Педрариас, который был в немалой степени повинен в сложившемся положении, возникшем из-за ареста Бальбоа и последствий разрушения кропотливо и умно созданной им системы управления колонией и добрых отношений с индейцами, пережил настолько большое разочарование и недовольство после нескольких месяцев в Золотой Кастилии, что стал обдумывать план возвращения в Испанию с передачей дел ряду своих приближенных. Сам 70-летний губернатор начал часто болеть, что еще больше подталкивало его к идее отъезда, но против этого решения твердо выступило большинство членов совета колонии как противоречившего указаниям короля. Губернатору пришлось отказаться от такого плана, но чтобы сократить число недовольных и без конца жалующихся на жизнь в колонии людей, он приказал выделить отдельное судно, чтобы вывезти на Кубу всех нежелающих оставаться, а многих других, включая Бальбоа, решил разослать в разные исследовательские экспедиции. По совету медиков он перенес свою резиденцию за несколько миль от Дариена в более климатически здоровое место на берег реки Коробари.
Среди уехавших на Кубу новых друзей или добрых знакомых Эрнандо де Сото были лоцман Хуан Веспуччи и бравый солдат Бернал Диас дель Кастильо. Сам он переехал с семьей Педрариаса на новое место и помимо выполнения своих обязанностей при ней находил время для более углубленного ознакомления с новой землей, джунглями, ее растительностью, животным миром, обычаями индейцев, не забывая совершенствовать свое мастерство наездника и воина. Но жизнь в окружении диких джунглей была далеко не легкой и требовала немалой выдержки и приспособления к ее требованиям и неожиданностям. Далеко не все были к этому готовы, и поэтому неудивительно, что к концу 1514 года, то есть 6 месяцев спустя после прибытия, более 500 человек умерли, несколько сот приехавших с крупной флотилией в страшном разочаровании вернулись обратно в Испанию или перебрались в более гостеприимные части Нового Света. Те же, кто все-таки решили остаться, в своем большинстве считали необходимым удовлетворить свои мечты об обретении богатства более простым и скорым путем — путем применения силы против местного населения. Лишь более опытные старожилы во главе с Бальбоа и разделявший их подход епископ Кеведа более надежным и выгодным, хотя и более длительным, рассматривали путь постепенного освоения новых земель при поддержке индейцев, что было возможно только при поддержании с ними добрых дружественных отношений. Эти разные подходы определили постепенное разделение колонистов на две противоположные группировки.
Тем временем Педрариас приступил к организации новых экспедиций, в том числе к побережью Южного моря. Главное поручение в этом предприятии он дал своему заместителю Хуану де Айора, которому предписывалось основать три новых поселения. Айора прошел с огнем и мечом по землям индейцев, подвергая людей пыткам, захватывая силой их золото, драгоценности, женщин, продукты и отлавливая рабов. За короткий срок он умудрился разрушить остатки того дружественного отношения к испанцам, которое так терпеливо и умело выстраивал Бальбоа В ответ на бесчинства и зверства пришельцев индейцы стали захватывать некоторых из них в плен, убивать и наказывать заливанием расплавленного золота в их горло. При возвращении из похода Айора задабривал губернатора и других руководителей колонии золотом и рабами. Он вскоре стал жаловаться на свое здоровье и отбыл в Испанию с первой попутной каравеллой, а после его отъезда выяснилось, что ему удалось тайком вывезти крупное количество награбленного у индейцев золота
В марте 1515 года в Дариен прибыли две каравеллы, которые привезли письма короля для Васко Бальбоа. Король был очень обрадован дошедшей до него с опозданием важнейшей новостью об открытии Бальбоа Южного моря и решил оказать ему свою полную поддержку. Фердинанд наделил его титулами аделантадо Южного моря, а также губернатором и генерал-капитаном провинций Койба и Панама. Наконец-то королевская справедливость восторжествовала. Однако завистливый и мстительный Педрариас захватил письма, предназначенные Фердинандом для Бальбоа, и отказался выдать их адресату. Тогда донья Исабел послала де Сото с тайной запиской об этом епископу Кеведо, который был настолько возмущен действиями губернатора, что обвинил его в нарушении королевского приказа и потребовал рассмотрения дела на совете руководителей колонии. На созванном заседании Педрариас настаивал на том, что он якобы не может передать письма короля Бальбоа до завершения над ним «суда резиденции». У губернатора было немало рычагов давления на членов совета, и благодаря их применению некоторые из них пошли у него на поводу, что привело к невозможности принятия решения.
Тогда справедливый Кеведо на следующее утро во время службы в церкви в присутствии всех поселенцев и группы принявших христианство индейцев заявил о том, что никто не может выступать против решений короля вознаградить Бальбоа за огромные услуги, оказанные им короне, и потребовал передать адресованные ему письма Фердинанда. Среди прихожан, которым была хорошо известна вся эта история, прокатился гул одобрения. Сразу же после службы было вновь собрано заседание городского совета. На нем Кеведо прямо обвинил Педрариаса в уголовном и гражданском нарушении воли короля и от имени церковной власти заявил, что за такие деяния ему придется отвечать перед богом. Губернатор не рассчитывал, что епископ может решиться на столь резкое и смелое обвинение и, не желая восстанавливать против себя церковь, пошел на уступку. Свою роль в изменении позиции Педрариаса сыграла и его жена донья Исабел
На следующее утро Бальбоа получил от губернатора королевские грамоты и объяснение причин задержки в их передаче. Бальбоа заверил генерала в своей лояльности короне и ему самому, а затем отправился благодарить епископа Кеведо и донью Изабел за их доброе участие в его судьбе.
Но генерал на этом поражении не успокоился и решил направить Бальбоа не на берег Южного моря, который тот уже хорошо знал и где мог рассчитывать на помощь своих друзей индейцев, чтобы принести наибольшую пользу короне, а в самый трудный и опасный район джунглей, населенный враждебными и воинственными туземцами, рассчитывая на его явную гибель, тяжелое заболевание или вероятное поражение с невыполнением поставленной задачи. А чтобы гарантировать ожидаемый результат, Педрариас составил отряд Бальбоа из примерно 200 самых ленивых и неспособных обитателей колонии. Васко согласился возглавить порученную экспедицию, хотя и выразил сожаление, что его не направляют на Южное море, где он мог бы принести наибольшую пользу интересам Испании.
