Со временем конвейер смерти в Бутово стал давать сбои в работе, и нарком Ежов решил увеличить пропускную способность машины смерти. Он распорядился передать пустующую после ареста Ягоды дачу на территории совхоза «Коммунарка» под дополнительный полигон. Массовые расстрелы на «Коммунарке» начались в сентябре 1937 г. Первоначально ямы для захоронений копали лопатами, однако вскоре стали использовать гусеничный экскаватор «Комсомолец», которым, также как и в Бутово, рыли длинные траншеи и бульдозером засыпали тела расстрелянных. Важной особенностью этого полигона было то, что он находился в ведении центрального аппарата госбезопасности. На расстрел и захоронение в «Коммунарку» направлялись в основном осужденные Военной коллегией Верховного суда СССР, оказавшиеся в сталинских расстрельных списках и приговоренные к смерти «в особом порядке». Поэтому на этот конвейер смерти попадали крупные партийные и советские работники, генералы и офицеры РККА, деятели культуры и искусства, работники НКВД. В настоящее время известны имена 6500 расстрелянных и захороненных на «Коммунарке», на 4527 из них в Книге памяти жертв политических репрессий имеются краткие биографические сведения.
На «Коммунарке» казнены члены и кандидаты в члены Политбюро ЦК ВКП(б) А. Бубнов, Н. Бухарин, А. Рыков, Я. Рудзутак, Н. Крестинский, нарком юстиции Н. Крыленко, В. Антонов-Овсеенко, первые секретари ЦК ВКП(б) семи союзных республик, члены ЦИК СССР и ВЦИК, члены Совнаркома СССР. Там нашли свой трагический конец более двадцати секретарей обкомов партии, председателей правительств союзных и автономных республик, исполкомов областей и городов, основатели и руководители Коминтерна Пятницкий и Берзин. Там же закончил свою жизнь один из крымских палачей Бела Кун. Среди погребенных много генеральских фамилий и более двухсот фамилий сотрудников НКВД, включая Артузова, Петерса, Паукера и Шпигельгласа. Там же оборвался путь известного российского и советского экономиста Кондратьева Николая Дмитриевича, писателей Валериана Правдухина, Артема Веселого и Бориса Пильняка, ученого и поэта А. Гастева, историка Д. Шаховского, академика-микробиолога Г. Надсона, главных редакторов «Литературной газеты», «Красной звезды», «Труда», журнала «Огонек». На «Коммунарке» покоятся останки граждан 11 стран. 10 июля 1941 г. здесь в полном составе было уничтожено правительство Монголии во главе с А. Амаром. Здесь же похоронены политические и общественные деятели Литвы, Латвии, Эстонии, а также активисты коммунистического движения Германии, Румынии, Франции, Турции, Болгарии, Финляндии и Венгрии.
Массовые захоронения на «Коммунарке» производились до середины октября 1938 г., а в 1939 г. имели место лишь единичные случаи расстрелов. Данных о расстрелах в 1940 г. не найдено, но вскоре после начала войны за три дня — 27, 28 и 30 июля 1941 г. — на полигоне было расстреляно 513 человек.
Наиболее массовым был расстрел 16 октября 1941 г. В этот день, когда стала реальной угроза сдачи Москвы немцам, на «Коммунарке» расстреляли 220 человек. В числе расстрелянных были многие политические и военные деятели Латвийской Республики, комкор М.П. Магер, бригадный комиссар В.В. Давыдов, Н.А. Клич, С.И. Оборин, С.А. Черных и другие военные. Наиболее квалифицированные палачи работали в Москве в Варсонофьевском переулке, где имелась своя «расстрельная» команда. Эти палачи «работали» не только в Москве. Время от времени они выезжали в командировки туда, где производились массовые расстрелы, — в Медное под город Калинин, в Катынь, под Смоленск, под Харьков, в другие места. В других городах были свои палачи, свои расстрельные подвалы и полигоны и свои секретные кладбища.
В Ленинграде расстреливали в Левашовском лесу особого назначения. Это одно из самых крупных в стране захоронений репрессированных. По самым скромным подсчетам, здесь покоятся останки пятидесяти тысяч граждан, расстрелянных по политическим статьям. Полигон оставался секретным до начала 1990-х гг. Массовые расстрелы проводились также в Ковалевском лесу — урочище на территории Ржевского артиллерийского полигона, в 4 км к северо-востоку от железнодорожной станции «Ржевка» Всеволожского района Ленинградской области. В Киеве расстреливали в лесу под Быковней, возле сел Рыбное и Святошино, в Бабьем Яру. В Минске массовые расстрелы «врагов народа» производились в урочище Куропаты, где на территории в 30 га обнаружено 510 захоронений.
Палачи во внутренних тюрьмах НКВД областных городов не успевали «исполнять» приговоренных по квотам «первой категории», утверждаемым Политбюро ЦК ВКП(б), поэтому на периферии «ближе к потребителю» открывались дополнительные убойные застенки — филиалы основных. Так, в Иркутской области большая часть приговоров была приведена в исполнение в областном центре в подвалах УНКВД (ул. Литвинова, 13) и во внутренней тюрьме НКВД (ул. Баррикад, 63). Ночью трупы вывозили на грузовых автомобилях в лес под Пивовариху и к поселку Большой Разводной (ныне — в зоне затопления Иркутского водохранилища), где, по данным УКГБ по Иркутской области, захоронены 20 016 жителей Иркутска и области. Но расстреливали также в поселках Бодайбо, Киренске и в районе Озерлага. В Кузбассе кроме Кемерово расстреливали в Мариинске, Прокопьевске, Тисуле, Ягуновке и Темиртау. Многие места массовых политических убийств остаются неизвестными до сих пор. В Томске, например, основным местом массовых расстрелов и захоронения жертв репрессий был район горы Кыштак в Ленинском районе города. Репрессированных пригоняли партиями из тюрьмы (ныне СИЗО на ул. Пушкина, 48а) в Страшный ров и тут же расстреливали (18). Расстрелы проводились также в Асино и других городах области.
Случайно было обнаружено крупное массовое захоронение в городе Колпашево, в 270 км к северо-западу от Томска. В 1979 г., во время майских праздников, паводок на реке Оби подмыл берег Колпашевского яра и обнажил одно из крупнейших мест массовых захоронений. На этом месте в конце 1930-х гт. находилось здание Нарымского окружного отдела НКВД. Начальник городского отделения КГБ доложил о случившемся по инстанции. После проведения первомайской демонстрации первый секретарь Томского обкома КПСС Лигачев и начальник управления КГБ Иванов поставили в известность о «находке» членов Политбюро ЦК КПСС Суслова и Андропова. Было принято решение размыть теплоходами берег, а трупы затопить в реке. Операция по уничтожению захоронения проводилась силами сотрудников госбезопасности под руководством начальника управления КГБ, секретаря обкома КПСС и московского чекиста генерал-майора Фокина.
Район захоронения был оцеплен силами КГБ и милиции. Прокурору города было дано указание не проводить судебно-медицинских экспертиз и опознаний трупов. Был собран партийно-хозяйственный актив, которому сообщили, что в захоронении находятся трупы расстрелянных в годы войны дезертиров. Берег высотой сорок метров размывали винтами двух теплоходов. При дальнейших обрушениях берега были обнаружены новые захоронения. В них находились как останки людей, так и засыпанные известью и хорошо сохранившиеся мумифицированные трупы. При размывании берега трупы падали в реку. Специальные команды из сотрудников милиции и КГБ на моторных лодках дежурили у теплоходов, петлями из проволоки ловили плавающие трупы, буксировали их на середину реки, привязывали к ним грузы и топили. Часть трупов была разнесена по пойме Оби. С мая по сентябрь сотрудники КГБ и милиции обследовали берега реки ниже города Колпашево. При обнаружении трупов их притапливали или зарывали в землю без обозначения мест захоронения.
Вспоминает Черепанов Владимир Петрович, капитан теплохода, размывавшего берег: «9 мая 1979 г. я был вызван в кабинет начальника томского речпорта. В кабинете помимо председателя парторганизации находились два незнакомых мне товарища, которые представились работниками КГБ. Их интересовал вопрос технических возможностей теплохода ОТ-2010, на котором я в то время работал. В частности, интересовались возможностью размыва грунта. Сказали, что этим способом нужно убрать захоронение с Колпашевского яра. Использовать технику на кромке яра, высотой 25 метров было невозможно, поэтому они решили остановиться на применении теплохода… Теплоход стоял перпендикулярно берегу. Отбойной волной винтов начали мыть берег. Мыли часа два. Сначала падали кости. В срезе яра была одна яма-захоронение. Когда содержимое ямы обвалилось, появились темные прямоугольники, предвестники новых захоронений… Трупы из ям стали падать в воду. Верхний мерзлый слой земли обваливался большими глыбами, по мере размывания нижнего талого слоя грунта… Трупы были целые, разной величины, — в том числе и детей. Видел на трупах розово-белое белье. Запах был ужасный, врагу не пожелаешь. Все это падало в реку и размалывалось винтами. Трупов было много, очень много — количество никто не фиксировал, да и сделать это было невозможно. Трупы плавали, кагэбэшники их фотографировали. Теплоход почти весь ушел в берег, образовалась бухта. Мыли с 11 по 15 мая круглосуточно, пока не перестали из грунта выпадать трупы. Мы работали абсолютно бескорыстно. Выполняя эту работу, я считал, что выполняю ответственное государственное задание. По окончании работы меня повезли в КГБ на черной «Волге», было страшно. От имени Ю.В. Андропова вынесли благодарность за отлично выполненную операцию и подарили приемник «Томь»».
