Сторонник больших линейных флотов, Рожественский не постеснялся выступить против ратовавшего за крейсерскую войну прежнего командира, Н.М. Баранова. Он опубликовал в «Биржевых ведомостях» статью «Броненосцы и купцы?крейсера», в которой поставил под сомнение достоверность описания боя «Весты». В последующем это стало причиной для судебного разбирательства. Пять лет после скандального дела капитан?лейтенант работал членом комиссии Морских артиллерийских опытов, пока ему не предложили неожиданное назначение.
После образования независимой Болгарии при помощи России была создана небольшая болгарская флотилия; ядром личного и командного ее состава стали русские моряки, а командующим — капитан?лейтенант А.Е. Конкевич, который пытался развивать флот. Однако болгарский князь Александр Баттенбергский не жаловал русских. Летом 1883 года Конкевича арестовали по сфабрикованному делу, а Рожественского назначили «исправляющим должность начальника Флотилии и морской части Княжества и командиром княжеско?болгарской яхты „Александр I“„. 1 августа он вступил в командование. Из?за русско?болгарского конфликта ему пришлось 5 декабря уволиться с императорской службы. Опираясь на помощь России, несмотря на острую нехватку средств, капитан?лейтенант сделал немало для пополнения корабельного состава и обучения экипажей. Он полагал, что флотилия «…на первое время должна представлять собой наличие средств для обороны водных границ страны. Быть рассадником личного состава, приохоченного к морскому делу, образованного по разным его отраслям и способного с течением времени привести в народе сознание силы взяться за дело частного судоходства“. Со временем Болгария должна была развить отечественную морскую торговлю и создать флотилию, способную в военное время помогать сухопутным войскам. В 1884 году под руководством Рожественского впервые были разработаны документы по боевой подготовке и регламентации службы болгарских моряков. В кампанию 1885 года учеба развернулась полным ходом и давала первые плоды. По инициативе Рожественского были созданы военно?морской музей и морская библиотека. Однако после того, как Александр Баттенбергский высказал намерение вступить в конфликт с Турцией, 11 октября 1885 года все русские офицеры были отозваны из Болгарии. Рожественский, передав флотилию капитану С. Ванкову, вернулся в Россию. За службу его наградили болгарским орденом Святого Александра 1?й степени.
Офицер вернулся в Российский флот капитаном 2?го ранга, ибо чин капитан?лейтенанта был упразднен. В стране широко развертывали судостроение, но одновременно сокращали офицерский состав. В кампанию 1886 года Рожественский состоял флагманским артиллерийским офицером походного штаба практической эскадры Балтийского моря, которым командовал вице?адмирал К.П. Пилкин. Он участвовал в многочисленных учениях и 1 января 1887 года получил благодарность генерал?адмирала. Затем две кампании (1887–1888) моряк плавал старшим офицером броненосной батареи «Кремль», на которой готовили артиллеристов для всего флота. В январе 1887 года он направил в Главный морской штаб записку с предложением послать его на Средиземное море командиром группы из пяти миноносцев на случай войны России против Турции, Англии, Австро?Венгрии или Италии. Записку оставили без внимания.
1 января 1888 года Рожественскому пожаловали орден Святой Анны 2?й степени, в следующем году назначили старшим офицером броненосного фрегата «Герцог Эдинбургский», в 1890 году — старшим офицером клипера «Крейсер», на котором он служил в Тихом океане в 1890–1891 годах в эскадре вице?адмирала П.Н. Назимова и потом вернулся на Балтику. 27 мая 1891 года Рожественский представил свой корабль императору на рейде Кронштадта и получил монаршее благоволение. Остаток кампании он командовал канонерской лодкой «Грозящий».
31 октября 1891 года капитана 2?го ранга назначили морским агентом (атташе) в Лондоне. В этом качестве ему пришлось собирать сведения о британском флоте и судостроении, заказывать и принимать оборудование для флота, следить за деятельностью приемщиков и выполнять множество других обязанностей.
В 1894–1898 годах капитаном 1?го ранга З.П. Рожественский командовал крейсером «Владимир Мономах» и броненосцем береговой обороны «Первенец», в 1899 году стал начальником учебно?артиллерийского отряда Балтийского флота, усовершенствовал подготовку кадров и методы стрельбы. Энергичного моряка заметил Николай II. В 1902 году он зачислил его, уже получившего звание контр?адмирала, в свою свиту, а в 1903–1904 годах поручил ему исполнять обязанности начальника Главного морского штаба. В апреле 1904 года, после начала войны с Японией, флагмана назначили командовать 2?й Тихоокеанской эскадрой, которой предстояло усилить 1?ю эскадру в Порт?Артуре. Рожественский настаивал на обязательной отправке эскадры, и осенью та выступила. Уже после выхода из Либавы флагмана произвели в вице?адмиралы с назначением генерал?адъютантом и утверждением начальником Главного морского штаба.
В начале похода Рожественский был уверен в успехе своей миссии, несмотря на трудности передвижения неподготовленных кораблей. Но на Мадагаскаре, где собрались части 2?й Тихоокеанской эскадры, в декабре стало известно, что Порт?Артур пал. С ним погибла и эскадра. Рожественский полагал, что ставшее бессмысленным плавание отменят. Однако в январе он получил телеграмму. На эскадру возложили задачу овладеть морем, обещая подкрепить кораблями и броненосцами береговой обороны, остававшимися на Балтике. Рожественский ответил, что с наличными силами он не в состоянии овладеть морем, а устаревшие маломореходные суда только обременят эскадру; вице?адмирал намеревался прорываться во Владивосток с наиболее боеспособными силами. Известие о выходе 3?й Тихоокеанской эскадры контр?адмирала Н.И. Небогатова так поразило Рожественского, что он два дня не выходил из каюты и просил сменить его по болезни адмиралом Чухниным. Однако ни смены, ни отмены выхода Небогатова не было. В то же время длительная стоянка в жарком климате и тяжелый труд приводили к деморализации команды. Проведенные учения помогли устранить некоторые недостатки подготовки эскадры. Для более серьезных занятий не было практических (учебных) снарядов, а боевые следовало беречь.
2 марта Рожественский повел эскадру в море, решив не дожидаться «подкрепления». Вице?адмирал избрал кратчайший путь через Малаккский пролив. Японцев в пути не встретили, что ободрило команды. Появилась надежда, что прорыв удастся. Рожественский намеревался двигаться в стороне от портов, чтобы избежать получения иного приказа из России. Однако недостаток угля на броненосце «Император Александр III» заставил зайти в бухту Камрань для погрузки топлива. Эскадра стояла в бухтах Вьетнама до 1 мая, когда прибыла эскадра Небогатова и корабли догрузились углем. Рожественский смог продолжить движение. Он вновь решил прорываться кратчайшим путем, через Цусимский пролив. К этому времени адмирал Того собрал все силы на его пути.
Вице?адмирал понимал, что при существующих обстоятельствах бессилен добиться успеха и впереди ждет поражение. Он сделал, что мог: отправил в нейтральные порты лишние транспорты, выслал вспомогательные крейсеры к берегам Японии для отвлечения внимания противника, выдвинул вперед и на фланги крейсера для разведки. 13 мая Рожественский провел маневры эскадры, которые показали ее слабую сплаванность.
Ночь на 14 мая Рожественский провел на мостике и только к утру заснул, но ненадолго, появились японские крейсера?разведчики. До полудня все ограничивалось несколькими выстрелами по японским крейсерам, которые вскоре отошли. Но после обеда появились главные японские силы: 4 броненосца и 6 броненосных крейсеров. Неприятель располагал заметным превосходством. Против 125 пушек калибром 120–305 мм японцы имели 300 и могли давать 360 выстрелов в минуту против 139 русских. Преимущество у них было и в чувствительности взрывателей, и большей эффективности снарядов, разрушавших небронированные части кораблей и вызывавших пожары. Японцы обрушили всю мощь огня на флагманские корабли. В 14 часов 20 минут вышел из строя, перевернулся и затонул броненосец «Ослябя», а через несколько минут строй оставил пылающий флагманский корабль «Суворов». К этому времени флагман был ранен в голову, спину, правую ногу, но еще оказался способен направиться из окруженной пламенем боевой рубки в одну из башен. По пути он получил тяжелое ранение в ногу. В башню Рожественского внесли на руках, и он фактически потерял возможность руководить боем. После 17 часов, когда к борту броненосца приблизился эсминец «Буйный», вице?адмирала на него доставили на носилках. Вскоре Рожественский распорядился принять командование Небогатову и приказывал идти во Владивосток. С этого момента он оставался пассажиром.
