Педрариас пришел в ярость от проявленной Бадахосом некомпетентности и обвинил его в потери богатой добычи драгоценностями и нескольких сот рабов. Желая во что бы то ни стало вернуть потери, он тут же назначил своего помощника Эспиносу организовать новый поход на территорию касике Париса, чтобы отобрать оставленную у него добычу и наказать его за разгром отряда Бадахоса.
Губернатор продолжал свое диктаторское управление колонией, вызывая много недовольства и жалоб, которые постепенно стали доходить до королевского двора. Сам Фердинанд не питал расположения к генералу, но прошлые военные заслуги Педрариаса и сильные семейные связи довольно долго и прочно защищали его. После заслушивания доклада Овьедо, привезшего королю его долю драгоценностей из Золотой Кастилии, Фердинанд обещал заняться накопившимися серьезными жалобами на губернатора, но ему не довелось этого сделать, так как вскоре после встречи с Овьедо на пути в свою резиденцию в Севилье он умер. Трон переходил к его молодому внуку Карлу, который жил во Фландрии, а до его переезда в Испанию государственную власть стал осуществлять регент кардинал Сиснерос Педрариасу эта новость стала известна лишь несколько месяцев спустя, и он посчитал, что период регентства будет ему на руку, а тем временем решил активизировать исследования новых земель, с тем чтобы добиться таких результатов, которые бы могли произвести хорошее впечатление на нового короля.
В этих целях он решил в первую очередь вернуть ту крупную добычу, которую индейцы отбили у Бадахоса, и для этого ускорил отправку отряда Эспиносы с этим поручением. После длительного похода с участием де Сото, во время которого было много крупных схваток с индейцами и были отобраны оставленные ранее драгоценности, увеличенные новыми приобретениями, Эспиноса вернулся, к большой радости губернатора, хотя и понес немалые потери людьми. Де Сото со своей группой прибыл в Дариен гораздо позже, так как у него было еще дополнительное поручение исследовать область Панамы, где ему удалось собрать хорошее количество жемчуга. К этому времени у испанцев уже сложилось довольно твердое мнение относительно того, что климат на западном побережье перешейка был значительно более здоровый, чем в Дариене, и Бальбоа был первым, кто стал строить базу на берегу Южного моря.
Педрариас, торопившийся с достижением новых успехов, поддержал своего зятя в заложении города Пуэрто-де-Алкала и строительстве нескольких бригантин для исследования вод и побережья Южного моря. Бальбоа сам уже давно планировал экспедиции в том районе, где он был назначен аделантадо и губернатором и где он мог быть свободнее от угнетающей опеки своего тестя. Но осуществление таких планов требовало людей, денег и судов, в чем он зависел от Педрариаса. Учитывая все это, Бальбоа при содействии губернатора начал заготавливать и перевозить лес для строительства каравелл на западном берегу, так как местное дерево считалось менее подходящим для этих целей. Педрариас дал ему всего 18 месяцев на осуществление таких больших планов в трудных условиях дикой местности, но с тайным расчетом, что как только его зять осуществит основные работы, он сам возьмет в свои руки проведение многообещающих экспедиций в регионе, где губернатором был назначен Бальбоа.
Стремясь ускорить работы и получить возможность действовать более независимо, Васко организовал с несколькими друзьями «Компанию Южного моря», которая стала первым частным коммерческим предприятием по исследованию, завоеванию и освоению новых земель. Деньги на его деятельность были даны другом Бальбоа Эрнандо де Агиларом Васко немалыми усилиями удалось наладить или восстановить добрые отношения с рядом индейских вождей, от сотрудничества с которыми зависело осуществление намеченных планов, так как именно только сотни их людей могли переносить грузы через перешеек и обеспечивать нужную рабочую силу.
Но трудностей в начатом предприятии возникало невероятно много, что требовало от Бальбоа проявления большого мужества, энергии, настойчивости и терпения. Довольно скоро обнаружилось, что лес для каравелл, с такими огромными трудами заготовленный на восточном берегу и перенесенный на плечах индейцев через перешеек, почти сразу по прибытии разъедался червями, и материалы пришлось все-таки разыскивать и готовить на новом месте. Но когда они наконец были подготовлены и уложены на складах, произошло сильное наводнение, которое унесло их большую часть. Строительную верфь пришлось полностью перенести на один из островок. Все эти работы нужно было вести в условиях острого недостатка продуктов питания, так как широкая река, на которой находилась верфь, отрезала строителей от индейских источников снабжения, что в итоге потребовало возведение большого моста. Узнав об этих трудностях, Педрариас прислал зятю отряд помощи, благодаря чему удалось завершить строительство двух каравелл.
Когда эти два парусника были готовы, Бальбоа отправился на них в поисках продуктов на острова залива Сан Мигель, но при возвращении обнаружил, что в его отсутствие работы на верфи очень замедлились, и одновременно узнал о пришедших неофициальных сообщениях относительно предстоявшей смены Педрариаса на нового губернатора Лопе де Coca, который до этого работал на таком же посту на Канарских островах. Желая узнать более точно о возможных переменах в руководстве, Бальбоа поручил своему другу Гаравите, уезжавшему за товарами на восточное побережье, доехать до Дариена и попытаться получить там интересовавшие его сведения. В недалеком прошлом Гаравита доставил Бальбоа немалые неприятности, пытаясь овладеть его неофициальной индейской женой Анаянси, но после начальной ссоры на этой почве Васко простил друга, но последний решил отомстить ему за собственную неудачу в вероломном поведении. Приехав в Дариен, Гаравита представил Педрариусу документ, в котором ложно обвинял Бальбоа в вынашивании заговора против губернатора и в краже его доли собранных ценностей, добавив к этому, что он продолжает свою порочную связь с Анаянси даже после заключения брака с его дочерью. После этого он доложил просьбу Бальбоа о продлении на один год срока завершения подготовительных работ в связи с возникшими трудностями.
Хитрый Педрариас передал обвинительные документы Гаравиты для включения в судебное дело, которое вел против его зятя теперь разбогатевший на разбое завистливый Эспиноса, мечтавший отомстить Бальбоа. Одновременно губернатор поддержал просьбу своего зятя на заседании совета колонии, но только на четыре месяца. Тем временем Бальбоа успешно наладил работы, и дело стало хорошо продвигаться вперед. Через несколько недель он получил сообщение от Педрариаса о продлении срока работ на четыре месяца и одновременно приказ приехать в Дариен для обсуждения некоторых срочных дел. Бальбоа очень не хотелось оставлять руководство работами, но после раздумий он все-таки решил поехать на эту встречу.
