С началом эвакуации по плану «Адлер» немецкие надводные корабли были целиком задействованы для обороны собственных коммуникаций, а в конце приняли и непосредственное участие в транспортировке остававшихся на мысе Херсонес солдат и офицеров 17-й армии. Тем не менее не следует считать, что после тяжелого поражения в Крыму командование германских ВМС полностью утратило инициативу и в бездействии дожидалось своего конца. В июне дважды группы по восемь «шнелльботов» проводили поиски у западного побережья Крыма, в начале августа один такой рейд был произведен против предполагаемой коммуникации м. Тарханкут – Одесса. Надо отметить, что с 18 июля на Сулину стали базироваться корабли немецкой «боевой группы» – три артиллерийские баржи, по четверке «раумботов» и «шнелльботов». Хотя их главной задачей было противодействие возможному десанту, вечером 10 августа «боевая группа» была направлена в море для обстрела одесского порта. Ее выход был своевременно обнаружен советской воздушной разведкой, после чего отряд подвергся двум групповым налетам штурмовиков. Вследствие серьезного повреждения двух моторных тральщиков немцы отказались от продолжения рейда. Он стал последней активной акцией кригсмарине на данном театре.
Интересно отметить, что в этот завершающий период ВМС противника готовились к действиям и на другом – босфорском – направлении. В конце июля немцам стало известно о переговорах союзников с турецким правительством, после чего ожидалось вступление Турции в войну на стороне антигитлеровской коалиции. На этот случай германское командование в начале августа разработало оперативный план «Гертруд» и его морскую составляющую «Флигенпильц». В случае начала войны с Турцией главной задачей немецкого Черноморского флота считалось недопущение входа на театр кораблей западных союзников, а также нарушение турецких каботажных перевозок между портами румелийского и анатолийского побережья страны. С этой целью силами торпедных катеров и моторных тральщиков планировалось выставить пять минных полей на расстоянии 3 кабельтовых параллельно берегу у Босфора, силами румынского минзага «Мурджеску» и восьми БДБ – три минных заграждения по 100 якорных мин ЕМС по параллели 41.15 с. ш. Южный вход в пролив предполагалось заминировать силами люфтваффе. До практического осуществления этого плана дело не дошло.
Если вражеские субмарины представляли собой главную угрозу для существовавшего участка коммуникаций вдоль кавказского побережья, то мины являлись основной причиной задержки открытия фарватеров до освобожденных портов Крыма и северо-западного района Черного моря. Накануне оставления любого более-менее крупного порта немцы успевали заминировать его акваторию неконтактными минами, выставляемыми с БДБ. В ряде случаев, как, например, при отступлении из устья Днепра, противник, кроме того, устанавливал на подходах к портам также заграждения из якорных мин. Точное количество выставленных мин не указано даже в немецких документах, приблизительный подсчет дает не менее 550 мин, в том числе около 450 неконтактных. О плотности заграждений говорила серия подрывов наших кораблей, имевшая место в апреле. Так, 7 апреля в устье Днепра погиб сейнер «Дельфин» с личным составом штаба 1-го гвардейского укрепрайона. 18 апреля при входе в порт Одесса затонули два минных катера Дунайской флотилии, а 19–20 апреля у Феодосии катер-тральщик и тендер. Также 20-го в гавани Николаева подорвался и ушел на дно колесный пароход «Труд».
22 апреля перед реорганизованной 1-й бригадой траления была поставлена задача очистить от мин подходы к Крыму. На первом этапе тральщикам надлежало обезопасить гавань Феодосии и Двуякорную бухту, а также протралить фарватер от Керченского пролива. При этом были уничтожены 224 якорных и одна неконтактная мины, а также 57 минных защитников. Интересно отметить, что еще 11 донных мин, установленных в феодосийском порту, были найдены и подняты водолазами уже после окончания войны. Ни одной мины при тралении не было обнаружено в гавани Ялты, где до того «разрядилась» немецкая БДБ F 572. По-видимому, при их подготовке на минном складе были допущены серьезные ошибки, так как обе извлеченные позже водолазами мины находились в небоеготовом состоянии.
22 мая Феодосия и Ялта были полностью открыты для приема кораблей, после чего главной задачей для 1-й бригады стало траление Севастополя и подходов к нему. Работы выполнялись в несколько этапов и по плану должны были завершиться к 1 ноября. Несмотря на сосредоточение в Севастополе лучших тралящих средств и кораблей со всего театра, результаты траления сложно оценить однозначно. Из более чем 100 донных мин, выставленных противником перед оставлением Севастополя и Балаклавы, с середины июня до начала октября электромагнитными тралами были вытралены лишь 10. Кроме того, два боеприпаса были подняты водолазами и один подорван глубинными бомбами. Для получения этого результата пришлось сбросить 1018 бомб. В ходе проведения работ на уже протраленных участках 16 августа подорвался катер-тральщик (затонул), 19 октября – буксир (получил повреждения), что характеризовало качество траления как не слишком высокое. Оно, по-видимому, было обусловлено тем, что бухту тралили петлевыми тралами, заведенными с берега и катерами-тральщиками. При этом катерные электромагнитные тралы КЭМТ-2 давали надежный результат лишь в районах моря с глубинами не более 12 м. С 15 октября к тралению Северной бухты и внешнего рейда приступил оснащенный комплектом импортных тралов БТЩ Т-407, которому до 1 ноября удалось уничтожить еще 30 донных мин – в два с лишним раза больше, чем всем тралбаржам и катерам-тральщикам 1-й бригады за предыдущие почти 4 месяца. В этой связи интересно отметить, что приказ об оснащении британскими тралами типа «ЛЛ» кораблей ЧФ был отдан наркомом ВМФ только 9 июня, и Т-407 являлся на момент траления Севастопольской бухты единственным на флоте электромагнитным тральщиком, обладавшим ими. С другой стороны, обе поднятые водолазами мины «ящичного типа» RMH (помимо них, в Севастопольской бухте ставились мины типа LMB, обладавшие гораздо большей надежностью) оказались в небоеготовом состоянии. Ненадежность мин RMH еще раз подтвердилась при водолазном обследовании Севастопольской бухты в 1951–1953 гг., когда на дне были обнаружены и уничтожены 24 такие мины и только две типа LMB. Это отчасти объясняет, почему столь массированная минная постановка при слабом качестве траления не имела соответствующего результата. К слову сказать, с учетом вышеприведенных данных, гипотеза о подрыве линкора «Новороссийск» на мине типа RMH в октябре 1955 г. выглядит совершенно невероятно.
Одновременно 2-я бригада траления, сформированная в конце апреля, очищала от мин Керченский пролив. Об объеме проделанной работы говорят следующие цифры: всего в 1944 г. в ходе траления в проливной зоне и в Азовском море было вытралено и уничтожено 617 мин и минных защитников. Продолжительные сроки траления – фактически до конца кампании – объяснялись плохим техническим состоянием тральных кораблей и хронической нехваткой топлива. Так, например, в течение июля для траления фарватеров на всем Черноморском театре было осуществлено 113 выходов тральщиков, что составляло лишь 20 % от потенциала тральных сил. Потери в районе Керченского пролива на минах с мая по сентябрь составили тендер и два катера-тральщика.
Наиболее драматическая ситуация с тралением сложилась в северо-западном районе Черного моря. Это объяснялось тем, что к моменту своего прибытия в Одессу Одесская ВМБ практически не располагала тралящими кораблями, а мобилизовать их на месте было затруднительно из-за того, что все портовые плавсредства были уведены либо уничтожены противником при отступлении. Выход был найден в мобилизации семи рыбачьих сейнеров и 16 ялов, которые были оснащены шлюпочными тралами. Их силами в апреле – июле было полностью уничтожено заграждение из 100 якорных мелкопоставленных мин перед устьем Днепра, что позволило практически без потерь перевести из Очакова в Одессу катера Дунайской флотилии. Из ее состава в распоряжение Одесской ВМБ было передано четыре полуглиссера и такое же число катеров-тральщиков, что позволило начать траление неконтактных мин. Одновременно дивизион катеров флотилии приступил к проделыванию фарватера Одесса – Цареградское гирло Днестровского лимана. 26 июня в составе Одесской ВМБ была сформирована 3-я бригада траления, включавшая один дивизион катеров-тральщиков, передаваемый из Дунайской флотилии, и два дивизиона катеров с электромагнитными тралами, которые должны были поступить от промышленности. Это оказалось весьма своевременным, поскольку в ночи на 5 и 8 июля немецкая авиация выставила несколько десятков неконтактных мин в устье Днепра в районе Очакова. К началу сентября траление было в основном завершено. В зоне ответственности Одесской ВМБ было уничтожено 344 якорных (в том числе 69 шлюпочными тралами) и 162 неконтактных (103 тралами, 57 контрвзрывами, две разоружено водолазами) мины, а также 41 минный защитник. При тралении погиб один речной тральщик, кроме того, 1 августа южнее Одессы подорвался и погиб торпедный катер.
