Наступило утро понедельника, и Кесада, собрав подписи двух других восставших капитанов под письмом с их требованиями, направил длинную лодку во главе с Кокой к флагману. В письме мятежники обвиняли Магеллана в нарушении королевских указаний заведением флотилии слишком далеко на юг, отказывались выполнять его приказы в качестве генерал-капитана экспедиции, признавали его лишь как старшего капитана в случае его согласия на немедленное возвращение в Испанию. Для Магеллана и его не столь многочисленных сторонников положение в эту лунную ночь складывалось чрезвычайно серьезно.
Проявляя удивительную выдержку, потрясающую находчивость и дерзкую смелость перед лицом крайней опасности, вместо того чтобы дать ответ на полученное требование, он организовал захват всех людей присланной лодки, переодел в их одежды своих сторонников, посадил их в нее и, привязав ее к длинному кабелю, стал дожидаться скорого прилива, который мог отнести лодку в нужный момент к восставшей «Виктории». Затем Магеллан отправил свою собственную лодку с группой вооруженных людей во главе с верным Эспиносой, который вез для Мендосы его приказ подчиниться и незамедлительно прибыть на флагман. В случае отказа выполнить приказ де Эспиноса должен был убить мятежного капитана. Узнав, что Магеллан написал ему свое личное письмо, как настаивал Эспиноса, для передачи в его собственные руки, Мендоса пригласил прибывшего и одного сопровождавшего его офицера к себе в каюту. Прочитав записку Магеллана, Мендоса скомкал ее, чтобы выбросить, и разразился презрительным хохотом в лицо Эспиносы. Эспиноса протянул вперед левую руку якобы взять отвергнутое письмо, но вместо этого резко схватил Мендосу за бороду и, отбросив назад его голову, нанес ему молниеносный смертельный удар кинжалом в горло. Офицер сопровождения в свою очередь ударил Мендосу еще раз ножом в голову.
Расправа с Мендосой произошла так быстро и тихо, что никто из членов экипажа ничего не заметил. Вслед за этим Эспиноса вышел на палубу и взмахом платка подал условленный сигнал своим переодетым людям во главе с Дуарте Барбозой, дожидавшимся его в лодке на привязи около флагмана. Удерживавший ее кабель с «Тринидада» был отпущен, и несомая волнами прилива лодка через несколько минут бесшумно пристала к борту «Виктории». Сидевшие в ней вооруженные люди быстро поднялись на борт каравеллы, а назначенный предварительно ее капитаном Барбоса отдал приказ немедленно поднять якоря и парус даже до того, как ее экипажу стало известно о гибели капитана Мендосы. Под легким ночным бризом «Виктория» направилась к выходу из бухты и встала в нем рядом с «Тринидадом» Магеллана, а вскоре к ним присоединился и остававшийся верным ему капитан Серрану на своем «Сантьяго».
Теперь на стороне генерал-капитана было уже три каравеллы, которые контролировали выход из бухты, где оставались запертыми «Консепсьон» под комадованием Кесады и «Сан-Антонио», захваченный у Мескиты Картахеной. Перепуганный неблагоприятной переменой положения Кесада решил вместе с «Сан-Антонио» под покровом темноты незаметно проскользнуть мимо трех стоявших на выходе из бухты каравелл и выйти в открытый океан. Но еще до того как Кесада отдал распоряжение приготовиться к отплытию, верный Магеллану моряк разрубил якорный кабель, и «Консепсьон» на волнах уже начавшегося отлива стала дрейфовать к выходу из бухты. Когда она поравнялась с флагманом, Магеллан, приготовившийся к этой встрече, приказал произвести по ее борту прямой пушечный удар, за которым на ее палубу посыпался целый дождь из стрел арбалетов и копий. Кесада в латах метался среди них по палубе своей каравеллы в отчаянии, но тщетно, призывая ее экипаж оказать сопротивление. Никто выручать его не решился и не захотел. Теперь Магеллан сам отправился со своими людьми в лодке на «Консепсьон», поднялся на нее и с обнаженным мечом заставил Кесаду сдать ему его парусник.
Кока и Кесада были быстро посажены на флагмане в кандалы, и дело оставалось за ликвидацией мятежа на «Сан-Антонио». Магеллан отправляет к нему лодку во главе с неутомимым Эспиносой, который по установленному порядку приветствовал его из нее от имени генерал-капитана и, раздавленный еще одним унизительным поражением Картахена заискивающе ответил ему лояльной утвержденной протоколом фразой. Тогда Эспиноса поднялся на борт и арестовал Картахену, находившегося в латах и в полном вооружении. С очень опасным мятежом было покончено ценой всего лишь одного раненного верного Магеллану человека.
На следующий день тело Мендосы было вынесено на берег и, согласно установленному порядку, под официальный клич «Предатель!» было подвергнуто четвертованию. Вслед за этим был проведен военно-полевой суд, который признал казненного Мендосу, Картахену, Коку, Элькано, Кесаду и слугу последнего Молину виновными в измене и приговорил их к смертному наказанию. Кесада был казнен его собственным слугой Молиной, за что тому была сохранена жизнь. Магеллан помиловал всех остальных приговоренных, заменив им смертную казнь на каторжные работы в течение всего зимнего пребывания в Сан-Хулиане, когда они, соединенные длинными цепями в одну команду, пилили дрова и откачивали воду на судах. Генерал-капитан снова пощадил от наказания Картахену, который, однако, и на этот раз не оправдал его доверия, опять занявшись вместе с одним из капелланов подстрекательством людей к мятежу. После очередного военно-полевого суда Картахена и его сообщник в рясе были признаны виновными в преступном деянии и приговорены к оставлению на береге.
Других мятежей в присутствии Магеллана на протяжении всей остальной части этой очень длительной и невероятно трудной экспедиции больше не возникало. Генерал-капитан проявил себя жестким, но справедливым руководителем и пользовался заслуженным авторитетом прежде всего у рядового состава как за эти качества, так и за его высочайшие знания навигации. Именно эти люди составляли ту основную опору, которая помогала ему бороться с мятежными капитанами его флотилии. Зная, что экипажи нельзя оставлять без дела, чтобы избежать их разложения в праздности на берегу, он все время занимал их ведением охоты и рыбной ловли, приготовлением одежды и продуктов из шкур и мяса местных животных, починкой корпусов судов и ремонтом их оснастки или разного рода полезными для всех другими делами.
Во время этой длительной стоянки в Сан-Хулиане Магеллан дал разрешение неутомимому и инициативному капитану Серрану в ответ на его просьбу отправиться на поиски провианта на юг и одновременно провести обследование побережья в поисках пролива на каравелле «Сантьяго». В ходе этой экспедиции 3 мая 1520 года во время неожиданно поднявшегося шторма «Сантьяго», стоявший на рейде недалеко от южного берега реки, названной Магелланом потом Санта-Крус, потерял якоря из-за порвавшихся от сильного ветра кабелей и был вынесен на прибрежную песчаную косу. Но через несколько дней потоки воды вынесли его снова в море, но он опять попал на мель, и на этот раз освободить его оказалось невозможно. Однако его груз несколько позже спасти все-таки удалось. После первой аварии два члена экипажа вызвались отправиться в Сан-Хулиан за помощью. Им пришлось использовать часть досок каравеллы для строительства лодки, без которой они не могли пересечь находившуюся на их пути реку, а затем по заснеженной пампе в течение 11 труднейших дней преодолевать пешком свыше 60 миль почти без еды и без какого-либо укрытия. Магеллан немедленно направил потерпевшим помощь, и после целого месяца страданий все люди были благополучно спасены. После этого инцидента в экспедиции осталось уже четыре судна.
