В конце января 1708 г. Толстой получил от Головкина еще одно письмо. В нем сообщалось, что сведения о «турецком злом намерении» заключить военный союз против России «от часу умножаются и отовсюду неустанно на всех почтах приходят как из Вены… так и от протчих наших министров из Англии и Галандии и из Берлина». Головкин резко отчитывал Толстого за бездействие: «Немалому то удивлению достойно, что ваша милость незнамо для чего ни о чем о том нам ни малой ведомости не чинишь и не престерегаешь того, для чего вы у Порты от его царского величества быть учреждены и в чем весь интерес состоит».
Необходимо отдать должное Петру Андреевичу Толстому. Он мужественно со всей страстностью и упорством вступил в полемику с Головкиным, отстаивая свою правоту. Располагая точными сведениями, Толстой решительно заявил, что лазутчик Мазепы лжет о концентрации артиллерии и янычар в Бендерах. По его сведениям, в Бендеры было прислано 500 янычар, из которых 300 разбежались, а пушек отправили столько, сколько требовалось для обороны крепости. Нетрудно было ему доказать и необоснованность утверждения Мазепы о якобы ожидаемом нападении крымских татар зимой, а главных сил османской армии весной. В письме от 29 января 1708 г. Толстой писал, что зима на исходе, а «войны от татар не слышится, и весна уже приближается, а у турок никакого приготовления к войне не является».
Весьма сомнительным П. А. Толстой считал и поведение Досифея в изложении Мазепы. Прежде такого не было, чтобы патриарх известил одного Мазепу о подготовке к войне, а посла и русскую дипломатическую службу оставил в полном неведении.
Петр Андреевич внес ясность и в вопрос о закулисных переговорах визиря с Лещинским и Карлом XII. Переговоры велись не османским дипломатическим ведомством, а главой пограничной области Юсуф-пашой. Оказалось, что Юсуф-паша за крупную «дачу» от Лещинского согласился участвовать в дипломатической комбинации, разработанной поляками. Суть ее заключалась в следующем: Юсуф-паша должен был отправить в Польшу официального представителя, «чем-де могли московских устрашить, будто-де они имеют согласие с Партой». Однако султан, давая разрешение Юсуф-паше на отправку посланника, вовсе не желал заключить союз с Лещинским и Карлом XII. Намерения султана были более скромными. Он хотел точно установить, в каком состоянии находятся войска шведов и поляков. В письме, отправленном Юсуф-паше, указывалось, «чтобы-де тем посланием не учинить сумнения московским». Никаких грамот от султана посланец не вручал ни Станиславу Лещинскому, ни Карлу XII.
Таким образом, российская дипломатия столкнулась с хорошо продуманной и организованной провокацией польско-шведской дипломатии. Завербованный до этого шведской разведкой Мазепа был частью далеко идущего плана. Если бы информация гетмана не была проверена, то Петр, вероятнее всего, перебросил бы часть войск к русско-турецкой границе. В результате возникла бы напряженность на южных границах и сократились бы силы, мобилизованные против Карла XII.
Недоразумение было улажено. Головкин писал послу: «Зело тем довольны, еже получили от вас подлинную ведомость о турском намерении». Во многом благодаря Толстому Посольский приказ успешно преодолел коварную провокацию против России.
Возвратив к себе прежнее доверие, Толстой продолжал прилагать все силы к тому, чтобы удерживать двор султана от вступления в войну против России. Между тем после победы русской армии над Карлом XII под Полтавой в отношениях между Россией и Турцией наметился разлад. Со свойственной Толстому проницательностью, главную причину в охлаждении отношений он видел в том, что у султана появился советчик в лице Карла XII, жаждавшего реванша и убеждавшего султана начать войну против России. Петр Андреевич теперь с подозрением относился к миролюбивым заверениям Порты. Толстой писал Головкину: «Не изволь тому удивлятися, что я прежде сего, когда король швецкой был в великой силе, доносил, что не будет от Порты противности к стороне царского величества. А ныне, когда шведы разбиты, — усумневаюся. И сие мне усумневание от того походит, ноне-же турки видят, что царское величество ныне есть победитель сильного короля швецкого и желает вскоре совершить интерес свой в Польше, а потом уже, не имев ни единого препятия, может всчать войну и с ними, турками».
В январе 1710 г. султан Ахмед III принял в Стамбуле П. А. Толстого и торжественно вручил ему грамоту о подтверждении мирного договора 1700 г. На первый взгляд успех был налицо. Но только на первый взгляд. В конце ноября 1710 г. Толстой получил секретную информацию о том, что предстоит совещание Великого Дивана у султана по поводу очередного разрыва с Россией. Петр Андреевич немедленно пишет об этом царю, но послание не успело дойти до адресата. Турки разорвали 20 ноября договор с Россией и объявили войну. Первой ее жертвой стал сам русский посол. Весь состав русской миссии турки заключили в Семибашенный замок. Здесь Петр Андреевич провел почти полтора года. После неудачного Прутского похода был заключен мирный договор с Турцией. По одному из условий договора, русский посол П. А. Толстой освобождался из заключения и возвращался на родину.
Петр Андреевич возвратился на родину в 1714 г. и продолжил службу в Посольской канцелярии. В 1716 г. Петр I вместе с супругой отправился за границу в надежде укрепить Северный союз и ускорить подписание мира со Швецией. Петр провел переговоры с датским королем о совместной высадке десанта в шведской провинции Сконе, а затем отправился в Париж. Для переговоров с королем Франции царь вызвал виднейших дипломатов России: Б. И. Куракина, П. П. Шафирова, С. Л. Рагузинского и П. А. Толстого. Переговоры с французским правительством завершились заключением в Амстердаме договора, значительно ослабившего позиции Швеции.
Военные действия в шведской провинции Сконе планировались на осень 1716 г. 26 августа Петр I отправил из Копенгагена вызов сыну, чтобы тот, если пожелает, прибыл в Данию для участия в десантной операции.
26 сентября 1716 г. Алексей со своей любовницей Ефросиньей, ее братом Иваном Федоровичем и тремя служителями выехал из Петербурга. Но вместо того, чтобы ехать в Данию, он отправился искать защиты в Австрию к своему шурину императору Карлу VI. Император принял Алексея и спрятал его сначала в Вейербурге, а затем в Тироле в Эренберге.
Русский посланник в Вене Авраам Павлович Веселовский обнаружил Алексея и сообщил царю, что царевич под фамилией Коханский живет в Тироле. На представления Веселовского принц Евгений ответил, что цесарь ничего не знает, а на письмо Петра ответил оскорбительным посланием. Тогда царь поручил возглавить дело доставки сына на родину опытному дипломату Толстому. Петр Андреевич блестяще справился с этим весьма деликатным заданием царя и стал пользоваться у него большим, чем ранее доверием. 26 марта 1718 г. в благодарность Петр I приказал «двор Авраама Лопухина, что на Васильевском острове, с палатным и протчим строением и со всякими припасы» отдать Толстому в вечное владение. В тот же день Петр Андреевич получил ранее пожалованное одному из Нарышкиных, а теперь конфискованное у него загородное «дворовое место». По обычаю тех времен в раздачу шли вотчины, конфискованные у жертв розыска по делу царевича Алексея. К тому же 13 декабря 1718 г. в награду за блестяще завершенное дело царевича Толстому был пожалован чин действительного тайного советника. Кроме чина, он получил 1318 крестьянских дворов. Если Петр Андреевич начинал службу беспоместным дворянином, то к концу жизни в его вотчинах, разбросанных по 22 уездам империи, числилась 12 521 мужская душа.
Пошла в гору и служебная карьера Толстого. Указом от 15 декабря 1717 г. он был назначен президентом Коммерц-коллегии, а позже — сенатором. Знаком особого доверия царя стало назначение Петра Андреевича начальником Тайной розыскных дел канцелярии, образованной в 1718 году.
Дело царевича Алексея приблизило Толстого к Петру I и сделало его одним из немногих в окружении царя, которым Петр давал наиболее ответственные поручения. Так, например, в 1719 г. стало известно о намерении Пруссии заключить союзный договор с враждебной России Англией. Посол в Берлине А. Г. Головкин, сын канцлера, по мнению царя, недостаточно энергично противодействовал этому англо-прусскому сближению. В сложившейся ситуации Петр принял решение послать в Берлин более опытного дипломата — Петра Андреевича Толстого.
Толстой вел переговоры с прусским королем и его министрами с начала июля до октября 1719 г. Хотя ему не удалось помешать заключению договора между Пруссией и Англией, он сумел заручиться обещанием короля ни тайно, ни явно не действовать в ущерб интересам России.
Именно П. А. Толстому 7 февраля 1722 г. Петр I предоставил честь объявить в Сенате Устав о наследии престола.
