Финансировавшиеся из Токио межпартийные Парижская и Женевская конференции в 1904–1905 годах не привели к созданию прочного блока участвовавших в них партий и революционных групп. Не состоялось и запланированное японской разведкой на июнь 1905 года вооруженное восстание в Петербурге. Не удалась и попытка ввоза в Россию оружия для финских и русских революционеров. Пароход «Джон Графтон» с грузом вооружения для революционных террористов в финских шхерах налетел на камни в районе острова Якобстан и после безуспешных попыток выгрузить оружие на соседний остров был взорван членами команды. Финские рыбаки подобрали на месте крушения много оружия и по дешевке продавали его русским революционерам.
По этому поводу видный большевик М. Литвинов огорченно писал Ленину:
— «Будь у нас те деньги (100 000 р.), которые финляндцы и с.-ры затратили на свой несчастный пароход, — мы бы вернее обеспечили себе получение оружия. Вот уж авантюра была предпринята ими! Вы знаете, конечно, что финляндцы, не найдя эсеров в России, предложили нам принять пароход, но сроку для этого дали одну неделю. Ездил я на один островок и устроил там приемы для одной хоть шхуны, но пароход в условленное время туда не явился, а выплыл лишь месяц спустя где-то в финляндских водах. Финал вам, конечно, известен из газет. Черт знает, как это больно!»
Однако то, что не удалось «Джону Графтону», блестяще осуществил другой пароход — «Сириус», доставивший такую же, оплаченную японскими спецслужбами, партию оружия революционным организациям Кавказа.
На первых порах Ратаев несколько недооценивал Новый для него участок работы — контрразведку, однако Впоследствии исправил положение. Деятельным его информатором здесь по-прежнему был Азеф, взявший под контроль деятельность Циллиакуса, в то время как другой опытнейший агент, сносившийся непосредственно с Департаментом полиции — Манасевич-Мануйлов, следил за самим Акаши. Наблюдение за римскими католиками, интриги с прессой — все это оказалось мелочью по сравнению с деятельностью Манасевича-Мануйлова в сфере военного шпионажа, да еще в период войны. Разведки и контрразведки окружены были глубокой тайной, а главное, оплачивались крайне высоко. Не прекращая забот о прессе и получая из Департамента общих дел и Департамента полиции специально на прессу до 9000 рублей ежегодно, Мануйлов устремился к организации собственно военного шпионажа. Полицейская справка подробно излагает его деятельность:
«С начала военных действий в Японии против нашего отечества Мануйловым была учреждена непосредственная внутренняя агентура при японских миссиях в Гааге, Лондоне и Париже, с отпуском ему на сие 15 820 рублей, благодаря сему представилось возможным, наблюдая за корреспонденцией миссий, получить должное освещение настроений и намерений нашего врага. Кроме того, Мануйлову удалось получить часть японского дипломатического шифра и осведомляться, таким образом, о содержании всех японских дипломатических сношений. Этим путем были получены указания на замысел Японии причинить повреждение судам второй эскадры на пути следования на восток. По возвращении в Россию Мануйлов получил от Департамента поручение организовать специальное отделение розыска по международному шпионству и наблюдение за прибывающими в столицу представителями некоторых держав, сочувствовавших Японии. Энергичная деятельность Мануйлова дала вскоре же осведомленность в отношении английского, американского, китайского и шведского представителей, причем Мануйлов даже сумел проникнуть в тайну их дипломатических сношений, а равно организовал агентуру при турецком посольстве. В октябре 1904 года ввиду полученных указаний, что Вена, Стокгольм и Антверпен являются центрами японской военно-разведочной организации, Департаментом было признано полезным учредить через посредство Мануйлова в этих городах наблюдение, на что Мануйлову и было отпущено первоначально 770 франков, а затем 800 франков и, наконец, ежемесячно — по 5550 франков».
Помимо крупных премиальных по итогам шпионской работы Мануйлов был награжден орденом святого Владимира IV степени, а чуть позже получил «высочайшее соизволение на принятие и ношение испанского ордена Изабеллы Католической». Сам он охотно рассказывал о своей «военной» деятельности:
«Проживая в Париже, я имел возможность получать сведения о шпионских происках в России, и, когда я вернулся в Петербург, я доложил директору Департамента полиции о необходимости организации для борьбы с народным шпионажем, направленным против нашего правительства. Мой проект был одобрен в то время Министром внутренних дел, и мне было поручено организовать особое отделение при Департаменте. Основная отделения, кроме наблюдения чисто полицейского за шпионами, сводилась к получению агентурным путем шифров иностранных государств. В самое короткое время мною были получены дипломатические шифры следующих государств: Америки, Китая, Болгарии, Румынии. Благодаря этим шифрам все отправляемые и получаемые телеграммы разбирались в Департаменте полиции и представлялись его императорскому Величеству. Во время войны мне было приказано достать шифр японского государства. С этой целью я, заручившись агентом, отправился в Гаагу и после страшных усилий, рискуя своей жизнью (фотографии шифра снимались в квартире посольского лакея, на краю города), получил шифр японцев. За этот шифр было уплачено вместе со всеми фотографиями (шифр представлял две огромные книги) 3½ тысячи рублей — 8000 франков или 9000 франков, сейчас точно не помню. Если бы я хотел быть корыстным, то в то время я мог бы получить огромную сумму, но мне не могло и прийти в голову подобное соображение. Я был искренне счастлив, что мне удалось в такой серьезный момент выполнить такое важное поручение, а между тем нашлись люди, которые распространили гнусные слухи о том, что я получил за это дело 50 тысяч рублей. Затем я достал возможность Получения германского шифра (я заручился согласием служащего германского посольства в Мадриде), и это дело не было выполнено исключительно по преступной небрежности покойного директора Департамента полиции Коваленского, который на все мои по сему поводу доклады не считал даже нужным что-либо предпринять. В бытность директора Департамента полиции Коваленского было и другое дело, которое может служить прекрасной характеристикой халатности, которую проявлял Департамент. Я получил письма военного агента Японии Акаши, который переписывался с группой финляндских революционеров и с армянскими террористами. Из этой переписки было видно, что японцы дают деньги на организацию московского вооруженного восстания и при помощи их революционеры снаряжают пароход с оружием, который должен быть отправлен в Финляндию. Я по этому поводу писал, телеграфировал, но не получал надлежащих указаний. В конце концов было отправлено судно „Джон Графтон", и, если бы оно случайно не наскочило на камни, революционеры получили бы громадный транспорт оружия и динамита. Все это имеется в Департаменте, и пусть посмотрят мои доклады, которые подтвердят, что я имел все сведения, которые не были использованы Департаментом. Эта страница деятельности Департамента достойна внимания. Она могла стоить очень дорого.
Почти одновременно с этой работой на меня была возложена охрана Балтийского флота, причем заведующий Особым отделом Департамента полиции князь Святополк-Мирский вручил
