Несёт личную моральную ответственность за низкую боеготовность и невыгодное распределение сил флота к началу войны с японцами. Во время войны проявил несостоятельность, а иногда и безалаберность, в решении вопросов по кругу обязанностей. Роль его в 1904–1905 гг., в основном, свелась к простому утверждению поспешных и недостаточно обоснованных решений. В частности, в январе-феврале 1904 г. Алексей Александрович под влиянием мнений А.А. Вирениуса, Ф.К. Авела-на и З.П. Рожественского отказался от немедленного движения на Дальний Восток подкреплений, а летом 1904 г. — под давлением министра иностранных дел — от крейсерской войны против Японии.
После Цусимской катастрофы Николай II был вынужден «уволить» Алексея Александровича от «управления флотом и Морским ведомством». В высочайшем рескрипте от 4 июня 1905 г. это снятие с должности было завуалировано личной просьбой, «искренней благодарностью», сохранением чинов и званий. Фальшивый тон рескрипта был вскоре пародирован в ходившем по Петербургу остром сатирическим рескрипте («самиздат») на имя балерины Е.Л. Баллета, которая «в продолжении 14 лет несла на себе всю тяжесть генерал-адмиральского тела возлюбленного дяди Нашего». В этой пародии содержался и намек на то, что туалеты и бриллианты своей подруги генерал-адмирал не стеснялся оплачивать из «отпускавшихся на флот средств». Но официальная и просто открытая печать по вполне понятным причинам, воздерживалась от любой критики «дяди Нашего», который скоропостижно скончался в Париже в 1908 г.
Управляющий Морским министерством, адмирал Павел Петрович Тыртов (1836–1903) — опытный моряк, который начал карьеру ещё во время Крымской войны 1853–1856 гг., блестяще окончил Морской кадетский корпус и командовал многими кораблями, а в 1891–1893 гг. эскадрой Тихого океана. Умер почти за год до начала войны с Японией, но своей деятельностью на посту управляющего министерством заложил те принципы строительства и дислокации Флота, которые роковым образом сказались в ходе боевых действий.
Управляющий Морским министерством, адмирал Федор Карлович Авелан (1839–1915) — также опытный моряк, в 1878–1890 гг. командовал пятью кораблями 1-2-го рангов, в 1893–1894 гг. начальник эскадры Средиземного моря, сыгравшей большую роль в русско-французском сближении. В 1896–1903 гг. — начальник Главного морского штаба. Имел солидную представительную внешность, пользовался уважением генерал-адмирала и императора, поддерживал С.О. Макарова, с которым его связывали дружеские отношения. На высших должностях, однако, не проявил должных компетентности и самостоятельности, действуя в рамках ранее утверждённых, иногда коллегиальных решений. Испытывал влияние более и волевых энергичных флагманов (С.О. Макаров, В.П. Верховской, З.П. Рожественский). Во время войны фактически оказался в тени и обнаружил неспособность положительно влиять на действия флота. После Цусимы уволен от должности.
Наместник императора на Дальнем Востоке и главнокомандующий всеми вооруженными силами, действующими против Японии, адмирал Евгений Иванович Алексеев (1843–1916) — в обществе считался внебрачным сыном наследника престола Александра Николаевича — впоследствии императора Александра II, следовательно, братом генерал-адмирала и дядей Николая II. Воспитанник Морского кадетского корпуса, получил несколько чинов «за отличие», командовал крейсерами «Африка» (с 1878 г.) «Адмирал Корнилов», участник нескольких дальних, в том числе кругосветного, плаваний, был военно-морским агентом во Франции. В 1895–1897 гг. — начальник эскадры Тихого океана. С 1899 г. в должности главного начальника и командующего войсками Квантунской области и Морскими силами Тихого океана (с 1903 г. — наместника, а с 1904 г. — и главнокомандующего) фактически являлся «первым лицом» во всех событиях на Дальнем Востоке. Лично руководил действиями Армии и Флота в войне с Китаем 1900–1901 гг. Его заслуги в этой войне, в частности, были отмечены золотой саблей с надписью «Таку, Тянь-Цзынь, Пекин 1900 г.».
Отличался здравым смыслом и волевым характером, стоял на страже интересов императора и России, престиж которой ставил очень высоко. С должным подозрением и недоверием относился к германской морской политике и внимательно следил за военными приготовлениями Японии.
Образ жизни и манеры поведения Е.И. Алексеева на Дальнем Востоке напоминали европейский двор средней руки. С подчинёнными, правда не со всеми, держался высокомерно, мог вспылить и накричать (многие командиры его боялись), а иногда и припомнить «проступки» против его особы. Старался иногда избавиться от «слишком самостоятельных» (Я.А. Гильтебрант), и нёс моральную ответственность за назначение накануне войны начальником эскадры бесцветного О.В. Старка, во всём послушного его воле. В то же время, был против учреждения наместничества, и ещё до войны просил о назначении полномочных командующих армии и флотом на Дальнем Востоке. Реально оценивал угрозу внезапного нападения японцев и был сторонником упреждающего удара, но при этом оказался ограниченным в средствах и полномочиях, а потом и дезориентированным Петербургом (Николаем II, генерал-адмиралом, министром иностранных дел). Во время войны проявил стремление вмешиваться в распоряжения ближайших подчинённых и на этой почве несколько конфликтовал с любившими самостоятельность генералом от инфантерии А.Н. Куропаткиным и вице-адмиралом С.О. Макаровым. Однако он же и поддерживал все достаточно обоснованные планы и предложения последних.
Некоторое время после гибели С.О. Макарова лично командовал флотом, правда, в море не выходил, ожидая окончания исправления половины (трёх из шести) своих линейных кораблей. Отъезд Е.И. Алексеева из Порт-Артура, по мнению очевидцев, напоминал бегство. Однако, следует признать, что как главнокомандующий он поступил мудро, не желая оставаться без связи в осаждённой крепости. Настойчиво требовал от А.Н. Куропаткина и контр-адмирала В.К. Витгефта, которому вверил судьбу флота в Порт-Артуре, активных действий против японцев. Оба командующих, к сожалению, не оказались на высоте положения, и упустили представлявшиеся им возможности. После наступившего кризиса в войне выехал в Санкт-Петербург, и был отмечен в числе очень немногих участников войны орденом Св. Георгия 3-й степени. В 1905 г. назначен членом Государственного Совета.
Известно, что Николай II очень высоко ценил Е.И. Алексеева даже после окончания войны, хотя адмирал стал объектом критики в печати, а в советской историографии был объявлен одним из главных виновников поражения.
Командующий флотом в Тихом океане вице-адмирал Степан Осипович Макаров (1848–1904) — выдающийся флагман рубежа XIX–XX столетий, подобно французскому адмиралу Фурнье, германскому Тирпицу, английскому Фишеру и японским Ита и Того, имел мировую известность и признание. Воспитанник Морского училища в Николаевске-на-Амуре и адмиралов А.А. Попова, И.А. Ендогурова, П.В. Казакевича, Ф.С. Керна и Г.И. Бутакова, герой русско-турецкой войны 1877–1878 гг., благодаря своим личным заслугам и достоинствам, сделал необычайно быструю карьеру и обогнал по службе не только ровесников, но значительно более старших офицеров, многие из которых были у него в подчинении. С 1876 г. самостоятельно командовал кораблями, с 1894 г. — эскадрами. Единственный из наших флагманов, который стремился проводить боевую подготовку, исходя из возможных условий действительного боя и свойств техники и оружия. Считал необходимым базировать практику плаваний и учений флота на прочной теоретической основе, создал ряд оригинальных научных трудов в области тактики, наиболее важными из которых были «Рассуждения по вопросам морской тактики» (1897). Имел значительный флагманский опыт — младшим флагманом Практической эскадры Балтийского моря (1894) и Соединенных эскадр (фактически — флота) в Тихом океане (1895), начальником эскадры Средиземного моря (1894–1895), начальником эскадры Балтийского моря (фактически — боевой частью Балтийского флота — в 1896 и 1898 гг.). Однако, в силу сложившейся практики цензового прохождения службы не смог создать передовой школы морской и тактической выучки. Поэтому понятие «ученик Макарова» является несколько условным, хотя адмирал лично знал в деле многих офицеров флота, а некоторых, действительно, воспитал сам и ставил очень высоко (К.Ф. Шульц, М.П. Васильев).
С.О. Макаров имел широкие научные интересы и добился результатов мирового уровня в океанологии, исследованиях непотопляемости, полярных льдов и т. п. В то же время он отличался увлекающейся натурой, которая постоянно «уводила» его в сторону от флотских вопросов или заставляла с редким упорством отстаивать свои же сомнительные идеи («безбронные суда»). Обладал энергичным «беспокойным» характером, иногда бывал вспыльчив, но практически никогда не наказывал подчинённых, сам стремясь исправить их ошибки.
