Вскоре Нечволодова в штабе Маньчжурской армии сменил генерал-майор Генерального штаба В. А. Косаговский.
В распоряжение генерал-майора Косаговского были назначены офицеры Генерального штаба (в том числе полковник А. Д. Нечволодов) и переводчик с европейских языков Барбье. Косаговский действовал независимо от разведывательного отделения армии и передавал добываемую информацию непосредственно Куропаткину. Кроме него вербовку тайной агентуры осуществляли разведывательное отделение армии и военные агенты за рубежом.
С первых дней войны эффективно вели разведку в Японии, Корее и Китае некоторые русские гражданские подданные, находившиеся в этих странах. Они, используя свои личные связи, привлекали к сотрудничеству с русской военной разведкой иностранцев и руководили их разведывательной деятельностью. Наиболее крупными организаторами агентурной разведки из числа русских граждан, добровольно предложивших свои услуги разведке, были: действительный статский советник А. И. Павлов, член Правления Русско-китайского банка статский советник Давыдов, российский консул в Тяньцзине коллежский советник Лаптев, консул в Чифу надворный советник Тидеман.
Русский дипломат Павлов, например, на протяжении всей войны доставлял важные разведывательные сведения о противнике благодаря обширным связям, которые он имел в Японии и Корее вследствие своей долголетней дипломатической службы на Дальнем Востоке. Павлов завербовал состоявшего при российской миссии в Сеуле корейца М. И. Кима. Киму было дано задание «установить непрерывные секретные сношения с местными корейскими властями и с тайными корейскими агентами, которые, согласно заранее сделанному в Сеуле условию, имеют быть посылаемы к Маньчжурской границе, как от корейского императора, так и от некоторых расположенных к нам влиятельных корейских сановников». Донесения тайной агентуры Павлова были весьма точны. Так, дата высадки японских войск на Сахалине, проведенной противником в июле 1905 г., была сообщена Павловым русскому командованию более чем за месяц с ошибкой всего на один день.
Член Правления Русско-китайского банка Давыдов сообщал некоторые заслуживающие внимания сведения военного характера о противнике и выполнял отдельные специальные поручения. Главным его помощником в организации разведки был служащий Русско-китайского банка Фридберг, который получал информацию от секретаря японского военного агента в Чифу. Давыдов также посылал китайцев-разведчиков в Маньчжурию, которым поручалось «сверх сбора сведений о противнике наносить вред в тылу неприятеля посредством поджогов его складов, порчи железных дорог», то есть выполнять задания диверсионного характера. Давыдов, служивший до войны в Японии, продолжал и в Пекине поддерживать связь с некоторыми иностранцами, в том числе и японцами, от которых ему удавалось получать порой ценные сведения.
Число тайных агентов России на Дальнем Востоке постоянно увеличивалось. В документах военного ведомства они известны под именами Бале, Эшар, Колинз, Дори, Гидис и т. д. Тайные агенты прикреплялись к определенным военным атташе или дипломатам, через которых передавали информацию и получали вознаграждение. Так, например, тайный агент в Иокагаме Бале был связан с военным атташе в Тяньцзине полковником Ф. Е. Огородниковым, Дори — с атташе в Париже полковником Лазаревым и т. д.
Однако сведения, добываемые тайными агентами, освещали в основном организацию тыла японской армии. Их донесения поступали в штаб действующей армии кружным путем (через Китай или Европу) и почти всегда опаздывали. Изменения в структуру военной разведки были внесены после создания штаба главнокомандующего русскими войсками на Дальнем Востоке после поражения русской армии в 1904 г. под Ляояном. В каждой из трех сформированных на базе Маньчжурской армии новых (1-й, 2-й и 3-й) армий было сформировано разведывательное отделение штаба армии. Донесения военных агентов из-за рубежа стали теперь поступать напрямую в разведывательное отделение штаба главнокомандующего.
Формально деятельность разведывательных отделений штабов армий объединялась штабом главнокомандующего. Но на практике взаимодействие между ними было слабым и сводилось, в основном, к обмену разведывательными сводками. При этом сводки не отличались полнотой и достоверностью. В начале 1905 г. после неудачи русских в сражении под Мукденом японцам удалось захватить штабной обоз с делами разведывательного отделения. Русские агенты в Японии оказались на грани провала, и многих пришлось отозвать. В целом дальней разведке не удалось решить те задачи, которые были перед ней поставлены.
Не менее сложными оказались и вопросы организации ближней разведки, основной задачей которой являлся «сбор сведений о противнике непосредственно в районе расположения и действий его армий». В начале Русско-японской войны руководство разведкой непосредственно на театре военных действий осуществляло разведывательное отделение управления генерал-квартирмейстера штаба Маньчжурской армии. Работало оно неэффективно. Сводки данных о противнике составлялись не регулярно и предназначались только для высшего командования. Штабы дивизий, корпусов и отрядов до 26 октября 1904 г. не получали из штаба армии разведывательных данных и были вынуждены довольствоваться сведениями своей войсковой разведки (т. е. безотносительно к общей стратегической обстановке).
В октябре 1904 г., после разделения маньчжурских войск на три армии, при каждой из них было создано разведывательное отделение. Кроме того, собственные разведывательные отделения были в штабе Приамурского военного округа и штабе тыла войск Дальнего Востока. Разведка осуществлялась также штабами войсковых частей. Все они действовали практически независимо друг от друга. В результате наблюдалась полная дезорганизация в руководстве разведкой. Сбор сведений о противнике на театре военных действий осуществлялся, в основном, средствами войсковой разведки (захват пленных, добывание различного вида документов, предметов снаряжения, обмундирования и т. п.) и тайной разведки (направление лазутчиков, в основном китайцев и корейцев). Дополнительным источником информации служили сообщения иностранной печати.
К руководству ближней разведкой, как правило, привлекались лица, знакомые с местными условиями жизни в этом регионе. Среди них были генерал-майор Кондратович, служивший ранее в Маньчжурии и имевший связи среди китайцев и местных миссионеров, капитан Кузьмин, бывший инструктор корейских войск, генерал-майор Вогак, долгое время прослуживший на Дальнем Востоке, штабс-капитан Афанасьев и штабс-капитан Россов, владевшие китайским языком. Сведения от лазутчиков доставляли также представитель военного комиссара Мукденской провинции в городе Ляоян штабс-капитан Пеневский, штабс-капитан Блонский, военный комиссар Мукденской провинции полковник Квецинский. Поступала информация и от начальника транспортной службы армии генерал-майора Ухач-Огоровича и хабаровского купца 1-й гильдии Тифонтая, китайца по национальности. Так, например, первые сведения о воинских частях Японии с номерами полков и дивизий были получены от лазутчиков-китайцев штабс-капитана Пеневского.
Но самые ценные сведения о противнике на основании документальных данных получала войсковая разведка. Большой объем информации разведка получала из допросов военнопленных, которые давали довольно полные и достоверные сведения. Важным источником информации служили предметы снаряжения и обмундирования с номерами и нагрудными личными знаками. Ценные сведения давали солдатские записные книжки, дневники с кратким изложением действия войсковой части, карты, найденные в сумках убитых офицеров с нанесенными расположениями войск, конверты от писем с обозначением точного адреса японского военнослужащего (армия, дивизия, полк, рота) и т. п. Еще одним источником получения сведений о противнике являлась иностранная печать, хотя и здесь были свои трудности. Прежде всего, не хватало переводчиков, особенное хорошим знанием письменного японского языка. К тому же японцы весьма строго следили за тем, чтобы в прессу не просачивалась информация военного характера. И, тем не менее, из японской печати все-таки можно было черпать кое-какие сведения о противнике. К ним относились официальные донесения японских начальников (особенно в начале войны) и отдельные объявления в японских газетах. Значительно больший интерес представляли корреспонденции иностранных военных журналистов, побывавших на театре военных действий с японской стороны и напечатавших свои наблюдения без цензуры в своих странах. В этих корреспонденциях содержались порой интересные данные о тактике японской армии, моральном духе, некоторых вопросах ее материально-хозяйственного обеспечения.
