Синод представил первое доношение императрице, прописывая, что, по его мнению, оно заключает в себе оскорбление величества, за что автор подлежит суду; но он, Св. Синод, без ведома императрицы приступить к делу не смеет, а предает его в ее благорассмотрение и снисхождение. Как видно, Синод, принимая в соображение осторожное и снисходительное поведение Екатерины относительно неприятных, враждебных ей лиц, принимая также в соображение деликатность вопроса и звание Арсения, рассчитывал, что императрица не даст сильного хода делу, велит ограничиться выговором, внушением проситься на покой и т.п. Но Синод ошибся в своем расчете: Екатерина обнаружила небывалое до сих пор раздражение, и причина понятна: чем яснее в сознании трудности какого-нибудь дела, чем яснее представляются возражения против него, чем эти возражения, не имея в основании действительной правды, доступнее для толпы, тем более происходит раздражение, когда эти затруднения и возражения являются на самом деле. Сильно раздражало указание на манифест, изданный при восшествии на престол, желание поставить в противоречие, желание запугать: ты хочешь слыть защитницею православия и в то же время хочешь сделать то, чем сравнишься с Иулианом-отступником, с Иудою. Не забудем и литературного влияния, под которым находилась Екатерина вместе со всеми читавшими тогда людьми, влияния господствовавшей тогда темы в рассуждениях заправителей литературных — темы о фанатизме, сословном эгоизме духовенства, монахов, которым нужно положить преграду для благосостояния общества.
Екатерина написала собственноручно: «Святейший Синод! В поданном вашем вчерась мне докладе представлено, что архиерей ростовский Арсений прислал доношение от 6 дня марта в Синод, в котором все, что ни есть написано, следует к оскорблению величества императорского, за что его признаете подлежательным суждения, но без ведома моего приступить к тому не смеете и предаете в мое благорассмотрение и снисхождение. А как я уповаю, что и Св. Синод без сумнения признает, что власть всех благочестивых монархов, в числе коих и я себя включаю и делами моими, вами свидетельствуемыми, доказую, не для них единственно, но паче для общего всех истинных сынов отечества благосостояния, сохраняема и защищаема быть должна, также что в его, архиерея Арсения, присланном ко мне от вас для прочтения оригинальном доношении, которое я при сем к вам обратно посылаю, усмотрела превратные и возмутительные истолкования многих слов Св. Писания и книг святых, того ради впредь (для) охранения моих верноподданных всегдашнего спокойства, оного архиерея Арсения, таким преступником от вас признанного, Св. Синоду на справедливый, законами утвержденный суд предаю, а какая по суду сентенция ему назначена будет, оную представить нам для конфирмации, причем еще будет иметь место мое снисхождение и незлобие».
Получив известие о грозящей беде, Арсений испугался и подал просьбу об увольнении от епархии опять в Спасский Новгород-Северский монастырь на обещание, но уже было поздно: его взяли под стражу и отвезли в Москву на синодский суд. Еще прежде взятия под стражу Арсений отправил копию с своих доношений Синоду к духовнику Федору Яковлевичу Дубянскому и графу Алексею Петр. Бестужеву-Рюмину. Неизвестно, что сделал с этими бумагами духовник, но Бестужев решился ходатайствовать за Арсения и внушить императрице о необходимости покончить неприятное дело как можно тише и скорее. 31 марта он писал императрице: «Как содержание доношений в Синод (Арсения) наполнено не только дерзостями, но и чувствительнейшими оскорблениями за которые ее и. в-ство справедливо на него прогневана, граф Бестужев, не вступая отнюдь ни в малейшее за сего архиерея заступление, осмеливается токмо по долгу к ближнему, в преступление впадшему, рабски просить о показании ему монаршего и матернего милосердия в том приговоре, который по суду, конечно, ему тягостен будет, а притом не в указ свое слабейшее рассуждение присовокупить, не соизволит ли ее и. в. в его явном и никакого уже исследования не требующем преступлении скорее сентенцию на монаршую конфирмацию сочинить и тем сие дело кончить в предупреждение разных о сем и без того в публике происходящих толкований».
Мягкие формы не помогли. Бестужев, которому в прошлом году писалось: «Батюшка Алексей Петрович, пожалуй, помогай советами!», теперь получил на свое внушение грозный ответ: «Я чаю, ни при котором государе столько заступления не было за оскорбителя величества, как ныне за арестованного всем Синодом митрополита ростовского, и не знаю, какую я б причину подала сумневаться о моем милосердии и человеколюбии. Прежде сего и без всякой церемонии и формы по не столь еще важным делам преосвященным головы секали, и не знаю, как бы я могла содержать и укрепить тишину и благоденствие народа (умолча о защищении и сохранении мне от Бога данной власти), если б возмутители не были б наказаны».
Конечно, Бестужев и никто другой никак не могли бы припомнить, когда преосвященным не по столь еще важным делам головы секали безо всякой церемонии и формы; но поверка этих слов Екатерины могла только показывать Бестужеву всю степень раздражения императрицы, и он спешил успокоить это раздражение: «Во всенижайший ответ всеподданнейший раб доносит, что как он прежде за ростовского архиерея никогда не заступался, но паче в С.-Петербург присланную от него цидулку представил с своим примечанием; так и ныне по его подлинно великим преступлениям не делал заступления, а токмо о скором решении упомянул, дабы чрез то пресечь излишние толкования и рассуждения в народе, который о точности дела не ведает; но ежели в чем старик погрешил, то токмо от одного усердия, чем теперь от неповинности своей и сокрушается». На этой же записке Екатерина написала: «Сожалею, что сокрушается: я писала с тем, чтоб вы имели что ответствовать тем, кто вас просьбою мучит. Желаю вам спокойно опочивать».
7 апреля Синод подал доклад: «Св. Прав. Синод, довольно имея рассуждения, что оный митрополит Арсений в оскорблении ее и. в-ства без всякого извинения виновным оказуется тем именно, что он в противность слова Божия и апостольских правилами преданий и презря свою архиерейскую и генеральную присяги и в противность же государственных узаконений на именные ее и. в-ства в 1762 и 1763 годах состоявшиеся о церковных имениях указы, присланными в Синод своими, первым от 6, а потом и вторичным, от 15 марта, доношениями таковые учинил возражения, которые единственно до оскорбления ее и. в. следуют, приводя в оных из многих слов Св. Писания и из некоторых книг превратные от себя толкования, с самым оных слов разумом и силою отнюдь не сходственные, а именно (следуют известные места из доношений). Хотя то доношение и окончено тем, что якобы все то писать и от слова Божия и закона предлагать не иная причина его привела, токмо ревность по Бозе и законе Божием, ее и. в-ства довольно в манифестах и указах ее монарших изображенная, аще же возымеется в том его быти погрешность, просит о прощении. Но оного ни за каковой резон почесть не можно, ибо не токмо на высочайшие указы, но и на повеления своей команды никаковых, а кольми паче язвительных представлений и возражений чинить под наитяжчайшим штрафом запрещено, да и таковой причины, чтоб вышеозначенное возражение с такою дерзостною отвагою выдумывать и действительно якобы под образом своей ревности представлять ему, митрополиту, и никому отнюдь не было и нет. Хотя он в допросе и показал, что якобы он в тех своих доношениях ко оскорблению ее и. в-ства ничего быть не уповал, все то писал по ревности и совести, чтоб не быть двоедушным, а сочинял-де он все то не для возражения на указы, но на представления других, по коим представлениям и те указы последовали, что-де разумеется на представления комиссии, и в чаянии том, что, как те представления не отвержены, так-де и оное его представление отвержено не будет и по крайней мере за то не воспоследует оскорбления ее и. в-ства, но понеже оное вошло во оскорбление ее и. в-ства, того ради, всепокорнейше и всеподданнейше припадая к ногам ее и. в-ства, просит прощения и помилования. Но оное его, митрополита, показание не истинное, ибо, по показанию находившегося при нем для письма канцеляриста Жукова, копии с обоих доношений в Синод были отправлены в Москву к двум знатным персонам. В 1743 году ему сделан был от Синода письменный выговор за то, что в доношении своем в Синод весьма противные и уразительные термины написать дерзнул. Выговор сделан был с таким подтверждением, что если он в подобное тому противление и презорство паки вступать будет, то не точию сана архиерейского, но и клобука лишится, того ради приговорили: оного митрополита Арсения, яко уже и прежде в немалых преступлениях, а ныне и наипаче в тяжком и оскорбительном, также архиерейской и генеральной присяги и всех государственных узаконений преступничестве оказавшегося, за те его тяжкие вины и за оскорбление ее и. в-ства в силу апостольского 84-го правила архиерейства, а по его на означенном в 743 году чинимом ему выговоре подписке и клобука лишить, и послать в отдаленный монастырь под крепкое смотрение, и бумаги и чернил ему не давать». Подписали: Димитрий митрополит новгородский, Тимофей митрополит московский, Гавриил архиепископ санкт-петербургский, Гедеон епископ псковский, Амвросий архиепископ крутицкий, Афанасий епископ тверской, Мисаил архимандрит новоспасский.
