На оккупированной территории группы Союза появились в городах: Орше, Гатчине, Порхове, Вязьме, Орле, Гомеле, Могилеве, Полоцке, Борисове, Минске, Киеве, Барановичах, Слониме, Одессе и других местах. По информации Б. В. Прянишникова группы Союза существовали в 72 русских городах.
Работая на оккупированной территории в органах местной администрации, членам Союза пришлось каждую минуту сталкиваться с воплощением в жизнь основных постулатов гитлеровской и розенберговской политики по отношению к местному населению. В результате знакомства с немецкой политикой среди членов Союза резко возросли антигитлеровские и антинемецкие настроения. При этом в доверительных беседах с местным населением союзники пропагандировали свою установку: «Ни коммунизм, ни капитсьгизм, а национально-трудовой солидаризм. Против Сталина и Гитлера, за национальную Россию».
Во время Второй мировой войны была разработана вышеупомянутая схема национально-трудового строя, представлявшая собой программный документ НТС. Разработка этой политической платформы Союза велась в группах солидаристов, в лагерях военнопленных и на оккупированной территории. Проект был доработан на нелегальном Идеологическом семинаре НТС в Берлине под руководством К. Д. Вергуна — члена Исполнительного бюро. Документ представлял собой 6 разделов из 40 глав (философия, историософия, социология, правоведение, экономика, социальная политика, культура, стратегия и тактика борьбы с большевизмом). В схеме не обсуждалось будущее политическое устройство России, но декларировалась необходимость твердой национальной власти при сильном самоуправлении.
После поражения под Курском действия подполья НТС стали носить антинемецкий характер. Распространялись листовки с лозунгами: «За свободную Россию без немцев и большевиков!», «Покончим с Гитлером, возьмемся за Сталина!» и пр.
Внешне члены НТС привлекались немецкими властями для сотрудничества, что не мешало Гестапо арестовывать многих руководителей Союза. С лета 1943 г. начались аресты членов НТС в Европе и на оккупированной территории. Этому способствовала раскрытие антигитлеровского заговора в среде высших офицеров немецких вооруженных сил, прикрывавших деятельность Союза. К осени 1944 г. в немецких тюрьмах и концлагерях сидело около 200 членов НТС, в том числе полный состав Исполнительного бюро и запасного Исполбюро. В их числе были: председатель Союза В. М. Байдалаков, Брунст, Поремский, Заприев, Околович.
Допросы арестованных вели русские следователи Гестапо из группы «Комет», созданной специально для борьбы с русской эмиграцией. Немалую помощь в разгроме НТС оказали Гестапо и сотрудники К. А. Фосса — бывшего руководителя «Внутренней линии» РОВСа и сотрудника Абвера.
В вину НТС были поставлены антинемецкая деятельность, руководство нелегальной организацией, связь с партизанами. Аресты продолжались до сентября 1944 г., пока за членов Союза перед Гиммлером не заступился генерал Власов.
Сотрудничество членов Союза с Власовым и его штабом шло по нарастающей. Члены Союза преподавали дисциплины в ряде учебных заведений РОА, сотрудничали в редакциях русскоязычных газет.
После окончания военных действий НТС делает разворот в своей политике по отношению к власовцам на 180 градусов. По конъюнктурным соображениям Союз отмежевался от власовцев, боясь навлечь на себя обвинения в коллаборации со стороны новых могущественных союзников. Руководитель НТС Байдалаков издал для членов Союза циркуляр, в котором заявлял, что Комитет по Освобождению Народов России был составлен немцами из людей продажных и аморальных, шкурников и трусов.
Такая позиция руководства НТС вызвала раскол в среде послевоенных власовских политических организаций. С их стороны в адрес НТС начались упреки в политическом авантюризме и попытке захвата структур КОНР и РОА, неспособности налаживания ими (объявившими себя МИДом КОНР) связей с руководителями западных держав весной 1945 г.
В вину солидаристам власовцы также поставили распоряжение Байдалакова по регистрации и обеспечению явки всех военнослужащих РОА в оккупационные союзнические структуры.
Несмотря на занятую руководством НТС позицию по отношению к недавним союзникам, часть солидаристов помогла некоторым власовцам найти убежище на Западе, получить проездные документы и визы.
В послевоенной союзной литературе редко упоминается о роли членов НТС в работе немецких специальных органов. Между тем сотрудничество с немецкими спецслужбами привело к парадоксальному результату — специальный контрразведывательный орган Абвера «Зондерштаб Россия» фактически слился со структурой НТС на оккупированной территории.
По пути сотрудничества с Абвером пошел председатель Польского отдела НТС А. Э. Вюрглер. Фактически с первых дней войны он сотрудничал с бывшим офицером Императорской и Белой Армии Б. А. Смысловским, вскоре возглавившем специальный отдел штаба «Валли» — «Зондерштаб-Р». При организации «Зондерштаба» Смысловский предложил ему пост начальника 3-го отдела (отдел пропаганды). Смысловский при этом получал контроль над разветвленной агентурой НТС на оккупированной территории, а Вюрглер — возможность беспрепятственного перемещения своих людей по оккупированной территории под прикрытием документов «Зондерштаба-Р» и ведения собственной агентурной работы. Еще в конце 30-х годов Вюрглер возглавлял в Варшаве специальную школу по подготовке агентов для работы на советской территории. Средства на нее выделялись японской военной разведкой. Позднее, по решению председателя Союза в «Зондерштаб», на работу были рекомендованы старые, проверенные кадры НТС — И. И. Виноградов, К. А. Евреинов, Б. Б. Мартино и другие. При этом сам руководитель «Зондерштаба» в подробности работы НТС на оккупированной территории не посвящался, зато японская разведка была в курсе работы НТС.
Анализ архивных документов МГБ СССР дает представление о проникновении членов НТС в Абвер. Так, в структуре «Зондерштаба» служили следующие члены союза:
В. В. Брандт — член Совета НТС в Польском отделе;
Врангель Б. Г. — помощник резидента в г. Острове;
Евреинов К. А. — начальник разведкурсов «Зондерштаба-Р», с ноября 1943 г. — резидент в г. Молодечно;
Кашников В. Н. — резидент в г. Лепеле, затем в г. Лиде;
Мамуков Е. Е. — резидент в Днепропетровске, затем в Первомайске;
Ольгский М. Л. — резидент в г. Борисове;
Тенсон А. А. — резидент в г. Порхове, с ноября 1943 г. — в г. Гдове;
Юнг (он же Востоков или Афанасьев) Игорь Леонидович — помощник резидента в Слуцке, затем в Минске, участник формирования Русской Национальной Народной Армии (РННА) в Осинторфе, затем сотрудник «Предприятия «Цеппелин»»;
Полчанинов Р. В. — курьер резидентской области «Д» в г. Выру, затем в Минске;
Ширинкина А. — сотрудник органа в Могилеве;
Попов Г. И. — сотрудник органа в Порхове;
Арский (он же Отрожко) — возглавлял Могилевскую резидентуру;
Родзевич или Радзевич Алексей, он же Николай, или Константин, Александр Николаевич, или Дмитриевич, — капитан РОА, сотрудник 1-го отдела органа (разведработа против партизанских отрядов).
В «Предприятии «Цеппелин»» также служили члены Союза Рутченко (Рутыч) Н. Н. и Полошкин-Позе Г.
К 1943 г. Смысловский обладал информацией о тайной работе НТС и установил негласное наблюдение за его сотрудниками. 23 декабря 1943 г. около 10 часов утра А. Э. Вюрглер был убит по дороге на службу двумя выстрелами в затылок. Убийцы так и остались неизвестны.
Помимо «эмигрантского» Национально-Трудового Союза существовал ряд антисоветских политических организаций в лагерях военнопленных и на оккупированной территории.
В сентябре 1941 г. в офицерском лагере военнопленных в Хаммельбурге была создана Русская Трудовая Народная Партия (РТНП). Во главе нового политического образования встал бывший военный прокурор 100-й стрелковой дивизии РККА С. А. Мальцев. С немецкой стороны партию курировали офицер контрразведки капитан фон Зиверс и зондерфюрер Кох.
Партия состояла из отделов:
Отдел пропаганды — во главе с бывшим артистом МХАТа С. Н. Сверчковым;
Разведывательный отдел — майор А. П. Филлипов;
Военный отдел — генерал Благовещенский (до ноября 1941 г.).
Общее руководство партией осуществлял ЦК во главе с С. А. Мальцевым.
Программа партии была разработана также Мальцевым и Сверчковым, опубликована в ноябре 1941 г. и распространена среди военнопленных. Основная цель партии — свержение большевизма с помощью немецкой армии и послевоенное восстановление частной собственности и образование государства с республиканско-демократической формой правления. Для вступления в партию требовалось заявление с приложением анкеты и одной рекомендации от члена партии. Заявление о приеме рассматривалось на собрании и утверждалось комитетом.
