Отряд Бальбоа отправился в глубину джунглей, кишевших крокодилами, змеями и москитами среди топких болот, на 20 каноэ. В один из дней похода испанцы, одетые в тяжелые и удушающие в тропической жаре боевые металлические доспехи, попали в засаду огромной массы индейских воиноа Бальбоа сумел отбить это нападение и выбраться с группой людей на речной берег, но более половины из них не умели плавать и утонули. Сам Бальбоа получил ранение, и ему едва удалось в этом состоянии организовать погрузку людей на оставшиеся каноэ и построенные плоты, а затем добраться до Санта-Марии.
Весть о поражении отряда Бальбоа, а это было вообще первое военное поражение Васко в его жизни, привела Педрариаса, как он того и хотел, в настоящее бешенство. Его гнев возрос еще больше, когда до него дошли слухи, что выздоравливавший от ран Бальбоа обсуждает со своим другом Гаравито планы экспедиции на побережье Южного моря, сама идея которой в голове его соперника была анафемой для завистливого губернатора. Чтобы расправиться с Бальбоа, Педрариас приказывает посадить его в деревянную клетку до решения городского совета о его казни или высылке под суд в Испанию. Узнав об этом, донья Исабел снова призывает на помощь благородного и справедливого епископа Кеведо, посылая к нему с запиской, как и в прошлом, верного Эрнандо. Кеведо тут же направился к губернатору, призывая его немедленно освободить Бальбоа, угрожая в противном случае сообщить об этом деле королю в письме или даже лично. Понимая, что такой исход может подорвать его позицию при дворе, Педрариас освободил Васко из клети и посадил его в тюрьму.
Но такая полумера совершенно не удовлетворила Кеведо, который после совещания с доньей Исабел призвал ее мужа осуществить полное и убедительное примирение с Бальбоа в интересах благого и мирного управления делами колонии. Таким шагом он считал брак Бальбоа с одной из старших дочерей губернатора, находившейся в Испании. Немало удивленный таким оборотом истории своей борьбы против Бальбоа, Педрариас почти целую ночь совещался с доньей Исабел, а на следующее утро приказал выпустить узника из тюрьмы и привести на встречу у епископа Кеведо, к которому он тоже прибыл вместе со своей супругой. После совещания Кеведо объявил в церкви о браке доньи Марии Пеньялосы, второй дочери губернатора, находившейся в Сеговии, с аделантадо Южного моря и идальго из старого аристократического рода в Херес-де-лос-Кабальерос Васко Нуньеса де Бальбоа. Донья Исабел затем устроила по этому случаю пышный торжественный обед для высшего руководства колонии, на котором председательствовал сам губернатор. Все полагали, что теперь Педрариас оставит своего зятя в покое, но старый генерал, как оказалось, лишь отложил время своей расправы с Бальбоа до другого подходящего случая.
Губернатор, с одной стороны, стал призывать Бальбоа начать готовить экспедицию на другую сторону перешейка, а с другой — сам более ускоренными темпами уже вел работу по отправлению туда же своего главного помощника Гаспара Моралеса с отрядом в 150 человек. В число этих людей Моралес включил и своего непосредственного подчиненного по свите Педрариаса Эрнандо де Сото. Для Эрнандо эта экспедиция должна была стать его первым настоящим военным походом, где ему предстояло проявить свою волю, выдержку и боевые качества. Вместе с ним были еще два совсем юных участника, которым предстояло стать на многие годы его очень близкими друзьями: Эрнан Понсе де Леон и Франсиско Кампаньон.
С немалыми трудностями и опасностями, переходя множество рек, болот, озер и холмов в страшной жаре и в окружении полчищ москитов, отряд Моралеса через несколько недель достиг противоположного берега перешейка. С помощью друзей Бальбоа среди местных вождей Моралес и его группа, в которой находился также Франсиско Писарро, с немалыми приключениями провели обследование жемчужных островов недалеко от западного побережья, где им пришлось провести несколько боевых схваток с местными жителями, но и удалось приобрести много жемчуга. Хотя все эти земли по королевскому указу относились к юрисдикции Бальбоа, Педрариас дал указание Моралесу вступить во владение ими и самого Южного моря от его собственного имени, что и было им проделано. Здесь же Моралес и его люди впервые услышали от одного из дружественных касике о том, что на юге находится большое и богатое золотом королевство под названием Виру или Пиру. Писарро поделился со своим молодым земляком из Эстрама-дуры де Сото своими надеждами когда-нибудь осуществить поход в эту богатую страну, о которой он собирал от индейцев сведения с тех пор, как три года назад услышал о ней во время первого похода к Южному морю вместе с Бальбоа.
Собрав большую добычу жемчуга и золота, Моралес принял решение вернуться с островов на берег континента, но при высадке обнаружил, что оставленный им здесь отряд за его отсутствие восстановил против себя своими бесчинствами местных индейцев, которые захватили около 10 испанцев в плен и продолжали нападать на их соотечественников. Теперь отряду Моралеса неожиданно пришлось выдержать нападение более тысячи индейцев, но преобладающее оружие европейцев в конечном счете одержало победу. Де Сото оказался в подразделении Писарро и проявил хорошие боевые качества во время схватки. С огромными трудностями в бесконечных боях с индейцами отряд Моралеса, потеряв половину людей, добрался до Санта-Марии, но смог привезти всю захваченную ценную добычу в сохранности. За смелость и храбрость в боях Моралес повысил Эрнандо де Сото до ранга капитана. Новому испанскому капитану исполнилось 17 лет.
Перед другой экспедицией Педрариас поставил задачу исследовать побережье перешейка и попытаться найти пролив в Южное море, который бы открыл испанцам доступ к богатствам Индии через Атлантику. Этот поход возглавил Гонсало де Бадахос, который вышел с отрядом в 150 человек из места, названного Номбре дэ Дьос, у самой узкой части перешейка Заместителем Бадахоса был назначен Эрнандо де Сото, которому благоволила вся семья губернатора, начиная с него самого. Исследование перешейка в направлении западного берега и в его землях под руководством Бадахоса превратилось в самый настоящий грабительский поход по вымогательству золота и жемчуга у местных жителей путем захвата в плен вождей племен и освобождения их под дорогой выкуп или насильственного обмена европейских побрякушек на драгоценности. Индейцы начинали в ряде случаев оказывать отряду ожесточенное сопротивление. Один из касике по имени Парис напал на мародеров Бадахоса с отрядом около 4000 воинов в его захваченной деревне и нанес ему сильное поражение. Хотя глава экспедиции смог едва унести ноги вместе с несколькими десятками людей, свыше половины испанцев погибли, а большая собранная добыча была брошена на поле битвы. Однако на последующей части пути домой Бадахосу все-таки удалось разгромить еще несколько деревень и набрать драгоценностей. В Дариен вместе с Бадахосом и де Сото вернулось только около 50 из 150 человек отряда.
