Уже в царствование Екатерины II в конце 1768 г. Турция вновь объявила войну России. В 1769 г. Адмиралтейств- коллегия предписала контр-адмиралу Алексею Наумовичу Сенявину (впоследствии адмирал), сыну Наума Акимовича, возглавить Донскую экспедицию и начать строительство на донских верфях гребно-парусных судов для ведения боевых действий на Азовском море. Одновременно с этим он был произведен в вице-адмиралы.
Учитывая, что новые суда строились на реках, они по конструкции и размерам отличались от всех существовавших тогда классов боевых кораблей и их назвали «новоизобретенные корабли». При осадке не более 9 футов (2,75 м) эти почти плоскодонные двухмачтовые суда имели длину до 100 футов (30,5 м) и ширину до 28 футов (8,5 м). Они вооружались довольно сильной артиллерией: от 12 до 16 пушек среднего калибра.
17 мая 1771 г. вновь построенные на донских верфях суда: трехмачтовый 16-пушечный корабль, 9 двухмачтовых 16- и 14-пушечных «новоизобретенных» кораблей, 5 20-пушечных прамов (плавучих батарей), два бомбардирских корабля, дубель-шлюпка и палубный бот сосредоточились на рейде Таганрога. Вице-адмирал А. Н. Сенявин, отдав приказ о начале компании, поднял флаг на корабле «Хотин», названном в честь взятой русскими войсками крепости в верховьях Днестра. Эти корабли и составили ядро возрожденной Азовской флотилии, которая с успехом действовала в войне против Турции. Так что то, что не успел завершить отец вице-адмирал Н. А. Сенявин, успешно довел до конца его сын вице-адмирал А. Н. Сенявин.
Боевые действия флотилия начала летом 1771 г. Корабли должны были оказать поддержку русским сухопутным войскам, переправлявшимся в Крым в районе Арабата у Геническа, а затем занявшим весь Крымский полуостров. Своим внезапным появлением в Керченском проливе флотилия предотвратила прорыв большого количества турецких судов в Азовское море с целью высадки десанта в тылу у русских войск и вынудила их отойти под прикрытие пушек крепости Еникале.
В связи с тем, что значительная часть Крымской армии направилась на главный театр военных действий в Молдавию и Валахию, кораблям Азовской флотилии была поручена защита побережья. Они крейсировали вдоль южного берега Крыма, чтобы не допустить высадки турецкого десанта.
В 1772–1773 гг. строительство кораблей на верфях бассейна Дона для пополнения Азовской флотилии продолжилось. Всего за 5 лет было построено свыше 130 судов, в том числе 30 крупных. Вскоре из кораблей флотилии была создана Черноморская эскадра. Весной 1773 г. возглавлявший ее вице–адмирал А. Н. Сенявин смог вывести в море 9 гребно–парусных «новоизобретенных кораблей», 2 бомбардирских корабля, 6 фрегатов и до 16 ботов, галиотов и транспортов.
Два отряда эскадры А. Н. Сенявина под начальством капитана 1-го ранга Якова Филипповича Сухотина и капитана 2-го ранга Иоганна Генриха Кинсбергена крейсировали около берегов Крыма, чтобы не допустить высадки на них турецких десантов, а третий, под начальством самого Сенявина, охранял Керченский пролив и конвоировал транспорты, шедшие с грузами для Крымской армии.
В морских боях особо отличился И. Г. Кинсберген, голландец, в 1771 г. принятый в российский флот в чине капитан–лейтенанта. 23 июня 1773 г., находясь близ Балаклавы и возглавляя отряд из двух «новоизобретенных» кораблей, усмотрел идущие к Крымскому берегу три 52 пушечных неприятельских корабля и 25 пушечную шебеку. Несмотря на явное неравенство сил, он решительно атаковал турок и после шестичасового упорного боя заставил их отступить.
Кинсберген опять отличился, когда 23 августа с отрядом из трех «новоизобретенных» кораблей, фрегата, бота и брандера (судно, загруженное горючими материалами и предназначавшееся для сожжения неприятельских кораблей) встретил у абхазского берега близ Суджук–Кале (теперь Новороссийск) турецкую эскадру из 18 кораблей. Он атаковал 10 передовых неприятельских кораблей (3 линейных корабля, 4 фрегата, 3 шебеки), сопровождавших транспорты с десантом в 6 тысяч воинов, и после двухчасового боя заставил турок отступить. Встретив столь решительный отпор, турки отказались от попыток высадить десант.
Любопытно, что Кинсберген был не только храбрым и решительным, но и ученым моряком. Его труд «Начальные основания морской тактики», переведенный в 1791 г. на русский язык, долгие годы являлся основным учебником по тактике в Морском корпусе в Петербурге.
Не менее решительно и успешно действовал отряд кораблей Я. Ф. Сухотина, которым у устья Кубани была одержана впечатляющая победа над турецким отрядом из 6 кораблей. Черноморская эскадра решительно пресекла попытки турок прорваться в Азовское море. 24 июня 1774 г. турецкая эскадра в составе 31 корабля, стремясь прорваться в Азовское море, атаковала русскую эскадру из 11 судов (в том числе два небольших бота), стоявшую в Керченском проливе под начальством вице–адмирала А. Н. Сенявина. Энергичный и меткий огонь русских кораблей заставил турок отступить и уйти в море.
Осенью 1770 г., после того как армия фельдмаршала Петра Александровича Румянцева–Задунайского заняла Молдавию и Валахию и вышла к берегам Дуная, для работы в устьях и нижних течениях Днепра, Днестра, Дуная и их притоков были организованы из морских чинов первые промерные гидрографические партии. В то же году под руководством Ивана Ивановича Нагаткина была проведена опись устьев Днепра, Днестра и Дуная.
Строительство кораблей для создаваемой Дунайской флотилии было поручено адмиралу Чарльсу Ноульсу. Весной 1771 г. под его руководством начались работы по ремонту захваченных турецких судов и постройке новых. К лету 1771 г. Дунайская флотилия имела в своем составе 7 галер, 5 галиотов и 20 мелких судов. В 1772 г. на воду спустили несколько новых шхун. С весны 1772 г. эти корабли охраняли устье Дуная и выходили в море для несения дозора и ведения разведки в прибрежных районах моря.
В войне с Турцией русские войска одержали ряд блестящих побед, заставивших турок после упорного сопротивления согласиться на мир, заключенный в 1774 г. в Кючук–Кайнарджи. По этому договору к России перешли земли между Днепром и Южным Бугом, часть азовского побережья, Кабарда, а также крепости Керчь, Еникале, Кинбурн. Крымское ханство было признано независимым от Турции. Важнейшим результатом Русско–турецкой войны 1768–1774 гг., закрепленным в Кючук- Кайнарджийском договоре, было приобретение Россией выхода к Черному морю и право беспрепятственного прохода русских торговых кораблей через черноморские проливы Босфор и Дарданеллы.
Мелководность Дона и его притоков, где строились корабли для Азовской военной флотилии, и малые глубины Таганрогского залива не позволяли начать там постройку крупных боевых кораблей, таких как многопушечные линейные корабли и большие фрегаты. Императрице Екатерине II и ее сподвижникам было ясно, что без таких кораблей Россия не сможет прочно утвердиться на Черном море, не сможет обеспечить свободу мореплавания в нем для своих торговых судов. Только сильный черноморский флот мог обеспечить государственные интересы Российской империи эпохи Екатерины II на этом море.
В декабре 1775 г. Адмиралтейств–коллегии высочайшим указом императрицы был предписан план создания морских сил на Черном море при строительстве кораблей на новой верфи, которую необходимо было разместить в низовьях Днепра или в Днепро–Бугском лимане. Предполагалось выбрать там подходящее место и соорудить военный порт, гавань и верфь, на которой построить не менее 20 «военных больших судов» с «надобными для них мелкими». Гавань военного порта в лимане должна была обеспечить безопасную стоянку и необходимое обслуживание всех крупных и мелких судов флота.
Место для порта и верфи было выбрано в 1778 г. в 30 км выше устья Днепра близ Александровской крепости. Новый город и порт назвали Херсоном. В мае 1778 г. все намеченное строительство отдавалось на попечение крупного государственного деятеля эпохи Екатерины II Екатеринославского и Таврического губернатора князя Григория Александровича Потемкина.
Для руководства постройкой нового города, верфи и эллингов на ней Адмиралтейств–коллегия направила на новую верфь своего представителя генерал–цехмейстера (главного флотского артиллериста) и флота генерал–поручика Ивана Абрамовича Ганнибала (1730–1801), дед Александра Сергеевича Пушкина). Он приступил к сооружению эллингов под корабли, для которых уже заготавливался лес вдоль Днепра в районе Могилева. Из‑за нехватки работников, в особенности опытных плотников, к концу весны 1779 г. полностью готов был только один эллинг, в котором по повелению князя Г. А. Потемкина 26 мая заложили первый 60 пушечный корабль, названный в честь императрицы «Святая Екатерина».
Осенью того же года из Керчи в Днепровский лиман пришли пять 32 пушечных фрегатов и два бота, которые зимовали около Глубокой Пристани. Там к тому времени уже были построены дом для офицеров, несколько землянок и мазанок для матросов и сараев для хранения судового оборудования и судовых вещей.
