Мировая и Отечественная война, война русского народа и союзных ему народов с поработителями вызвала размежевание в эмиграции. Решительное большинство ее исполнилось патриотических настроений. Русские в Америке, союзной СССР (большинство из них входило в митрополичий округ, который после смерти митрополита Платона (Рождественского; +l934) возглавлялся митрополитом Феофилом (Пашковским)) сочувствовали победам Красной Армии. Экзарх Московской Патриархии в Америке митрополит Вениамин (Федченков) выступал на многочисленных митингах, добивался скорейшего открытия второго фронта, организовывал сбор пожертвований в пользу Красной Армии.
О победе русского оружия втайне молился в оккупированном немцами Париже митрополит Евлогий. Своим близким он говорил тогда: "Сейчас мы переживаем вторую Отечественную войну, тот же всенародный подвиг спасения Родины". Так поступали и многие другие священнослужители Западноевропейского Экзархата. Русские патриоты участвовали во французском Сопротивлении. Многие из них были казнены фашистами. Мученическую кончину в концентрационном лагере приняли священники Димитрий Клепинин (+l944) и монахиня Мария (Кузьмина–Караваева; +1945); казнены были В. А. Оболенская, Б. Вильде, А. Левицкий. В Сопротивлении участвовали также архимандрит Афанасий (Сахаров), протоиерей Андрей Сергеенко, В. Н. Лосский, А. Блум (ныне митрополит Сурожский Антоний), И. А. Кривошеий, Н. А. Полторацкий.
Часть эмигрантов, однако, с нападением гитлеровской Германии на Советский Союз связывала надежду на крушение большевизма. Эти надежды выразились в некоторых официальных заявлениях и проповедях карловацких иерархов и клириков. Митрополит Анастасий, находясь в стране, где развернулась ожесточенная борьба с оккупантами, воздерживался от заявлений в поддержку Германии. Но в пасхальном послании 1942 года он, касаясь положения русского народа на занятых немцами территориях, писал: "Настал день, ожидаемый им (русским народом), и он ныне подлинно как бы воскресает из мертвых там, где мужественный германский меч успел рассечь его оковы. И древний Киев, и многострадальный Смоленск, и Псков светло торжествуют свое избавление как бы из самого ада преисподнего. Освобожденная часть русского народа повсюду давно уже запела: "Христос воскресе".
26 мая 1942 года, с согласия Германского правительства, был открыт Среднеевропейский митрополичий округ, в который вошли церкви Германии, Бельгии, Чехословакии, Венгрии, а также часть оккупированных западных областей СССР — Орловская, Смоленская и Белостокско–Гродненская епархии. Митрополитом этого округа был назначен православный немец Серафим (Лядэ), убитый после войны при невыясненных обстоятельствах; архиепископ Брюссельский Александр (Немоловский), состоявший в юрисдикции митрополита Евлогия, был арестован и выслан во Францию.
После избрания и интронизации Патриарха Сергия восемь карловацких епископов, собравшихся на совещание в Вене, вынесли постановление о недействительности этого избрания. Не признала Русская Зарубежная Церковь и избрание Патриарха Алексия.
Иначе воспринял весть об избрании Патриарха митрополит Евлогий и окружавшее его духовенство. Биограф митрополита Евлогия так описывает его настроение и последние месяцы Великой Отечественной войны: "Огромная непобедимая Россия…, гроза пограничных сильных держав, покровительница малых, сестра родная всех славян…, всемирный центр Православия…, казалось, теперь может развернуться со всей убедительностью исторической реальности… И было также убедительно, что Россия вознесена на вершину славы и справилась с врагом благодаря чьей-то железной воле, жестокость которой многим бы хотелось оправдать пользой…" В те дни побед впервые в Зарубежье стали раздаваться такие речи среди русских патриотов… Что-то незаметно сдвинулось, изменилось в старых привычных оценках, начала меркнуть самая о них память… Постепенно стало забываться незабываемое, о чем говорили так часто с амвона, в печати — о Соловках, о епископах–мучениках, об осквернении святынь… История перевернула страницу, и содержание следующей поглотило внимание, так оно казалось ново. Это новое — прекращение в России гонений на Церковь. Больше этого — согласие во взаимоотношениях государства и Церкви… Известие о прекращении гонений, а потом и о Соборе и избрании Патриарха Владыка воспринял как великую радость духовной победы, связанную с победой на полях сражений, как знак "прощенности" русского народа".
После победоносного окончания Великой Отечественной войны в августе 1945 года в Париж был направлен митрополит Крутицкий Николай. Целью его миссии было, воссоединение с Матерью–Церковью отделившихся от нее эмигрантов. Митрополит Николай вел переговоры с митрополитом Евлогием и митрополитом Серафимом (Лукьяновым), который возглавлял приходы во Франции, находившиеся в юрисдикции карловацкого Синода. Переговоры завершились полным успехом. Оба митрополита воссоединились с Московской Патриархией, и митрополит Евлогий был назначен Патриаршим Экзархом Русской Православной Церкви в Западной Европе. Патриарх Константинопольский не возражал против этого.
После скорой кончины митрополита Евлогия, последовавшей 8 августа 1946 года, его преемником стал митрополит Серафим, старейший по хиротонии из русских архиереев во Франции.
Значительная часть "евлогианского" духовенства Экзархата, не желая подчиняться бывшему карловчанину, была недовольна этим назначением, и во главе с Владимиром (Тихоницким), возведенным Константинопольским Патриархом в сан митрополита, возвратилась в юрисдикцию Вселенского Патриархата. В 1965 году Священноначалие Русской Церкви сделало заявление о том, что подобное положение дел наносит вред межправославным отношениям. Константинопольская Патриархия, приняв во внимание позицию Московской Патриархии, упразднила свой Экзархат в Западной Европе, но приходы, входившие в ее состав, так и не установили нормальных отношений со Священноначалием Русской Церкви. Однако и в 1971 году Константинопольская Церковь воссоздала прежний Экзархат под новым названием Архиепископии в Западной Европе, в состав которой, помимо русских приходов, были включены и другие западноевропейские православные приходы, которые признавали юрисдикцию Константинопольской Патриархии.
Западноевропейский Экзархат Московской Патриархии возглавляли после митрополита Серафима (Лукьянова), в 1949 году ушедшего на покой и возвратившегося на Родину, последовательно архиепископ Фотий (Тапиро), архиепископ, позже митрополит Борис (Вик), архиепископ Николай (Еремин), митрополит Антоний (Блум), митрополит Никодим (Рогов), митрополит Филарет (Вахромеев) и митрополит Владимир (Сабодан). В состав Экзархата входили кафедры Сурожская (в Лондоне), Брюссельская, Цюрихская, Гаагская и Корсунская (в Париже). Архиерейский Собор 1989 года постановил упразднить зарубежные Экзархаты Русской Православной Церкви, подчинив зарубежные епархии Отделу внешних церковных сношений.
По–другому складывалась послевоенная история Зарубежной Русской Церкви, иначе именуемой карловацкой.
Сразу после своего избрания на Первосвятительский Престол 10 апреля 1945 года Патриарх Алексий I обратился к зарубежным иерархам со словами братского увещания: "Молим Господа, да вразумит Он поставивших свой разум выше разума Церкви и в гордыне своей пребывающих в упорном коснении, да призовет заблудших в ограду Церкви своей".
10 августа 1945 года Патриарх Алексий I вновь обратился с увещевательным посланием к карловацкому епископату, духовенству и мирянам, в котором призывал их к воссоединению с Матерью–Церковью. Призыв этот возымел известный успех. В октября 1945 года в Харбин была направлена церковная делегация во главе с архиепископом Ростовским Елевферием (Воронцовым) для переговоров с архиереями карловацкой юрисдикции, находившимися в Китае. В результате переговоров архиепископ Елевферий и митрополит Мелетий (Заборовский), возглавлявшие Харбинское епископское совещание, подписали акт о воссоединении. В этом документе выражено горячее стремление духовенства и мирян Дальневосточной Православной Церкви "встать под высокую руку Святейшего Отца нашего Алексия, Патриарха Московского и всея Руси, законного преемника Святейшего Патриарха Тихона". С Матерью–Церковью воссоединилась и Российская духовная Миссия в Китае во главе с епископом Виктором (Святиным). На территории Китая в 1946 году был образован Восточноевропейский Экзархат, просуществовавший до 60–х годов, когда в ходе изуверской "культурной революции" церковная жизнь в Китае была разгромлена. Во главе Экзархата стояли последовательно: митрополит Нестор (Анисимов), архиепископ Виктор (Святин) и епископ Василий (Шуан), китаец по происхождению.
С Матерью–Церковью воссоединились и русские православные приходы на Балканах: в Югославии и Болгарии, а также некоторые приходы в Германии и Австрии, главным образом в советской оккупационной зоне (позже ГДР). В 1948 году Русская духовная Миссия в Иерусалиме, находившаяся прежде в ведении карловацкого Синода, перешла в юрисдикцию Московской Патриархии.
