Решительный выбор в своей жизни Софроний сделал, когда ему было уже 38 лет. Оставив мир, профессию, которая кормила его, он поступил послушником в Свято-Духовский монастырь в городе Царицыне. Вскоре он принял монашеский постриг с оставлением своего имени — Софроний. В 1910 году Софроний был рукоположен в иеродиакона, а в 1915 году — в сан иеромонаха в одном из храмов Саратова. В 1917 году иеромонах был командирован в миссионерскую школу в село Подлесное.
Началась Гражданская война между белыми и большевиками, и отец Софроний счел невозможным для себя оставаться в стороне при таких обстоятельствах, когда в опасности находится его родина. В январе 1919 года он поступил в добровольческую армию Деникина полковым священником. Там он прослужил до самого разгрома Белой гвардии, но не стал эмигрировать вместе с белыми, а остался на родине.
В 1920 году он поступил на подворье Георгиевского Балаклавского монастыря в Екатеринодаре. В 1924 году отец Софроний вернулся в Саратов и получил назначение в храм села Старая Яблонька, в 1925 году был переведен в храм села Самодуровка, а после этого — в село Казановка.
В своем приходе отец Софроний делал все для просвещения своих прихожан, невзирая на преследования и притеснения властями Православной Церкви. В приходе отца Софрония регулярно проводились уроки Закона Божия — за это монах был арестован, и власти попытались отдать его под суд, но по каким-то причинам из этой затеи ничего не вышло. После этой истории отец Софроний вынужден был перейти в храм села Юрьевка.
В то время архиепископом (из обновленцев) Уральской епархии и Вольского викариатства был Михаил Постников, один из деятелей обновленческого раскола. В Саратовской епархии он часто устраивал беседы
о правоте обновленческого движения, проводил диспуты, на которые приглашал православных. От них архиепископ пытался добиться перехода в обновленчество. Выпускник Демидовского лицея, имеющий ученую степень кандидата права, Михаил Постников прекрасно понимал, что действовать лучше всего с помощью фактов, которые можно подтвердить документально. На всех своих диспутах он подводил разговор к тому, что Священный синод обновленческой церкви — единственно признанный в качестве законного церковного правительства Вселенским и Восточным патриархами, а староцерковники-тихоновцы этими патриархами не признаны. В качестве доказательства Михаил Постников показывал документ, подписанный представителем Вселенского патриарха в России. После этого он настойчиво требовал, чтобы православные священники предоставили ему документы о признании их Восточными патриархами.
Но разве могло предоставить какой-нибудь документ в те годы православное духовенство сел и городов? Среди православных росло смятение, а глава Вольских обновленцев, видя, что успех явно на его стороне, действовал решительно.
Таким образом, положение становилось критическим, и православные приходы решили, что им необходимо заручиться документами заместителя патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) и представителя Вселенского патриарха архимандрита Василия о признании митрополита Сергия и его временного Синода Восточными патриархами. Итак, прихожане села Юрьевка решили послать в Москву своего представителя для выяснения всех вопросов. Представителем был выбран отец Софроний.
В конце декабря 1927 года иеромонах Софроний прибыл в Москву и направился в патриархию, где принимал представитель временного Синода митрополит Серафим (Александров). Отец Софроний изложил суть дела, по которому прибыл. Поездка иеромонаха оказалась удачной — он добился того, за чем его посылали: привез копии нужных документов.
Теперь отец Софроний, имея копии патриарших грамот и письмо архимандрита Василия, мог торжествовать — у обновленцев не оставалось никаких документальных фактов в подтверждение своей правоты. По приезде домой он на первой же службе зачитал грамоты Восточных патриархов.
Обновленцы надолго затаили зло на отца Софрония, и уже через месяц доложили «куда следует», что иеромонах — контрреволюционер. В середине февраля отец Софроний был арестован.
На допросе следователь спросил отца Софрония, каковы его политические убеждения и признает ли он советскую власть. Иеромонах спокойно ответил: «Признаю и приветствую ту власть, при которой живу». Тогда следователь спросил, где отец Софроний находился во время Гражданской войны, на что священник с таким же спокойствием ответил: «В 1919 и в 1920 годах я добровольно служил в армии Деникина полковым священником». Допрос продолжался. «Зачем вы поехали в Москву?» — спросил следователь. Отец Софроний подробно рассказал ему о своей поездке и о встрече с духовенством.
Иеромонах был заключен в тюрьму города Вольска. Узнав об этом, прихожане храма Рождества Богородицы, где служил священник, направили в Вольск делегацию с письменным ходатайством об освобождении Софрония; прошение подписали 200 человек. Испугавшись настойчивости делегации, сотрудник ГПУ в тот же день отправил отца Софрония в Саратовский изолятор специального назначения. Иеромонах так и не признал себя виновным и из тюрьмы написал в ГПУ заявление с просьбой освободить его под расписку или отпустить на поруки общины села Юрьевка.
20 апреля уполномоченный Саратовского ГПУ составил по делу отца Софрония обвинительное заключение: «Являясь священником церкви села Юрьевка, Несмеянов занимался пропагандой и агитацией среди верующих, направленной к возбуждению религиозной вражды, являясь ярым защитником сергиевской ориентации и непримиримым врагом советской власти… Разъезжая по селам, группируя вокруг себя антисоветский элемент и ведя агитацию, направленную к возбуждению религиозной вражды и суеверия среди верующих, он подрывал политику советской власти в отношении отделения церкви от государства… Произведенным следствием инкриминируемое Несмеянову обвинение не установлено» (Архив УФСБ РФ по Саратовской области).
В августе 1928 года Особое совещание при коллегии ОГПУ постановило освободить священника из-под стражи, зачтя в наказание срок предварительного заключения. Сразу после освобождения отец Софроний стал служить в храме села Улыбовка Саратовской области. В это время наступили новые гонения.
Отдав землю крестьянам, советская власть благополучно у них ее и отнимала, предоставляя крестьянам единственную возможность работать на земле — быть рабочими в колхозе. Для организаторов колхозов самым страшным врагом виделся, разумеется, сельский священник, имевший огромное влияние на крестьян. В это время и посыпались на священников доносы, большей частью вымышленные, а власти находили свидетелей и открывали дела.
Дошло дело и до отца Софрония — в конце декабря 1930 года при выезде из села он был арестован. Иеромонаха обвинили в том, что он вел антисоветскую агитацию и разлагал работу колхозов. Нашлись дежурные свидетели, которые предоставили следствию множество фактов антисоветской деятельности священника. Но отец Софроний категорически отверг все выдвинутые против него обвинения. 14 февраля 1931 года «тройка» НКВД приговорила его к ссылке в северный края на три года.
В 1933 году иеромонах Софроний вернулся из ссылки в Вольск и стал работать сторожем в Свято-Троицком храме. Но он прекрасно знал, в чем его предназначение, ему не хотелось быть сторожем. В 1935 году отец Софроний уехал в Тверскую область, где получил место священника в храме села Рождественское Кашинского района. В феврале 1937 года он был направлен в храм села Лозьево Бежецкого района. Отцу Софронию было уже 66 лет, и если бы не новые репрессии, то он бы служил в этом храме до конца жизни.
Священника опять обвинили в антисоветской агитации — в то время это было самое распространенное обвинение.
В сентябре 1937 года отец Софроний был вновь арестован, показания свидетелей к тому времени уже были готовы и подшиты к делу. Сразу после ареста началась бесконечная вереница допросов: «Следствием установлено…» — «Нет, я отрицаю свое участие…» И так бесконечное число раз… Отец Софроний на допросах держался мужественно, хотя с каждым новым допросом понимал, что следствие ведет дерзкий оговор и что все от начала до конца построено на лжи.
На одном из допросов Софроний услышал от следователя следующее: «Следствие располагает сведениями, что вы, Несмеянов, председателю церковного совета Стрижеву по поводу сталинской конституции выражали контрреволюционные взгляды. Признаете ли вы себя виновным в этом?» Выслушав внимательно обвинение, священник не стал ничего говорить. Невозможно даже представить, какие средства давления предпринимал сотрудник Бежецкого НКВД, чтобы заставить отца Софрония оговорить себя. Но заповеди Господни и страх согрешить перед Богом были намного сильнее физических мук.
