В 1963 г., при вскрытии захоронения Ивана IV и его сыновей в приделе Архангельского собора, был вскрыт и гроб князя Михаила. В его останках было найдено превышение естественного фона по мышьяку в 1,6 раза и по ртути в 4 раза. У Ивана Грозного фоновый уровень по мышьяку был превышен в 1,9 раза, по ртути в 32 раза, у царевича Ивана — в 3,25 и 32 раза, у царя Фёдора — в 10 раз по мышьяку. Ни у кого не было найдено накоплений свинца, сурьмы и меди. В справке экспертов Института судебной медицины АМН СССР от 12 марта 1964 г. сделан вывод: «Найденное в останках, извлеченных из всех четырех саркофагов, количество мышьяка не дает оснований говорить о каких-либо отравлениях соединениями мышьяка. Повышенное количество ртути, обнаруженное в останках Ивана Грозного и Ивана Ивановича, может быть обусловлено применением ртутьсодержащих препаратов с лечебной целью.... В то же время обнаруженное количество ртути не позволяет полностью исключить возможность острого или хронического отравления ее препаратами». Это значит, что князь Михаил не был отравлен «металлическим ядом», хотя он вполне мог быть отравлен ядом органическим.
Весть о гибели Скопина обрушилась на русских людей, поверивших, что Господь дарует им наконец Государя. После смерти доброго царя Фёдора никого так не оплакивали. С горем пришел гнев: все знали, что князя Михаила отравила кума крестовая, Екатерина, жена Дмитрия Шуйского, дочь кровавого Малюты. Москвичи кинулись громить дом Дмитрия, но царские стрельцы дом отстояли. Зато провожала князя вся Москва. На двор Скопиных пришло множество народу. Княжьи воины — воеводы, дворяне, сотники и атаманы, «ко одру его припадая», со слезами говорили: «О господине, не токмо, не токмо, но и государь наш, князь Михайло Васильевич!» Плакал и царь Василий. Пришел Делагарди с офицерами. Вельможи не хотели пускать иноверцев, но Делагарди настоял. Поцеловав покойного, граф, уходя, сказал: «Московские люди! Не только на вашей Руси, но и в королевских землях государя моего не видать мне такого человека!»
Князя хотели хоронить в Суздале, где покоились его прародители. Пока искали гроб по размеру, а князь Михаил был высоченный, народ стал требовать положить его гроб вместе с гробницами царей и великих князей, как одного с ними рода. Тогда царь громогласно сказал народу: «Достойно и правильно так совершить». Князя Михаила похоронили в приделе Архангельского собора, где лежит царь Иван Васильевич и его сыновья — царевич Иван и царь Фёдор.
Свержение и смерть Василия Шуйского. Смерть Скопила стала концом царствования Шуйского. Первый удар нанесли рязанские дворяне во главе с Прокопием Ляпуновым. Прокопий призвал к отказу от присяги Шуйскому. Вся Рязанская земля, кроме Зарайска, отложилась от царя. Ляпунов установил тайные сношения с князем Василием Голицыным, давно мечтавшим о царском венце. Вторым ударом явилось возрождение дела Лжедмитрия, совсем было заглохшее после успехов Скопина и призыва Сигизмунда к полякам покинуть Вора. Третий, и смертельный, удар Василий нанес себе сам, поставив во главе созданной Скопиным армии брата Дмитрия, не только бездарного воеводу, но и открыто обвиняемого в отравлении князя Михаила. Трудно понять, почему умный царь пренебрег историей постоянных поражений Дмитрия, ненавистью к нему русского войска и презрением шведов.
Результаты назначения Дмитрия главным воеводой было легко предсказать, но масштабы его поражения поразили воображение современников. 24 июня 1610 г. вблизи деревни Клушино 6-тысячное войско гетмана Жолкевского разгромило 48-тысячную русско-шведскую армию Дмитрия и Якоба Делагарди. Кроме гения Жолкевского и крылатых гусар, лучшей конницы тех времен, на стороне поляков был низкий боевой дух противника. Русские не хотели воевать за царя Василия, а Дмитрия ненавидели, как убийцу Скопина. Наёмники под шведскими знаменами были крайне недовольны тем, что им не выплатили жалованья. После гибели Скопина они ни в грош не ставили русских и не доверяли Делагарди, за два дня до сражения отправившего домой свои подарки и деньги. Жолкевский всячески переманивал наёмников на свою сторону. Поэтому, когда гусары опрокинули французских конных мушкетёров, наёмники заключили с гетманом договор о выходе из войны. Дмитрий со своим воинством всю битву сидел за тыном и помощи Делагарди не подавал. Увидев, что наёмники передались полякам, он возглавил бегство, разбросав меха и ценности, чтобы отвлечь преследователей. Бежал он столь резво, что утопил коня вместе с сапогами в болоте и добрался в Москву босой, охлюпкой, на крестьянской лошади.
Русская армия перестала существовать. Насмарку пошли труды Скопина. Царь Василий стал подобен «орлу бесперу и неимущу клева и когтей». Никто его не хотел царем, хотя открытого бунта ещё не было. Тем временем Жолкевский окружил под Царевым-Займищем войско Григория Валуева и убедил его подписать договор о возведении на российский престол королевича Владислава, сына Сигизмунда. Гетман от лица короля обещал не трогать веру и земли России и ничего не менять в стране. Вместе с Валуевым Жолкевский двинулся к Москве, посылая боярам грамоты о заключенном договоре. Не дремал и мятежный предводитель рязанских дворян, Прокопий Ляпунов; через брата Захара, бывшего в Москве, он связался с Василием Голицыным, лелеявшим надежду стать русским царем. Поражение под Клушиным ободрило и засевшего в Калуге самозванца. Его отряды повели наступление и вышли к Москве у села Коломенского.
Заговорщики решили действовать. 17 июля 1610 г. они пришли к царю во дворец. Карамзин пишет: «Захария Ляпунов, увидев Царя, сказал: "Василий Иоаннович! ты не умел Царствовать: отдай же венец и скипетр". Шуйский ответствовал: "как смеешь!"... и вынул нож из-за пояса. Наглый Ляпунов, великан ростом, силы необычайной, грозил ему своею тяжкою рукою». Товарищи по мятежу удержали неистового Захара. Все пошли на Красную площадь. Там Ляпунов и Фёдор Хомутов о своими советники, завопиша на Лобном месте, чтоб отставить царя Василья». Насильно захватив патриарха Гермогена, возбужденная толпа двинулась к Серпуховским воротам, где собралось множество народу; были там и бояре. Вновь кричали против царя Василия. Патриарх возражал, но его не слушали. Бояре недолго стояли за царя, порешили Василия с царства свести. В Кремль поехал свояк Шуйского, Иван Воротынский. Придя к царю, он объявил, что земля бьет челом, чтобы тот ради прекращения междоусобной брани оставил царство. Василий противился, но его схватили и вместе с женой отвезли на старый двор Шуйских. Царствовал он 4 года и 3 месяца.
Шуйский ещё пытался перетянуть на свою сторону стрельцов и посылал им деньги. Патриарх также требовал, чтобы царь вернулся во дворец. Но зачинщики их упредили. 19 июля, взяв с собой монахов из Чудова монастыря, они явились к Василию и объявили, что для успокоения народа тот должен постричься. Шуйский наотрез отказался. Тогда пострижение совершили насильно. Старика держали во время обряда за руки, а князь Василий Тюфякин произносил за него монашеские обеты. После пострижения ««инока Варлаама» в крытой телеге отвезли в Чудов монастырь. Постригли и его жену, а братьев посадили под стражу. Пострижение Шуйского, как насильственное, не могло иметь силы, и патриарх Гермоген признал его незаконным. Сам Василий твердил, что клобук к голове не гвоздями прибит.
По приказу патриарха в церквах продолжали молиться за здравие царя Василия.
Узнав о случившемся, Жолкевский поспешил к Москве. Он всё время сносился с Думой, предлагая на престол королевича Владислава. В конце концов бояре согласились на избрание царем Владислава при условии сохранения веры и порядка правления Московского государства. Пришли за благословением к Гермогену. Тот сказал: «Если будет креститься в православной вере, я вас благословлю, а если не будет креститься... да не будет на вас нашего благословения». Ловкий Жолкевский от обещания уклонился, сказав, что о крещении Владислава следует просить отца. 18 августа 1610 г. бояре и гетман подписали договор о приглашении на русский престол Владислава. Уже на другой день народ новели к присяге. Решение присягать до одобрения договора королем поражает. Объяснение может лежать в литовских корнях бояр, захвативших власть. Из Литвы вышли Мстиславские, Голицыны, Воротынские, Трубецкие. Они находились в родстве со знатнейшими литовскими родами, не видели для себя угрозы в унии с Речью Посполитой и верили, что Сигизмунд столь же умерен, сколь Жолкевский. Тем временем король прислал гетману письмо с требованием, чтобы присягали ему, а не сыну, но Жолкевский это письмо от бояр скрыл. Бояре включили в договор обещание гетмана бороться с Вором. Жолкевский договорился также забрать с собой Василия Шуйского и его братьев при условии поместить Василия в Киеве или другом монастыре в Литве.
Жолкевский «отвёл» войско Сапеги от самозванца, и бояре в нем окончательно уверились. Под его влиянием главными послами в посольстве, отправленном из Москвы к Сигизмунду, были назначены возможные соперники Владислава — митрополит Филарет и Василий Голицын. 21 сентября 1610 г. из-за страха перед «чёрным» народом бояре впустили в Москву польский гарнизон. Теперь гетман мог отправиться в королевский лагерь под Смоленском, захватив с собой бывшего царя и его братьев. 30 октября Жолкевский представил Сигизмунду Василия. Шуйский вел себя достойно. Когда от него потребовали поклониться королю, он отвечал: «Не подобает Московскому государю ноклонятися Королю, что судьбами есть праведными Божьими приведен в плен, не вашими руками, но от Московских изменников, от своих рабов отдан бысть». Гетман нарушил рыцарское слово — отправить Василия в монастырь. Шуйских увезли в Польшу, где они в заточении дожидались возвращения короля из России.
