенности нашего восприятия пространства, совершенно не согласные с гипотезой Канта» (Там же, с. 207).
Пространство и время, по Спенсеру, рассматриваемые как нечто субъективное, возникают из накопленных и консолидированных опытов, рассматриваемых как нечто объективное (Там же, с. 206). В процессе эволюции сознания восприятие воспроизводит, согласно Спенсеру, аналог объективного пространства, времени, движения, материи.
Гипотезы о субъективности нашего опыта, излагаемые философскими теориями Беркли, Юма и Канта, Спенсер характеризует как метафизические, основанные не на опыте, а на его умозрительном искажении. Они суть извращение естественной точки зрения на мир, попрание человеческого здравого смысла. Критикуя субъективистские теории, Спенсер, фактически тем самым неявно опровергает и собственную теорию Непознаваемого как несовместимую с последовательной эволюцией познания.
Диалектика Гегеля, а вслед за ней и материалистическая диалектика, критикуя метафизику, всячески унижали и третировали здравый смысл, в том числе и, по выражению Ф. Энгельса, «в профессорском колпаке». Диаметрально противоположной точки зрения придерживался Спенсер. Метафизика, с его точки зрения, заключается в построении умозрительных конструкций, характеризующихся утратой здравого смысла, разрывом с эволюцией человеческого опыта и базирующейся на нём наукой. Разумеется, наука идёт дальше обыденного рассудка в познании сложных эволюционных процессов, но она является лишь продолжением здравого смысла в отдалённых от обыденности обстоятельствах, расширяя наши восприятия посредством умозаключений. Воспроиятия, по Спенсеру, не являются точными копиями реальных процессов. Для объяснения принципиальной ограниченности наших восприятий Спенсер сравнивает их с отражением реального куба на боковой поверхности зеркального цилиндра, которое представляет собой не куб, а некое расплывчатое тело. Однако между восприятиями и их прототипами, по Спенсеру, существует параллелизм, так что определённые сдвиги в эволюции прототипов регистрируются определёнными сдвигами в образах восприятий. Поэтому свою теорию познания, обосновывающую существование аналогии между свойствами Непознаваемого и эволюцией познаваемого, Спенсер называл трансформированным реализмом.
