Серьезные изменения претерпел и личный состав РККФ. Десятки тысяч кадровых моряков ушли на сухопутные фронты, партийную и советскую работу. В январе 1921 г. до 25 % рядового состава приходилось на молодежь, некомплект старшин достигал 35–57 %, а командные кадры почти на 80 % состояли из бывших офицеров, многие из которых продолжали занимать выжидательную, а в отдельных случаях даже враждебную позицию по отношению к советской власти.
По завершении Гражданской войны закономерно встал вопрос о путях дальнейшего строительства флота. В конце 1920 г. В. И. Ленину был представлен проект плана восстановления Балтийского флота, однако он его не утвердил. В ответной записке к председателю Всероссийского совета народного хозяйства А. И. Рыкову Ленин писал: «Не поставить ли вопрос о большем обращении материалов и технических средств Морского ведомства на нужды производства средств производства? К чему нам новые броненосцы и пр.? Ко двору ли теперь?» Тем не менее в январе – феврале 1921 г. штаб командующего Морскими силами А. В. Немитца подготовил проект Декрета Совнаркома о воссоздании морской силы РСФСР. Последний прошел технико-экономическую экспертизу и в основном был признан реальным. К 1926 г. на Балтийском, Северном, Черноморском и Каспийском театрах предполагалось иметь 6 линкоров, 9 плавбатарей (переделанные старые линкоры), 4 крейсера, 65 эсминцев, 56 подводных лодок, 16 канонерских лодок, 32 сторожевых корабля, 6 минных заградителей, 134 тральщика, 20 вооруженных судов типа «Эльпидифор», 90 торпедных катеров и т. д. Его разработка была приурочена к открытию X съезда РКП (б), на котором намечалось обсудить направления послевоенного развития Красной армии и РККФ. Однако открытие съезда совпало с началом Кронштадтского восстания (28 февраля – 18 марта 1921 г.). Кронштадтские события вызвали негативное отношение к флоту и недоверие к морякам среди многих партийных, государственных и военных руководителей. В результате проект Декрета на обсуждение X съезда даже не выносился. Вместо этого был взят курс на сокращение расходов на содержание флота и передачу его под контроль армейского командования.
В июле того же года была образована межведомственная комиссия по реорганизации флота. Ее деятельность контролировал лично В. И. Ленин. В записке, датированной 30 июля и адресованной председателю Реввоенсовета Л. Д. Троцкому, он писал: «Ликвидация Морского ведомства необходима. Комиссия при РВСР (Реввоенсовете республики. – Прим. авт.) по ликвидации Морского ведомства этот вопрос предрешила. Компетентные органы считают необходимым это дело ускорить». И требовал: «Прошу сделать соответствующее распоряжение и указать, какой срок вами назначен и кто является ответственным за проведение ликвидации». Уже 27 августа приказом РВСР была упразднена должность командующего Морскими силами республики, ликвидированы Штаб всех Морских сил, Морской генеральный штаб, все главные управления. Для обеспечения боевого и повседневного руководства флотом были учреждены должность помощника главнокомандующего по морским делам (помглавкомор) и Морской штаб республики. С 22 ноября должность помглавкомора занимал Э. С. Панцержанский. До ноября 1923 г. продолжал существовать Наркомат по морским делам, но его независимость от Наркомата по военным делам была чисто формальной, поскольку оба наркомата возглавлял Л. Д. Троцкий. В результате этих реорганизаций флот впервые за все время истории России перестал быть отдельным ведомством. Из его состава была выведена береговая оборона (в 1925 г. передана назад в РККФ), началась беспорядочная передача в народное хозяйство и другим ведомствам учреждений и имущества военных портов, составлявших основу системы базирования и флотского тыла.
Новые веяния коснулись не только органов управления, но и корабельного состава. Ознакомившись с судоремонтной программой на 1922 г., Ленин направил И. В. Сталину, занимавшему в то время должности члена Бюро ЦК РСДРП (б) и члена Реввоенсовета, записку следующего содержания: «Я думаю, что флот в теперешних размерах, хотя и является флотишкой, по справедливому замечанию г. Склянского, все же для нас непомерная роскошь. Крейсер «Нахимов» надо достроить, ибо мы его продадим с выгодой, а в остальном я убежден, что наши морские спецы все же увлекаются непомерно. Флот нам не нужен, а увеличение расходов на школы нужно до зарезу». Представляется, что в этот момент мотивы политической тактики перевесили в глазах Ленина соображения долгосрочной внешнеполитической стратегии и полноценного развития военной организации государства. До ликвидации флота дело, правда, так и не дошло, но ассигнования на судоремонтную программу были сокращены с 26 до 8 млн руб. Выделенные средства пошли на достройку эсминца и двух подводных лодок, капитальный ремонт линкора, четырех эсминцев, подводной лодки, пяти канонерских лодок, семи тральщиков и 15 вспомогательных судов. Это позволило поддержать в боеготовом состоянии ядро флота, на основе которого уже после смерти Ленина развернулась последующая работа по возрождению морской мощи. В то же время продолжавшиеся организационные преобразования свидетельствовали о стремлении высшего военно-политического руководства страны и далее осуществлять в отношении флота политику сокращения и экономии. В 1923 г. были ликвидированы Морские силы Северного моря, в 1926 г. – Морские силы Дальнего Востока. В 1924 г. должность помглавкомора была преобразована в должность начальника Морских сил СССР (наморси). С 9 декабря того же года ее занимал бывший комиссар Морских сил В. И. Зоф.
В 1921–1923 гг. боевая подготовка осуществлялась в составе сводных учебных отрядов, в которые включались все боеготовые на тот момент корабли на каждом из театров. В 1922 г. состоялись первые зарубежные визиты советских кораблей. В том же году на Балтийском море и в 1923 г. на Черном море впервые после окончания Гражданской войны проводились общефлотские маневры. В 1924 г. были сформированы постоянные соединения флота – на Балтийском море дивизия линкоров, бригады эсминцев, подводных лодок, траления и заграждения, на Черном море – отдельные дивизионы эсминцев, подводных лодок, тральщиков, сторожевых и минных катеров. С летней кампании 1924 г. подготовка сил флота стала строиться на плановой основе в три этапа: подготовительный, учебно-боевой и заключительный.
Одновременно были приняты меры по укреплению флота кадрами (в первую очередь партийными), при общем сокращении численности личного состава. Уже к 31 декабря 1921 г. личный состав РККФ сократился с 86,6 тыс. (на начало года) до 41,2 тыс. человек. Большую материальную, кадровую и политическую помощь флоту оказал его шеф – комсомол (шефство установлено V съездом РКСМ 16.10.1922). В ходе добровольных мобилизаций и плановых призывов на флот до 1928 г. пришло более 18,5 тыс. комсомольцев.
В начале 20-х гг. проводилась работа по обобщению опыта Первой мировой войны на море, а также уточнение роли и места флота в военной организации государства. Этому способствовали дискуссии: «Какой РСФСР нужен флот?» (в 1922), «Флот морской или флот воздушный» (в 1922–1923), содержание которых можно почерпнуть из работ М. С. Монакова.
Ставший в январе 1925 г. наркомом по военным и морским делам М. В. Фрунзе дал высокую оценку состоянию флота и перспективам его развития: «…Реввоенсовет твердо и незыблемо стоит на той точке зрения, что флот нам крайне необходим, что мы должны его развивать и дальше… В отношении боеспособности, в отношении улучшения командного состава нужно констатировать, что мы достигли многого, и эти наши достижения нужно развивать и двигать дальше». Вместе с тем после смерти Фрунзе и назначения наркомом по военным и морским делам К. Е. Ворошилова (ноябрь 1925), дискуссия о роли и месте флота в системе Вооруженных сил разгорелась с новой силой.
На основании собственного и зарубежного опыта военно-политическое руководство СССР пришло к выводу, что одним из решающих условий эффективного руководства ведением войны является единство военной доктрины и военной стратегии. Этот вывод лег в основу мероприятий по реформированию Вооруженных сил во второй половине 20-х гг. В целом правильная идея в тот период приобрела радикальные формы – группа влиятельных командиров во главе с начальником штаба РККА М. Н. Тухачевским призывала целиком передать руководство применением всех видов Вооруженных сил в руки армейского командования. Письменное оформление эти взгляды нашли в подготовленных в апреле 1926 г. штабом РККА «Соображениях по вопросу организации Морских Сил», которые шли вразрез с мнением моряков о необходимости сохранения ВМФ как самостоятельного вида Вооруженных сил. Борьба вокруг структуры и функций органов управления флотом завершилась тем, что 22 июля того же года был издан приказ РВС СССР, в соответствии с которым вместо ликвидируемого штаба РККФ создавалось Управление Военно-морских сил РККА. С 23 августа должность начальника управления и наморси занял видный политработник Р. А. Муклевич, никогда ранее на флоте не служивший. На УВМС РККА была возложена ответственность за боевую подготовку и материально-техническое обеспечение РККФ, комплектование и подготовку личного состава, контроль над реализацией планов строительства кораблей. Функции штаба РККФ перешли к Учебно-строевому управлению УВМС, которое возглавляли А. А. Тошаков и М. А. Петров (с августа 1928). Функции оперативного управления силами флота и планирование их развития и применения перешли к штабу РККА, в составе которого был сформирован морской (2-й) отдел. Фактически же наморси – начальнику УВМС приходилось решать и эти вопросы, поскольку специалисты морского отдела штаба РККА не являлись достаточно компетентными в данной области.
