17 февраля, в пятницу перед масляницей, открылся собор; патриарх начал речь, объявил, что по смерти Феодора предложено было царство Ирине; когда та не согласилась, просили ее благословить брата, просили и самого Годунова; когда и он не согласился, отложили дело на 40 дней, до приезда выборных: «Теперь, — продолжал Иов, — вы бы о том великом деле нам и всему освященному собору мысль свою объявили и совет дали: кому на великом преславном государстве государем быть?» И, не дожидаясь ответа, продолжал: «А у меня, Иова патриарха, у митрополитов, архиепископов, епископов, архимандритов, игуменов и у всего освященного вселенского собора, у бояр, дворян, приказных и служилых, у всяких людей, у гостей и всех православных христиан, которые были на Москве, мысль и совет всех единодушно, что нам, мимо государя Бориса Федоровича, иного государя никого не искать и не хотеть». Тогда советные люди громко и как бы одними устами сказали: «Наш совет и желание одинаково с твоими, отца нашего, всего освященного собора, бояр, дворян и всех православных христиан, что неотложно бить челом государю Борису Федоровичу и, кроме его, на государство никого не искать». После этого началось на соборе исчисление прав Бориса на престол: Царь Иван Васильевич женил сына своего, царевича Феодора, на Ирине Федоровне Годуновой, и взяли ее, государыню, в свои царские палаты семи лет, и воспитывалась она в царских палатах до брака; Борис Федорович также при светлых царских очах был безотступно еще с несовершеннолетнего возраста, и от премудрого царского разума царственным чинам и достоянию навык. По смерти царевича Ивана Ивановича великий государь Борису Федоровичу говорил: божиими судьбами, a по моему греху, царевича не стало, и я в своей кручине не чаю себе долгого живота; так полагаю сына своего царевича Феодора и богом данную мне дочь царицу Ирину на бога, пречистую богородицу, великих чудотворцев и на тебя, Бориса; ты бы об их здоровье радел и ими промышлял; какова мне дочь царица Ирина, таков мне ты, Борис, в нашей милости ты все равно, как сын. На смертном одре царь Иван Васильевич, представляя в свидетельство духовника своего, архимандрита Феодосия, говорил Борису Федоровичу: тебе приказываю сына своего Феодора и дочь Ирину, соблюди их от всяких зол. Когда царь Феодор Иванович принял державу Российского царства, тогда Борис Федорович, помня приказ царя Ивана Васильевича, государское здоровье хранил, как зеницу ока, о царе Феодоре и царице Ирине попечение великое имел, государство их отовсюду оберегал с великим радением и попечением многим, своим премудрым разумом и бодро-опасным содержательством учинил их царскому имени во всем великую честь и похвалу, а великим их государствам многое пространство и расширение, окрестных прегордых царей послушными сотворил, победил прегордого царя крымского и непослушника короля шведского под государеву высокую десницу привел, города, которые были за Шведским королевством, взял; к нему, царскому шурину, цесарь христианский, салтан турецкий, шах персидский и короли из многих государств послов своих присылали со многою честию; все Российское царство он в тишине устроил, воинский чин в призрении и во многой милости, в строении учинил, все православное христианство в покое и тишине, бедных вдов и сирот в крепком заступлении, всем повинным пощада и неоскудные реки милосердия изливались, святая наша вера сияет во вселенной выше всех, как под небесем пресветлое солнце, и славно было государево и государынино имя от моря и до моря, от рек и до конец вселенной». В субботу 18 числа и в воскресенье 19 в Успенском соборе торжественно служили молебны, чтобы господь бог даровал православному христианству по его прошению государя царя Бориса Федоровича. В понедельник на маслянице, 20 февраля, после молебна патриарх с духовенством, боярами и всенародным множеством отправились в Новодевичий монастырь, где Борис жил вместе с сестрою; со слезами били челом, много молили и получили отказ; Годунов отвечал: «Как прежде я говорил, так и теперь говорю: не думайте, чтоб я помыслил на превысочайшую царскую степень такого великого и праведного царя». Православное христианство было в недоумении, в скорби многой, в плаче неутешном. Опять святейший патриарх созывает к себе всех православных христиан и советует устроить на другой день, во вторник, празднество пречистой богородице в Успенском соборе, также по всем церквам и монастырям, после чего с иконами и крестами идти в Новодевичий монастырь, пусть идут все с женами и грудными младенцами бить челом государыне Александре Федоровне и брату ее, Борису Федоровичу, чтоб показали милость. Тут же патриарх с духовенством приговорили тайно: если царица Александра Федоровна брата своего благословит и государь Борис Федорович будет царем, то простить его и разрешить в том, что он под клятвою и слезами говорило нежелании своем быть государем; если же опять царица и Борис Федорович откажут, то отлучить Бориса Федоровича от церкви и самим снять с себя святительские саны, сложить панагии, одеться в простые монашеские рясы и запретить службу по всем церквам.
21 февраля, во вторник, двинулся крестный ход в Новодевичий монастырь; к нему навстречу при звоне колоколов вынесли из монастыря икону смоленской богородицы, за иконою вышел Годунов. Подошед к иконе владимирской богородицы, он громко возопил со слезами: «О милосердая царица! Зачем такой подвиг сотворила, чудотворный свой образ воздвигла с честными крестами и со множеством иных образов? Пречистая богородица, помолись о мне и помилуй меня!» Долго лежал он пред образом и омочал землю слезами, потом приложился к другим иконам, подошел к патриарху и сказал ему: «Святейший отец и государь мой Иов патриарх! Зачем ты чудотворные иконы и честные кресты воздвигнул и такой многотрудный подвиг сотворил?» Патриарх отвечал ему, обливаясь слезами: «Не я этот подвиг сотворил, то пречистая богородица с своим предвечным младенцем и великими чудотворцами возлюбила тебя, изволила прийти и святую волю сына своего на тебе исполнить. Устыдись пришествия ее, повинись воле божией и ослушанием не наведи на себя праведного гнева господня». Годунов отвечал одними слезами. После этого Иов пошел в церковь, Годунов к сестре в келью, а бояре и весь народ вошли на монастырь, которые же не поместились на монастыре, те все стояли около ограды. После обедни патриарх со всем духовенством, в священных одеждах, с крестом и образами, пошли в келью к царице и били ей челом со слезами долго, стоя на коленах; с ними пошли бояре и все думные люди, а дворяне, приказные люди, гости и весь народ, стоя у кельи по всему монастырю и около монастыря, упали на землю и долго с плачем и рыданием вопили: «Благочестивая царица! Помилосердуй о нас, пощади, благослови и дай нам на царство брата своего Бориса Федоровича!» Царица долго была в недоумении, наконец заплакала и сказала: «Ради бога, пречистой богородицы и великих чудотворцев, ради воздвигнутия чудотворных образов, ради вашего подвига, многого вопля, рыдательного гласа и неутешного стенания даю вам своего единокровного брата, да будет вам государем царем». Годунов с тяжелым вздохом и со слезами сказал: «Это ли угодно твоему человеколюбию, владыко! И тебе, моей великой государыне, что такое великое бремя на меня возложила и предаешь меня на такой превысочайший царский престол, о котором и на разуме у меня не было? Бог свидетель и ты, великая государыня, что в мыслях у меня того никогда не было, я всегда при тебе хочу быть и святое, пресветлое, равноангельское лицо твое видеть». Александра отвечала ему: «Против воли божией кто может стоять? И ты бы безо всякого прекословия, повинуясь воле божией, был всему православному христианству государем». Тогда Годунов сказал: «Буди святая твоя воля, господи». Патриарх и все присутствовавшие пали на землю, воссылая благодарение богу, после чего отправились в церковь, где Иов благословил Бориса на все великие государства Российского царствия.
Так говорится об избрании Годунова в акте официальном, в утвержденной грамоте об этом избрании, составленной уже в августе 1598 года. Но до нас дошли другие известия, другие предания, записанные в памятниках неофициальных. Так, дошло до нас известие о желании бояр, чтобы Годунов целовал крест на ограничивающей его власть грамоте; Борис не хотел этого сделать, не хотел и отказать прямо и потому выжидал, чтобы простой народ принудил бояр выбрать его без договора, — отсюда и происходил его отказ принять престол. Шуйские, видя его упрямство, начали говорить, что неприлично более его упрашивать, а надобно приступить к избранию другого. Тогда-то патриарх и решился идти с крестным ходом в Новодевичий монастырь. Есть также известие, что Годунов, желая заставить Романовых забыть права свои на престол, дал старшему из них, Федору Никитичу, страшную клятву, что будет держать его, как брата и помощника, в деле государственного управления. Наконец, о торжественном молении, плаче и вопле народном в Новодевичьем монастыре сохранилось такое предание: «Народ неволею был пригнан приставами, нехотящих идти велено было и бить и заповедь положена: если кто не придет, на том по два рубли править на день. Приставы понуждали людей, чтоб с великим кричанием вопили и слезы точили. Смеху достойно! Как слезам быть, когда сердце дерзновения не имеет? Вместо слез глаза слюнями мочили. Те, которые пошли просить царицу в келью, наказали приставам: когда царица подойдет к окну, то они дадут им знак, и чтобы в ту же минуту весь народ падал на колена; нехотящих били без милости».
