Иоанн Васильевич послал на двор Никиты Романовича 200 стрельцов: они расхитили оружие, посуду, лошадей и все пожитки на 40 000 фунтов стерлингов. Никита Романович, кроме того, лишился всех своих поместьев, остался в такой бедности, что на другой день после разграбления послал в соседнее с ним английское подворье, близ церкви Максима Исповедника, просить бумажной ткани на одежду себе и детям.
Англичанин Иероним Горсея, бывший в то время в России, рассказывает, что Никита Романович не чуждался сближения с англичанами, и один из них, приказчик торгового дома, давал его сыну, Феодору Никитичу, уроки латинского языка; впоследствии этот Феодор был патриархом Российским. Умирая, грозный царь возвратил милость свою своему шурину по первой своей жене и назначил Никиту Романовича в числе четырех ближайших советников сыну своему царю Феодору Иоанновичу.
Со времени заключения Феодора Никитича царем Борисом в темницу в 1599 году и пострижения его с именем Филарета в Сийском монастыре Архангельской области дом Романовых, надо полагать, долго оставался без хозяина, и хотя потом Филарет Никитич был в Москве при самозванцах, но не на долгое время и, как монах, не жил в своем доме. По избрании Михаила Феодоровича на престол родовой дом был исправлен, и при нем уже тогда, как показывают росписи того времени, был там в Знаменской церкви протопоп Иаков с двумя священниками и другими лицами клира. В те времена степень протоиерейства, предполагавшая большой клир, была редка и показывает особенное внимание царя к старому своему дому.
В 1626 году, мая 3-го, пожар, опустошивший Москву, не пощадил и Государева двора; следствием его было расширение Варварской линии; но каменная палата на углу этой улицы и Псковского переулка оставлена на старом месте. Знаменский монастырь из домовой церкви бояр Романовых был основан в 1631 году, в год кончины матери царя Михаила, инокини Марфы Иоанновны.
В этот же год грамотою царя Знаменский монастырь был наделен родовыми царскими населенными имениями и угодьями, бывшими за инокинею Марфою Иоанновною.
В 1668 году, во время большого пожара, пострадал и Знаменский монастырь; по этому случаю игумен Арсений доносил царю Алексею Михайловичу: «Бьют челом богомольцы твои Знаменского монастыря, что на вашем Государеве старом дворе твое царское богомолие – монастырь выгорел со всеми монастырскими службами и с запасьем, на церквах кровли обгорели и ваше государское старинное строение – палаты – от ветхости и от огня развалились, а нам, богомольцам твоим убогим, ныне построить нечем; место скудное; погибаем вконец».
Но скоро нашлись богатые царские родственники Милославские, и их иждивением восстановлены старинные палаты и другие многие здания монастырские, и вместо бывшей деревянной ограды возведена новая, каменная. Монастырь обновился, но по слабости грунта все, от ограды до собора, было выстроено на дубовых сваях, и притом на косогоре, и потому долговечности не обещало.
В выходах государей находим, что в XVII веке Знаменская обитель часто принимала величественный вид; государь с боярами и патриарх со властьми бывали в монастыре на праздник у малой вечерни, всенощной и у обедни. Перед праздником на Сытном дворе наливалась в монастырь лампада воску. От монастыря в этот день подносились иконы Знамения Богородицы, со святою водою в вощанках, всем членам царской фамилии, патриарху и именитым боярам.
В царствование императора Петра Знаменский монастырь претерпел многие невзгоды; в это время слабость грунта и косогор оказали свое действие на каменные здания и ограду монастырскую. Крыши тоже разрушились. Вдобавок в 1704 году сюда поместили колодников и арестантов с солдатами, в кельях у задних ворот. Последние криком и прошением милостыни отгоняли богомольцев от монастыря; к довершению бед последовавший в 1720 году указ о каменных мостовых вконец разорил этот монастырь, окруженный со всех четырех сторон улицами; имея еще в городе за Москвою-рекою землю, он должен был вымостить более 500 квадратных сажен. Троицкий пожар 1737 года, испепеливший большую и лучшую часть Москвы, нанес также немалый вред монастырю.
Императрица Елисавета в 1743 году повелела исправить ветхости в монастыре и возобновить старинное жилище Романовых. В 1776 году профессор Чеботарев еще видел остатки «родительского дома фамилии Романовых». Позднее, для поддержания монастыря, «Романовская палата» отдавалась внаем разным лицам; здесь жили московский купец Иван Болховитинов, грек купец Метакса и затем другой нежинский грек Георгий Горголи. Последний кое-как починил палаты.
В год Отечественной войны в монастыре помещался французский провиантмейстер, бывший прежде в русской службе, и монастырь уцелел от огня и разрушения; по выходе французов здесь на время жил архиепископ Августин. Архив монастырских дел от основания монастыря до конца XVIII века во время 1812 года был заставлен в ризнице в углублении каменной стены неподвижными шкафами и сохранился тоже в целости.
После 1812 года монастырь кое-как поправили, но делать дальнейшие поправки в нем комиссия не допустила, потому что здание выступало за проектированную линию по Варваринской улице. В 1821 году архимандрит Аристарх входил с прошением к митрополиту Филарету, предполагая сломать палату Романовых и вместо нее построить новую, но разрешения на это не получил.
В 1858 году, по повелению императора Александра Николаевича, августа 31-го, начали возобновлять прародительскую палату бояр Романовых, находящуюся на углу монастыря по Варваринской улице и Псковской горе. На закладке при входе на паперть государя встретил митрополит Филарет, с напрестольным крестом в руке – вкладом матери царя Михаила, великой инокини Марфы. При митрополите стоял придворный протодиакон с кадилом патриарха Филарета Никитича. Под сению хоругвей оба иеромонаха держали в руках храмовой образ Знамения Богородицы, родовой бояр Романовых, царское моленье Михаила Феодоровича.
В приготовленное место для закладки государем и августейшей фамилией были положены новые и древние монеты, поднесенные членами комиссии по постройке. Так, И. Снегиревым были поданы на блюде серебряные и золотые монеты чекана 1856 года, в память коронования государя, – год, в который повелено возобновить Романовскую палату; А. Вельтманом – золотые и серебряные монеты 1858 года в свидетельство действительного начала работ для обновления этого древнего памятника; г. Кене – золотые и серебряные монеты времен царя Михаила Феодоровича в память того, что в означенном доме родился и возрос этот государь, первый из поколения Романовых; известным нашим археологом архитектором А. А. Мартыновым – серебряные монеты царствования Иоанна Грозного как свидетельство, что здание было построено при этом государе.
Возобновление палаты было окончено 22 августа 1859 года, и она освящена в этот же день в присутствии государя императора. Древняя боярская палата была построена в четыре этажа: первый, подвальный этаж, или так называемое в древности погребье с ледником и медушею; второй, нижний этаж, или
