Являясь прекрасным методистом и педагогом, профессор Фархварсон подготовил многих специалистов, в коих так нуждались тогда Россия и ее военно-морской флот. До 1715 года он выпустил 50 первых русских навигаторов, часть из которых прошла практическую стажировку в Англии.
Согласно именному Государеву указу Навигацкой школе следовало состоять в ведении Оружейной палаты, у боярина Ф.А. Головина, одного из приближенных царя Петра. Вначале его деятельность, главным образом, всецело посвящалась флоту. Он нанимал иностранцев на русскую службу, обеспечивал и контролировал строительство морских судов, был назначен начальником вновь образованного Воинского морского приказа. Если Оружейная палата была в 1547-1711 годах центральным учреждением Российского государства, ведавшим изготовлением, закупкой и хранением оружия, то Воинский морской приказ являлся организацией, в ведении которой по распоряжению Петра I находились все дела по комплектованию личного состава флота. В 1699 году, после смерти Франца Лефорта, Головин назначается генерал-адмиралом и становится первым российским кавалером ордена Александра Невского.
14 января 1701 года высочайшим указом царя Петра об основании Школы математических и навигацких наук генерал-адмирала Головина назначили ее государственным попечителем. Правда, в силу своей занятости он часто перепоручал обязанности по руководетву учебным заведением энергичному и опытному дьяку Оружейной палаты А.А. Курбатову. Он-то и посоветовал Петру I привлечь к преподаванию в школе молодого талантливого русского математика Леонтия Филипповича Магницкого.
Русский математик и педагог Магницкий родился 9 июня 1669 года в Осташковской слободе Тверской губернии. Самостоятельно изучив грамоту, способный юноша воспитывался в ИосифоВолоколамском монастыре, чей настоятель, оценив его незаурядный талант и тягу к знаниям, определил отрока на учение в Московскую славяно-греко-латинскую академию. Изучив там в совершенстве латинский и греческий, а вне академии, по собственной инициативе также немецкий, голландский и итальянский языки, Леонтий Магницкий, самостоятельно овладел математическими науками в объеме, далеко превосходящем уровень элементарных арифметических землемерных и астрономических познаний. После встречи и беседы с русским самородком Петр I, также не раздумывая, назначил его преподавателем арифметики, геометрии и тригонометрии школы математических и навигацких наук. В 1715 году Магницкий стал ее непосредственным руководителем и заведующим учебной частью. Все годы жизни талантливого русского педагога и ученого отданы трудам в Навигацкой школе.
Государь всегда доброжелательно и особенно милостиво относился к Магницкому, почитая его глубокие познания и всестороннюю образованность. По отзыву одного из современников, профессор Навигацкой школы слыл «сущим христианином, добросовестным человеком, в нем же лести не было». Царь пожаловал Магницкого деревнями, приказал выстроить ему в Москве дом и даже благословил образом. За энциклопедические знания и природный талант император называл Леонтия Филипповича «магнитом» и впредь приказал ему писаться Магницким. Однако, высоко оценивая ум и талант русского профессора, Петр I установил ему жалованье значительно меньшего размера, чем иноземным преподавателям.
Леонтий Магницкий является автором первых отечественных учебных пособий, математических и мореходных таблиц. Всемирно известный труд ученого «Арифметика», изданный в Москве в 1703 году, огромным для того времени тиражом (2400 экземпляров), содержал пространное изложение «числительной науки», важнейшие для практического приложения разделы элементарной алгебры, арифметики и алгебры к геометрии, понятия о вычислении тригонометрических таблиц и о тригонометрических вычислениях. Книга содержала необходимые морякам начальные сведения по астрономии, геодезии и навигации. «Арифметика» Магницкого вызвала интерес к математическим наукам у будущего академика М.В. Ломоносова, писавшего впоследствии о книге талантливого отечественного педагога: «Арифметика сия для меня явилась „вратами учености“». Среди воспитанников Леонтия Филипповича Магницкого известны такие выдающиеся питомцы Навигацкой школы, как Н.Ф. Головин – будущий президент Адмиралтейств-коллегии, И.К. Кириллов – обер-секретарь Сената, прославленные геодезисты И.М. Евреинов и Ф.Ф. Лужин, первыми выполнившие натурные съемки местности районов Камчатки и Курильских островов, С.Г. Малыгин, Д.Л. Овцын и С.И. Челюскин – участники 2-й Камчатской экспедиции, капитан-командор А.И. Чириков, астроном А.Д. Красильников, ученый-географ и картограф Ф.И. Соймонов и многие другие.
Классы Навигацкой школы во главе с ее руководителем Леонтием Магницким продолжали успешно работать и после того, когда в октябре 1717 года по велению Петра I в Петербурге организовали Морскую академию. Л.Ф. Магницкий умер на 71 году жизни в Москве. Погребен он в церкви Гребенской Богоматери, что за Никольскими воротами. На углу Лубянской площади и Мясницкой улицы и по сей день находится надгробный камень, на котором сыном этого выдающегося деятеля флота и отечественной науки высечена следующая надпись: «В вечную память Леонтию Филипповичу Магницкому, первому в России математики учителю, здесь погребенному мужу любви к ближнему нелицемерной, благодаря ревностного жития чистого, смирения глубочайшего, великодушия постоянного, нрава тишайшего, разума зрелого, обхождения честного, прямодушия любителя, подчиненным отцу любезному, обид от неприятелей терпеливейшему, по всем приятнейшему и всяких обид, страстей и злых дел силами чуждающемуся… Наукам изучился дивным и неудобовероятным способом… именованный прозванием Магницкий и учинил российскому благородному юношеству, учителем математики, в котором звании ревностно, верно, честно, всепрележно и беспорочно служа и пожив в мире 70 лет, 4 месяца и 10 дней 1739 года октября 19 дня, оставя добродетельным своим житьем пример оставшим по нем, благочестно скончался».
Согласно царскому указу, в Навигацкую школу «велено было принимать детей дворянских, дьячих, подьячих, из домов боярских и других чинов, от 12 до 17 лет». Указ состоялся. Школу открыли и… поступило в нее всего 4 человека. Темные слухи и злая обывательская молва сделали свое дело. Родовитые Солнцевы-Засекины, Хилковы и Урусовы не пожелали пускать своих чад в новую светскую школу. Царский указ оскорблял старые боярские роды, ибо велено детей дворянских посадить за один стол с детьми подьячих, дьячих, церковнослужителей, посадских, дворовых, солдатских и отроков других недостойных чинов. Придумали – отдать любимое чадо в руки ненавистных иностранцев, в товарищество к холопам, в светскую школу, где за «шалость» «дитя» могли принародно высечь. Тогда и в 18 лет дворянин почитался еще «неразумным младенцем», получившим вполне достаточное для дворянина образование у сельского дьячка, которого недоросль, как наставника, и в грош не ставил. Словом, опять антихрист в ход пошел, недаром люди говорят: «мерзостен Богу, кто учит геометрию».
Суров во гневе был Петр Алексеевич – государь российский. Загремели новые указы, угрожавшие ослушникам «потерянием чести и живота», на всех городских воротах, в больших селах вывесили списки не явившихся на смотр, а всякому сообщившему об уклонившемся от призыва в учение обещалось все имение виновного. Сверх того, «для избежания потворства и личных отношений» царь разрешил доносителям являться прямо к нему, что раньше практиковалось только в доносах о важных государственных делах и о неправом решении суда.
С опаскою и оглядкою потянулись дворянские недоросли вместе с разночинцами и холопскими детьми в Морскую школу, в «проклятую» Сухареву башню к иноземцам на обучение. Уже в 1702 году в Навигацкую школу приняли 200 человек.
Генерал-адмиралу Ф.А. Головину профессор Фархварсон докладывал, что в школу набран полный комплект «учеников – охотников всяких чинов, из коих 180 человек учатся арифметике, 10 человек учат алгебру и готовы совершенно в геометрию». После сведений о числе и качестве учебных инструментов, необходимых школе, в рапорте сообщалось, что «нынешние люди из всяких чинов и пожиточные, узнав этой науки сладость, отдают в школу детей своих; другие же взрослые недоросли, рейторские дети и молодые из приказов, приходят с охотою не малою учиться».
Через несколько лет «комплект» учащихся Навигацкой школы увеличили до 500 человек. В классах учебного заведения на школьных скамьях сидели рядом потомки Рюрика и дети простолюдинов и постигали морское дело.
Бюджет Школы математических и навигацких наук, составлявший 22 459 рублей, 6 алтын и 5 денег, содержал расходные статьи на жалованье учителям, кормовые деньги учащимся, на школьные расходы и на содержание за границей учеников, успешно окончивших полный курс учебного заведения.
