Массовое закрытие религиозных общин, в том числе и православных церквей, было прекращено. Но церкви, закрытые в годы хрущевских гонений, за все 20 "застойных" лет не были возвращены верующим. В связи с массовым оттоком сельского населения в город, некоторые сельские приходы теряли прихожан и закрывались; в то же время возможности для открытия новых приходов в городах, население которых стремительно росло, оставались крайне затруднительными. За вторую половину 60–х годов число православных приходов убавилось с 7523 в 1966 году до 7274 в 1971 году.
В конце 60–х годов прекратилась практика частых переводов архиереев из одной епархии в другую, обусловленная ненормальными условиями, в которые поставлена была Церковь на рубеже 50–60–х годов. Архиереи получили более широкие возможности для объездов своих епархий для контроля за пастырской деятельностью священников, однако не в тех пределах, которые были доступны им в послевоенные годы.
В изменившейся обстановке в кругах епископов и духовенства, озабоченного состоянием церковных дел, пробудилась надежда на восстановление того положения, в котором Церковь находилась в 50–е годы. К тому времени уже проявили себя нездоровые последствия реформы приходского управления, на которую Церковь вынуждена была пойти на Архиерейском Соборе 1961 года. Устранение настоятелей и клириков от административно–хозяйственных дел ставило их в сложное положение, затрудняло и в духовном окормлении паствы; порождало конфликтные ситуации; власть старост, не всегда имевших твердые христианские убеждения, приобрела неподобающие, непомерные масштабы.
Летом 1965 года архиепископ Калужский Ермоген (Голубев) составил проект петиции на имя Святейшего Патриарха с предложением внести поправки в ту редакцию "Положения о Русской Православной Церкви", которая была принята Архиерейским Собором. В этом проекте предлагалось ввести настоятелей приходов в состав Приходского собрания ("двадцатки") и Приходского совета в качестве председателя.
Документ, составленный архиепископом Ермогеном, подписали также архиепископы Пермский — Леонид (Поляков), Иркутский — Вениамин (Новицкий), Новосибирский — Павел (Голышев), Казанский -Михаил (Воскресенский); епископы Рижский — Никон (Фомичев), Тамбовский — Михаил (Чуб) и Корсунь–Шевченковский — Григорий. Но путь к внесению новых изменений в "Положение о Русской Православной Церкви" был закрыт. Петиция не возымела успеха.
В 1967 году архиепископ Ермоген, находившийся на покое в Жировицком Успенском монастыре, уже единолично обращается к Патриарху с письмом, в котором подвергает резкой критике строй высшего церковного управления, установленный Поместным Собором 1945 года, предлагая вернуться к той схеме высшего управления, которая была разработана на Соборе 1917 — 1918 годов. Он писал: "В "Положении" собственно ничего не говорится о порядке формирования Синода, а только указывается, что он состоит из шести членов, из которых три митрополита — Киевский, Московский и Крутицкий — являются постоянными членами Синода, а три — временными, вызываемыми по очереди на полгода. Такой порядок имел бы еще… смысл, если бы постоянные члены — митрополиты, занимали свои кафедры в силу канонического избрания на эти кафедры, но поскольку эти митрополиты назначаются и перемещаются в обычном для прочих архиереев порядке, то соединение постоянного членства в Синоде с занятием данных кафедр теряет канонический смысл". В избрании Патриарха архиепископ Ермоген тоже предлагает вернуться к регламенту, установленному Поместным Собором 1917 — 1918 годов. "Приходится поражаться, — пишет он, — с какой глубокой серьезностью был разработан на Соборе 1917 — 1918 годов порядок избрания Патриарха с целью обеспечить продуманность избрания и наилучшим образом гарантировать свободу волеизъявления Собора в этом первостепенной важности вопросе". В письме архиепископа Ермогена оспаривается и правомерность избрания Синодом епископов на кафедры, в общем вполне традиционного для Русской Церкви, и предлагается возвращение к тому порядку замещения архиерейских кафедр, который был разработан Поместным Собором 1917–18 годов, но на практике продержался лишь несколько послесоборных лет: "У нас избираются кандидаты во епископы Синодом и, безусловно, не без согласования с Советом по делам религий, а с епископатом, не входящим в Синод, никакого согласования об этом не производится".
Предложения архиепископа Ермогена, продиктованные искренней тревогой за состояние церковных дел, были, конечно, нереалистичны.
В ноябре 1965 года священники Николай Эшлиман из Москвы и Глеб Якунин из Дмитрова направили два открытых письма на имя Председателя Президиума Верховного Совета СССР Н. В. Подгорного и Патриарха Московского и всея Руси Алексия. В письме Патриарху речь шла о заслугах Русской Церкви перед русской государственностью и культурой, о нарушении гражданскими властями законодательства о религиозных культах, о насильственном закрытии храмов в 1959 -1964 годах. Второе письмо переполнено развязными обвинениями Патриархии, епископата и духовенства в попустительстве закрытию храмов; священники Н. Эшлиман и Г. Якунин потребовали немедленно созвать Поместный Собор и отменить постановление Архиерейского Собора 1961 года о реформе приходского управления.
Письма были переведены на иностранные языки, получили мировую огласку, дали толчок для развязывания широкой кампании в зарубежных средствах массовой информации против нашего государства и против иерархии Русской Православной Церкви. Эти письма, в которых правда была перемешана с демагогией, угрожали внести раздор в среду духовенства.
24 декабря 1965 года Патриарх Алексий I подписал резолюцию: "Священники Московской епархии Н. Эшлиман и Г. Якунин обратились к нам с так называемым "Открытым письмом", в котором предприняли попытку осуждения деяний Архиерейского Собора 1961 года, а также действий и распоряжений церковной власти. Не дождавшись какого-либо ответа на письмо, они самовольно разослали его копию всем епархиальным архиереям, пытаясь нарушить церковный мир и произвести соблазн в Церкви. Тем самым составители письма не выполнили данное ими перед рукоположением обещание (присягу) "проходить служение согласно с правилами церковными и указаниями начальства". Получившие копию письма архиереи присылают в Патриархию свои отзывы, в которых выражают несогласие с содержанием письма и возмущаются действиями двух священников, посягающих на церковный мир. Ввиду изложенного, поручить Преосвященному митрополиту Крутицкому Пимену указать составителям на незаконность и порочность их действий…, направленных на соблазн Церкви, и на соответствующем докладе Преосвященного иметь о священниках Н. Эшлимане и Г. Якунине особое суждение. Резолюцию сообщить циркулярно всем Преосвященным".
В мае митрополит Пимен беседовал в авторами открытых писем, надеясь на их раскаяние. Но они по–прежнему стояли на своем. 13 мая 1966 года митрополит Крутицкий и Коломенский Пимен запретил их в священнослужении.
В 1968 году Русская Православная Церковь праздновала 50–летний юбилей восстановления Патриаршества. На торжества в Москву прибыли делегации от Константинопольской, Александрийской, Антиохийской, Иерусалимской, Грузинской, Сербской, Румынской, Болгарской, Кипрской, Элладской Церкви, а также от Православных Церквей в Польше и Чехословакии, делегация Финляндской автономной Церкви. Среди высоких гостей были Патриарх Иерусалимский Венедикт I, Католикос–Патриарх всея Грузии Ефрем II, Сербский Патриарх Герман, Румынский Патриарх Юстиниан, Болгарский Патриарх Кирилл, митрополит Варшавский Стефан, митрополит Пражский Дорофей. Широко представлены были на торжествах инославные церкви.
Торжества открылись в храме Воскресения Христова в Сокольниках 26 мая благодарственным молебном перед Иверской иконой Божией Матери. С приветственной речью к собравшимся обратился Патриарх Алексий I. Юбилейное собрание состоялось 28 мая в Покровском храме Московской духовной академии в Троице–Сергиевой Лавре.
С докладом на собрании выступил митрополит Ленинградский и Новгородский Никодим. В докладе был дан краткий очерк истории Русской Церкви, более подробно митрополит Никодим остановился на новейшем периоде церковной истории, начало которому было положено Поместным Собором 1917 — 18 годов. О нем докладчик сказал, что, "несмотря на все человеческие погрешности, ошибки и заблуждения, обусловленные духовной связью ряда его участников со старым миром, или, лучше сказать, вопреки этим погрешностям, ошибкам и заблуждениям, он стал великим историческим событием церковной жизни, без которого была бы немыслима вся последующая канонически–преемственная жизнь нашей Церкви".
С краткой речью на торжественном заседании выступил Патриарх Алексий. Юбилейные торжества завершились Божественной литургией в Богоявленском Патриаршем Соборе, которую возглавил Патриарх Сербский Герман.
