Через двести лиг пути после первого острова экспедиция повстречала второй, но он тоже оказался необитаемым и не мог принести облегчения измученным путешественникам. Оба острова поэтому были названы ими Несчастными. Далее Магеллан шел курсом на северо-запад и запад. Первую свою передышку экипажи получили только через 99 дней перехода, когда они достигли островов Гуам и Рота.
После столь долгих страданий и ожиданий передышки люди с чувством спасения и неописуемой радости нового открытия теперь уже на противоположной стороне Тихого океана смотрели на зеленые плодовые деревья и культивированные поля. Найдя подходящую бухту, парусники встали на якоря и тут же были окружены массой легких и проворных лодок местных жителей, которые моментально заполонили палубы каравелл и, захватив все, что попадалось им под руку, в том числе и длинную лодку флагмана, сбегали. Ослабленные хозяева судов ни словами, ни действиями не могли противостоять этому грабительскому налету и были вынуждены применить огнестрельное оружие, чтобы избавиться от непрошеных гостей, в результате чего погибло семь чаморрос. Теперь было необходимо в первую очередь обеспечить людей продуктами и вернуть столь нужную лодку перед лицом враждебно настроенных островитян. Магеллан решил отвести каравеллы подальше от берега, а с наступлением ночи атаковал прибрежную деревню, забрав достаточное количество риса, фруктов, овощей и питьевой воды для продолжения плавания. На следующий день генерал-капитан снова вывел экспедицию в океан и взял курс на юг. Это было 9 марта 1521 года.
Благодаря захваченным продуктам экипажи начали постепенно восстанавливаться, но единственному англичанину экспедиции эта помощь уже не помогла, и он через день пути умер, а на шестой день скорого плавания на горизонте показался новый крупный остров Сумар, который был частью большого архипелага, названного Магелланом в честь св. Лазаря, однако в 1542 году эти острова были переименованы в честь наследника испанского престола в Филиппины. Но около Сумара экспедиция задержалась всего на одну ночь, а затем дошла до еще более крупного острова Хомонхом, где европейцы вступили в первый контакт с местными жителями и получили дополнительные запасы воды и продуктов. Здесь каравеллы пробыли неделю, а прямо перед отплытием Антонио Пигафетга случайно упал за борт и, к своему счастью, так как он не умел плавать, успел схватить палубную веревку, за которую он держался, пока его не спасли.
Миновав несколько незначительных островов, Магеллан встал на якорь около острова Лимасава, где к «Тринидаду» почти сразу пристала небольшая лодка с несколькими туземцами. По приказу капитана его молуккский раб Энрике обратился к ним на своем родном языке, и они тут же поняли друг друга. Это знаменательное событие произошло 28 марта 1521 года и практически подтвердило собой теоретически давно утвердившееся мнение, что земля имеет форму шара! Честь такого исторического события тоже выпала на долю великого Магеллана. Здесь Магеллан установил прекрасные человеческие и деловые отношения с местным раджей, общение с которым легко осуществлялось через Энрике. 7 апреля экспедиция прибыла на остров Себу, где европейцам был оказан особенно радушный прием, а отношения с его правителем стали просто союзническими, о чем свидетельствовал также и переход последнего из мусульманства в христианство.
Для дальнейшего укрепления этих отношений Магеллан предложил местному султану оказать помощь в войне с его противником на острове Макатан. В результате высадки около 60 европейцев на берегу Макатана завязался неравный бой, в котором со стороны противника участвовало несколько тысяч человек. Ввиду плохого учета условий местности лодки европейцев с тяжелым вооружением, не имея возможности подойти ближе к берегу из-за мелей, не могли оказать помощь высадившимся воинам ни своими орудиями, ни быстрой эвакуацией перед лицом наседавших масс туземцев. Магеллан был в центре этой страшной бойни и привлекал к себе главное внимание воинов противника. По словам Пигафепты, этот неравный бой продолжался более целого часа, когда людям Магеллана пришлось отбиваться против многочисленных атакующих туземцев, стоя по колено или по пояс в воде. Генерал-капитан мог спастись, но он приказал большинству своих людей уходить к поодаль стоявшим лодкам, а сам прикрывал их отход. Сначала, отбиваясь от окружившей его толпы воинов, он получил ранение в руку, а затем в ногу и, упав лицом в воду, был буквально изрублен десятками туземцев. «Так, — с горечью писал Пигафетта, — они убили наше зерцало, наш свет, наше успокоение и нашего настоящего руководителя». Вместе с Магелланом погибло 8 его людей. Пигафетта получил ранение в лоб от ядовитой стрелы. Так нелепо погиб величайший мореплаватель и первооткрыватель Фердинанд Магеллан.
После гибели генерал-капитана во главе экспедиции были поставлены совместно Дуарте Барбоза и Жоау Серрану. Получивший по завещанию своего хозяина свободу раб Энрике вскоре предал своих европейских спутников, сообщив султану Себу, что они якобы готовили с ним расправу. Султан решил предотвратить «готовившееся нападение» и 1 мая устроил для испанцев большой прием, в ходе которого его люди напали на ничего не подозревавших гостей и перебили почти всех из 30 человек, кроме Эспиносы и Карвальу, которые покинули банкет раньше, подозревая что-то неладное. Среди погибших оказался и капитан Серрану, а нескольких оставшихся в живых европейцев султан продал в рабство в Китай.
После этой этой бойни Энрике исчез, а состав экипажей сократился до 110 человек. Три каравеллы сразу же ушли на остров Бохол, где экспедиция была реорганизована. Карвальу был назначен генерал-капитаном, а его место на «Тринидаде» занял Эспиноса. «Консепсьон» к этому времени уже была так сильно разъедена морскими червями, что было решено ее бросить, сняв с нее все, что можно было спасти. Капитаном «Виктории» вскоре стал Элькано, бывший до этого на ней вторым лицом. Отсюда две оставшиеся каравеллы отправились на Острова Пряностей для поиска драгоценного груза. С большими приключениями, в ходе которых был свергнут Карвальу, а экипажи занимались самым настоящим пиратством, эти острова, в том числе Тернате и Тидоре, были найдены и ценные специи загружены в трюмы каравелл. Теперь путешественники были готовы возвращаться в Европу.
В целях сохранения хотя бы части бесценного груза было решено, что «Виктория» отправится в Испанию вокруг мыса Доброй Надежды, а Эспиноса поведет «Тринидад» через Тихий океан к берегам Новой Испании, то есть в Мексику. Элькано вывел «Викторию» в обратный путь 21 декабря 1521 года с 47 членами экипажа и 13 туземцами. После девяти месяцев труднейшего плавания и приключений он привел ее в Испанию в составе 18 европейцев и 3 выживших туземцев. Пигафетта был в числе тех, кто остался в живых. Эспиноса отправился в плавание с 53 членами экипажа 6 апреля 1522 года, но с большими погодными трудностями, сопровождавшимися голодом и цингой, смог довести каравеллу только до Марианских островов, где трое его людей сбежали, не выдержав выпавших на их долю испытаний. Затем он был вынужден повернуть обратно на Тидоре, потеряв в пути еще 30 человек, умерших от цинги и других болезней. Не доходя до места возвращения, многострадальный «Тринидад» был захвачен в плен португальцами, которые довели его до этого острова, а затем полностью сняли с него все, что было можно, включая ценный груз, отправив почти всех оставшихся в живых членов команды в распоряжение вице-короля Португалии в Индии. Так завершилось самое длительное и сложное плавание в истории, открывшее пролив, носящий навечно имя его великого первопроходца, и впервые преодолевшее широчайшие пространства Тихого океана, одновременно доказав тем самым на практике, что Земля действительно имеет форму шара.
