После нахождения пропавших соотечественников флотилия белопарусных каравелл, подгоняемая легким попутным бризом, наполненным пахучими тропическими ароматами близлежащих островов, продолжила свое плавание в изумрудных и в ту пору безмятежных водах, открывая их один за другим. Эта часть путешествия была скорее похожа на красивый туристский круиз, чем на многотрудную и далеко небезопасную работу, связанную с морским переходом. Вскоре перед путешественниками появился следующий остров. Колумб, будучи особенно привержен культу Девы Марии, назвал его и два последовавших за ним острова в ее честь: Санта-Мария-де-Монтесеррате — по названию большого монастыря недалеко от Барселоны и теперешний Монтесеррат в его английском звучании, совсем крошечный и оставшийся ненаселенным Санта-Мария-ла Редонда и Санта-Мария-ла Антигуа. Потом возникли и другие острова: Сейнт-Мартин; Сан-Кристофоро, сокращенный впоследствии англичанами в сегодняшний Сейнт Кит; Санта-Мария де-Ниевес, ставший Невисом; Санта-Крус, офранцуженный в Сэн-Круа. На некоторых из них Колумб даже не останавливался. Потом вдруг перед взорами испанцев за одной из выросших на горизонте округленных островных вершин появилось целое множество ее родственников, которым Адмирал присвоил одно объединяющее их название Одиннадцать Тысяч Девственниц — героинь одной из средневековых легенд. Некоторые из них были обследованы в течение 3—4 дней, а два самые крупные удостоились чести получить от Колумба собственные отдельные имена — Сан-Хуан и Сан-Томас, ставшие гораздо позднее американскими Вирджинскими островами Сейнт-Джон и Сейнт-Томас вместе с Сейнт-Крой, успевшим до этого быть Санта-Крус и Сэн-Круа
Утром 18 ноября флотилия отплыла от Сан-Томаса на север и в тот же день увидела новый остров, который Адмирал назвал Грациоза по имени доброй матери друга своей юности, которая щедро помогала ему в его бедности. Но это название не уцелело и со временем было заменено на прозаическое Вьекес, ставший частью Пуэрто-Рико. Именно к этому острову — самому крупному из всех, что были уже открыты в этом плавании, который местные жители называли Борикен, а Колумб переименовал в честь Святого Иоанна Крестителя, назвав его Сан-Хуан, и направились теперь его каравеллы. Однако южная часть острова оказалась скалистой, а достигнутая после обхода его юго-западной оконечности западная сторона на длительном расстоянии была ограждена опасными рифами, что заставило флотилию долго искать надежного подхода к берегу, который и был найден в заливе Аняско, куда впадала одноименная река. Остров был довольно густо населен, но контакта с индейцами в этот раз испанцам установить не удалось, так как напуганные постоянными нашествиями жестоких карибов местные жители растворились в густых тропических зарослях острова еще при обнаружении страшных судов неизвестных пришельцев.
Завершив первое ознакомление с новым островом, Колумб направил каравеллы через узкий пролив Мона и к вечеру 22 ноября высадился на восточном берегу уже знакомой Эспаньолы. Побывавшие в цивилизованной Испании индейцы с ликованием встретили возвращение в родные края. Один из них был почти у себя дома и показал Адмиралу путь к своей деревне, где его высадили, щедро снабдив мелкими подарками для соплеменников, которые уже на следующий день вели бойкую торговлю-обмен с прибывшими испанцами. Колумб спешил поскорее встретиться с оставленными им почти год назад жителями поселка Навидад и теперь уже знакомым ему берегом повел флотилию к заливу Караколь, прохода к которому она достигла к вечеру 27 ноября. Помня урок разбившейся ночью в тех водах первой «Санта-Марии», Адмирал поставил каравеллы на якорь на подступах к бухте в ожидании утра.
Чтобы дать знать о своем прибытии жителям поселка, он приказал запустить световые ракеты и сделать пушечные выстрелы. Однако никакой реакции из Навидад на эти сигналы не последовало. Совсем поздно вечером к капитане приблизилось каноэ с индейцами, которые криками стали вызывать Адмирала. Когда он появился на палубе, они передали ему подарки от его друга Гуаканагари и заверили его, что за исключением нескольких умерших все жители Навидад были живы и здоровы. Однако в личной беседе с ними индеец-переводчик Диего смог выведать столь страшную правду об их судьбе, что испанцы вначале не могли в нее поверить.
Как оказалось, после отбытия Колумба в Испанию двое из назначенных им руководителей общины Навидад организовали оставшихся людей в банды, которые прочесывали территорию Эспаньолы в поисках золота и женщин, вызывая недовольство и возмущение, а затем и сопротивление индейцев, которые до этого обеспечивали испанцев всем необходимым, передавая им в том числе и имевшееся у них золото. Особенно много неприятностей они доставили вождю Каонабо, племя которого проживало в центре острова. Доведенный до отчаянья бесчинствами испанцев, он во главе своих воинов сначала уничтожил мародерствующую банду королевского представителя Гутьереса, а затем напал на Навидад, где оставалось всего 10 человек для охраны укрепленного форта. Здесь испанцы были легко разгромлены, а те из них, кому удалось выбраться в окружающие заросли, были найдены и уничтожены. Этим самым было положено начало большим проблемам между невинными местными жителями и хищными пришельцами, что радикальным образом изменило положение на острове.
Рассчитывая по-прежнему на расположение к нему касике Гуакагарани, Колумб в первом порыве хотел приступить к восстановлению поселка Навидад. Однако врач экспедиции, познакомившись с местностью, сразу же высказал свои возражения, так как установил ее опасный малярийный характер и плохое качество питьевой воды ее источников. Кроме того, поселок оказывался расположенным далеко от главного обнаруженного района добычи золота. С учетом этих соображений Адмирал решил найти более благоприятное место для нового поселения, где готовились жить 2—3 сотни колонистов. Каравеллы снялись с якоря и направились вдоль берега Эспаньолы на восток. После почти месяца чрезвычайно трудного плавания против сильного встречного ветра и течения и пройдя всего 32 мили, утомленные экипажи и колонисты, потерявшие значительную часть привезенных из Испании домашних животных, наконец вошли в несколько защищенную бухту. Здесь Колумб довольно спешно принял решение основать новое поселение, назвав его в честь своей королевы «Изабелла».
Но совершенный без взвешенного обдумывания выбор и этого места оказался неудачным: гавань была открыта лишь на север и запад, не предоставляя необходимых портовых условий для кораблей, а источников питьевой воды для более чем целой тысячи человек явно не хватало. Потеряв практически месяц на поиски нового места для колонистов, в ходе которых было перерасходовано много продовольствия, погибло много ценных для организации хозяйственной жизни поселенцев домашних животных, не говоря уже об упущенных возможностях для сбора золота и продолжения открытий, в своем стремлении как можно быстрее приступить к выполнению важных запланированных дел, Колумб теперь действовал второпях. Ему хотелось также как можно раньше отправить большую часть судов с собранным золотом для короны, чтобы оправдать свои большие обещания на этот счет, одновременно сократить потребление быстро убывавших привезенных запасов продуктов и запросить их пополнение из Испании. Результаты ряда таких неудачных решений Адмирала не преминули сказаться довольно быстро.
