После присоединения Новгорода дума должна была решить, как распоряжаться конфискованными землями. В дележе желали участвовать не одни братья Ивана III — Андрей и Борис, но и великие бояре, руководившие войной с Новгородом, а затем возглавившие управление Новгородской землей. Бояре проявили редкое усердие при выселении местных землевладельцев, а затем сделали все, чтобы воспользоваться плодами проведенных земельных конфискаций.
Власти отвергли домогательства удельных князей Андрея и Бориса, но образовали в пределах Новгородской земли удельное княжество для князя Федора Бельского, отъехавшего на Русь из Литвы. В 1482 году Бельский получил «городок Демон [в] вотчину да Мореву со многими волостьми». Не многим меньшие владения достались двоюродному брату Ивана III боярину князю И. Ю. Патрикееву и его сыну Василию. Обширные земли получил его зять слуга С. И. Ряполовский, новгородские наместники Захарьины и другие члены Боярской думы. Фактически члены думы и высшие воеводы разделили между собой лучшие новгородские земли. При этом имели место различные виды пожалований: от вотчин (полной собственности) и поместий (держание земли на условиях службы) до кормлений (право на сбор дохода с подвластного населения). Если бы ведущим боярским семьям удалось сохранить новгородские владения, это привело бы к невиданному усилению могущества московской аристократии. Однако этого не произошло.
Отказавшись от традиционного способа раздела завоеванных земель между боярами, власти приступили к организации поместной системы землевладения. Почти все бояре (Бельский, Патрикеевы, Ряполовский) утратили новгородские владения. Освободившиеся земли стали поступать в поместную раздачу. Служилый помещик зависел от монарха больше, чем боярин-вотчинник. Он владел поместьем, пока исправно нес службу в пользу государя. Среди помещиков можно было встретить знатных лиц, но в большинстве это были рядовые дети боярские — измельчавшие московские вотчинники. Организация поместной системы привела к перераспределению земель внутри российского феодального сословия. Наибольший выигрыш при этом получала не высшая московская аристократия, а казна и нарождавшееся дворянство. Казна сохранила право верховного собственника всех поместных земель. Она отбирала и вновь жаловала поместья, облагала их податями и натуральными повинностями. В распоряжение центральной власти поступали огромные материальные ресурсы. Началась перестройка управления на основах единодержавия. Организация поместного ополчения упрочила военную опору монархии.
Новый курс противоречил вековым обычаям и традициям. Он наносил ущерб материальным интересам боярского руководства, а потому неизбежно должен был вызвать резкие разногласия в думе. Следствием явилась казнь Ряполовского и заточение в монастырь Патрикеевых. Падение старого боярского руководства ускорило реорганизацию всей военно-служилой системы государства. Перед измельчавшими землевладельцами — московскими дворянами (так называли слуг — вольных и невольных — из состава великокняжеского двора) и детьми боярскими открылись перспективы неслыханного обогащения.
В 1499 году Иван III пожаловал Новгородскую землю сыну Василию, тем самым выведя ее из-под управления московской Боярской думы. Все больше служилых людей претендовали на новгородские поместные дачи, и правительству пришлось провести новые конфискации. На этот раз казна наложила руку на владения новгородской церкви. Наиболее точно все эти меры описал псковский летописец: «В лето 7007-го. Пожаловал князь великий сына своего, нарек государем Новугороду и Пскову… Генваря поймал князь великой в Новегороде вотчины церковные и роздал детем боярским в поместье, монастырские и церковные, по благословению Симона митрополита». В 1479 году Софийский дом потерял почти половину владений, а спустя двадцать лет у него отобрали еще половину из оставшихся земель. Из монастырей в том году пострадали лишь шесть самых крупных. Через двадцать лет конфискация коснулась нескольких десятков монастырей. От второй конфискации казна получила значительно больше монастырских сел, чем от первой.
Нетрудно объяснить отчуждение земель у крамольного архиепископа Феофила, возглавлявшего республиканское управление. Значительно труднее было объяснить гонения на Софийский дом, во главе которого стоял московский иерарх архиепископ Геннадий. Владыка пользовался благосклонностью Ивана III и его наместников в Новгороде, что помогало ему в течение многих лет отстаивать церковные земли от покушений казны. При Геннадии в Софийском доме был составлен синодик, грозивший церковным проклятием всем «начальствующим», кто обижает святые божии церкви и монастыри и отнимает у них «данные тем села и винограды». Однако угрозы отлучения не подействовали на правительство. В Москве Геннадий не пользовался прежним влиянием, а бояре Захарьины были уже давно отозваны из Новгорода.
Невзирая на старания Геннадия, вольнодумство в Новгороде не было искоренено. Покровитель новгородских еретиков дьяк Федор Курицын, не обращая внимания на проклятия архиепископа, благоденствовал при великокняжеском дворе. Софийский дом был посрамлен, когда в 1499 году московские вольнодумцы добились назначения своего единомышленника инока Касьяна на пост архимандрита Юрьевского монастыря. Юрьевский архимандрит был старшим после архиепископа иерархом Новгородской земли. Посылка Касьяна в Новгород, вероятно, была связана с готовившейся конфискацией монастырских земель. Несколько лет спустя Касьян был сожжен за ересь.
В споре с еретиками и вольнодумцами Геннадий неизменно отстаивал мысль о надвигающемся конце света. Среди православных богословов было широко распространено мнение о том, что с наступлением 7000 года произойдет светопреставление. По этой причине таблицы для расчета пасхи — пасхалии — были составлены не далее указанного года. Жизнь подтвердила правоту новгородских вольнодумцев, не веривших в скорое наступление конца света. Церковным иерархам Москвы и Новгорода пришлось составить пасхалии на последующие семьдесят лет. Размышляя о «втором пришествии», Геннадий обратился за советом к греку Траханиоту. Тот отвечал, что после 7000 года следует ждать еще 7 лет. В 1500 году владыка провел грандиозные богослужения в Новгороде. Их описаниям скупой на слова летописец посвятил десятки страниц. Два воскресения подряд архиепископ, возглавляя крестный ход, обходил стены вновь построенной и старой крепостей, велел нести иконы о Страшном суде, при многократных остановках «еувангелие на молебнех чел» и «крестом воздвизал, благословляя крестообразно народ на все четыре стороны», кропил святой водой городские ворота и церковные двери и «великого князя дворецкого и детей боярских и весь народ».
Готовился ли владыка вновь к наступлению Страшного суда или намерения его не были столь замысловаты, никто сказать не может. Между тем споры с еретиками продолжались. Вольнодумцы обрушились с резкими нападками на монастыри и монашество и задавались вопросом: не следует ли упразднить монастыри? Проекты секуляризации земель были созвучны их идеям. Некоторые из еретиков, например дьяки братья Курицыны, пользовались расположением Ивана III. Однако позиции еретиков оказались подорванными вследствие неблагоприятного для них исхода династического кризиса.
Иван III тщетно пытался примирить политические и семейные традиции при устройстве власти. В течение четырех лет на Руси было три великих князя — сам Иван III, его внук Дмитрий и сын Василий. Положение Дмитрия как великого князя Московского пошатнулось после падения старого боярского руководства. В 1502 году наступила развязка. Иван III приказал заключить под стражу Дмитрия и его мать Елену Волошанку, а через несколько дней посадил на великое княжение Владимирское и Московское сына Василия.
Софья Палеолог и ее сын Василий, выступавшие в защиту ортодоксальной веры, одержали верх в борьбе за власть. Главная покровительница московских еретиков Елена Волошанка оказалась в тюрьме. Обвинения насчет ереси оправдывали жестокость Ивана III по отношению к ближайшей родне, и великий князь поспешил снять грех с души. Он просил у митрополита и епископов прощения за то, что знал о ереси протопопа Алексея и Федора Курицына, но покровительствовал им. Беседуя с Иосифом Саниным, государь вновь повинился в терпимости к еретикам и тут же пожаловался на поповского сына Ивана Максимова, зятя протопопа Алексея: «А Иван, деи, Максимов, и сноху у мене в жидовство свел». Санину удалось вырвать у Ивана III обещание начать следствие о еретиках и подвергнуть их строгому наказанию.
Дьяк Федор Курицын и его друзья принадлежали к числу самых просвещенных деятелей своего времени. Ум, независимые и смелые сужденйя Федора и одновременно верная служба на административном и дипломатическом поприще создали ему прочное положение при дворе. Однако его карьера рухнула, едва решилась судьба Елены Волошанки. Курицын угодил в тюрьму. Покаявшись в пособничестве еретикам и пообещав выдать их на суд церкви, Иван III рассчитывал на то, что церковное руководство со своей стороны не будет препятствовать его проектам секуляризации. Но его расчеты оказались ошибочными.
