законодательного собрания штата Нью-Йорк от республиканцев выбрали ДеВитта Клинтона, красивого и популярного мэра Нью-Йорка, своим республиканским кандидатом в президенты. Федералисты решили никого не выдвигать, а поддержать Клинтона без официального одобрения, опасаясь подорвать его поддержку республиканцев за пределами Нью-Йорка.
На выборах в ноябре 1812 года Клинтон победил во всех штатах морского побережья от Нью-Гэмпшира до Делавэра и части Мэриленда. Мэдисон победил во всех остальных, включая Пенсильванию, которая ещё больше утвердилась в роли ключевого штата республиканской партии. Открытие того, что федералисты поддерживали Клинтона, помогло Пенсильвании отдать предпочтение президенту. Мэдисон получил 128 голосов выборщиков против 89 у Клинтона, что было меньше, чем у президента в 1808 году. Республиканцы потеряли места в Конгрессе, особенно в Нью-Йорке, Массачусетсе и Нью-Гэмпшире. Федералисты захватили контроль над большинством штатов Новой Англии, а также над штатами Нью-Джерси, Мэриленд и Делавэр. Воспользовавшись неумелым ведением войны и пугающими новостями о жестоких беспорядках в Балтиморе летом 1812 года, федералисты добились самых значительных успехов на выборах с 1790-х годов. Федералисты ошибочно полагали, что судьба республиканцев угасает, а их судьба находится на подъёме.
Правительство пыталось оправиться от неудач 1812 года. Пока Британия удерживала американскую территорию и выигрывала войну, заставить бывшую родину смириться было невозможно. Необходимо было успешно вторгнуться в Канаду, а это означало, что вооружённые силы Соединённых Штатов должны были быть усилены и реформированы. Зимой 1812–1813 годов Мэдисон заменил военного секретаря Уильяма Юстиса на Джона Армстронга, жителя Нью-Йорка и руководителя сорвавшегося ньюбургского мятежа 1783 года (попытка некоторых офицеров Континентальной армии оказать давление на Конгресс), а военно-морского секретаря Пола Гамильтона — на Уильяма Джонса, филадельфийского торговца и бывшего конгрессмена. Конгресс наконец согласился с тем, что стране необходим флот, и в январе 1813 года проголосовал за строительство ещё шести фрегатов и четырёх линейных кораблей. Подталкиваемый Мэдисоном, конгресс также выделил дополнительно двадцать две тысячи регулярных войск и повысил жалованье солдатам, чтобы стимулировать призыв в армию. Он добавил штабных офицеров и улучшил порядок заказа и распределения припасов в армии. Под давлением военного времени конгрессмены-республиканцы были вынуждены отказаться от многих своих принципов.
От чего они не хотели отказываться, по крайней мере, легко, так это от своей традиционной оппозиции к любому виду внутреннего налогообложения. Но тут возникли проблемы. Если республиканцы хотели избежать введения внутренних налогов, им нужны были доходы от таможенных пошлин на импорт, большую часть которого составляли британские товары. Однако Закон о невмешательстве, который был частью военных действий, предположительно запрещал импорт британских товаров. Неимпорт не имеет смысла, заявил конгрессмен Лэнгдон Чевес, «ястреб войны» из Южной Каролины. «Это правда, — сказал он в декабре 1812 года, — это выбивает один глаз у вашего врага, но у вас выбивает оба. Она истощает кошелёк, истощает дух и парализует меч нации».
Хотя большинство республиканцев не соглашались с Чевсом и отказывались отказаться от оружия коммерческой дискриминации, они всё же не хотели прибегать к введению каких-либо внутренних налогов. Министр финансов Галлатин с самого начала призывал к введению внутренних налогов, что помогло спровоцировать наиболее радикальных республиканцев наклеить на него ярлык «Крыса в казначействе». Теперь, в начале 1813 года, Галлатин столкнулся с необходимостью оплачивать войну за счёт займов и выпуска казначейских векселей. Но брать займы оказалось непросто, особенно в условиях, когда федералисты Новой Англии стремились помешать любому кредитованию правительства. В марте 1813 года Галлатин сообщил президенту, что у правительства едва ли хватит средств на месяц. Но предложение о посредничестве России в конфликте, которое Соединённые Штаты с готовностью приняли, улучшило перспективы мира, и Галлатин смог получить от кредиторов достаточно денег, чтобы продержать правительство до конца 1813 года. Наконец, в июне 1813 года республиканцы достаточно сплотили свои сильно разделённые ряды, чтобы принять всеобъемлющий налоговый законопроект, включавший прямой налог на землю, пошлину на импортную соль и акцизные налоги на спиртные напитки, розничную торговлю, аукционные продажи, сахар, кареты и оборотную бумагу. Однако все эти налоги должны были вступить в силу только в начале 1814 года, что ещё раз показало, как выразился один конгрессмен из Вирджинии, что «все за то, чтобы обложить налогами всех, кроме себя и своих избирателей».
ПЛАН правительства США на кампанию 1813 года состоял в том, чтобы атаковать Кингстон, главную военно-морскую базу Великобритании на озере Онтарио, Йорк (современный Торонто), столицу Верхней Канады, а затем форт Джордж и форт Эри, контролировавшие реку Ниагара. Поскольку неудачи Америки в 1812 году во многом объяснялись контролем Британии над Великими озёрами, особенно Онтарио и Эри, правительство США было намерено переломить эту ситуацию. Считая, что Кингстон слишком сильно укреплён гарнизоном, генерал Дирборн и его военно-морской противник коммодор Айзек Чонси решили вместо этого атаковать Йорк и уничтожить там судоходство. В конце апреля 1813 года отряд из шестнадцатисот человек под командованием бригадного генерала Зебулона М. Пайка, исследователя, открывшего Пик Пайка в 1806 году, отплыл из Сакетс-Харбора, расположенного на восточном краю озера Онтарио, и атаковал Йорк на северо-западном краю озера. Американцы одолели защитников Йорка, насчитывавших всего шестьсот жителей, но понесли большие потери, включая генерала Пайка. Затем они принялись грабить и сжигать город, включая общественные здания, при поддержке недовольных британских подданных, пришедших из сельской местности. Когда американцы эвакуировались из города, они забрали с собой провизию и военные склады, а также 2500 фунтов стерлингов из государственной казны; они даже забрали несколько книг из библиотеки по подписке, большинство из которых вскоре были возвращены. (Но канадцы получили обратно правительственную булаву только в 1934 г.) В июле коммодор Чонси совершил ещё один разрушительный набег на Йорк, забрав то немногое, что осталось от государственной собственности. Британцы вспомнили о сожжении своей канадской столицы, когда в следующем году сожгли Вашингтон.
Американцы добились меньшего успеха в районе Ниагары. Взяв форт Джордж в мае 1813 года, американские войска не смогли продолжить свою первую победу, и британцы вскоре восстановили свои позиции. Ожесточённые бои продолжались до конца года, и в конце концов британцы вытеснили американцев из форта Джордж и форта Ниагара. К декабрю 1813 года американцы не только потеряли контроль над ниагарской границей, но и отстранили от командования генерала Дирборна, которого заменил печально известный генерал Джеймс Уилкинсон.
Хотя в 1813 году американцам не удалось установить контроль над озером Онтарио, их опыт на озере Эри был иным. Весной 1813 года Оливер Хазард Перри, двадцатисемилетний морской офицер из Род-Айленда, начал собирать флот из девяти кораблей в Преск-Айле (современный Эри, штат Пенсильвания), а в конце лета отправился в Пут-ин-Бей, расположенный у острова Саут-Басс
