1946 года полковника Серебрянского отправили на пенсию «по состоянию здоровья».
В июле 1951 года был освобожден от должности и арестован B.C. Абакумов как не проявивший должной активности в разработке «дела врачей». Министром госбезопасности Сталин назначил С.Д. Игнатьева.
В 1952 году Игнатьев отдал приказ о разработке в Бюро № 1, совместно с ГРУ Генштаба плана диверсионных операций на американских военных объектах — на случай «большой войны».
«Мы, — вспоминает Судоплатов, — определили 100 целей, разбив их на три категории: военные базы, где размещались стратегические ВВС с ядерным оружием; военные сооружения со складами боеприпасов и боевой техники, предназначенные для снабжения американской армии в Европе и на Дальнем Востоке; и наконец, нефтепроводы и хранилища топлива для войск НАТО, а также войск противника на Ближнем и Дальнем Востоке возле наших границ».
5 марта 1953 года умер И.В. Сталин. В этот же день МВД и МГБ были вновь объединены в единое Министерство внутренних дел СССР. Министром внутренних дел и заместителем председателя Совета министров СССР был назначен Л.П. Берия. 21 марта Судоплатов был назначен заместителем начальника Первого главного управления (контрразведка) МВД СССР. А 30 мая он становится начальником 9‐го (разведывательно-диверсионного) отдела МВД СССР, созданного на базе Бюро № 1. В мае 1953 года перед 9‐м отделом была поставлена задача по нейтрализации стратегических наступательных сил ВМС и ВВС США.
В связи с формированием бригады особого назначения Берия и Круглов одобрили предложение Судоплатова привлечь наших специалистов по разведке и партизанским операциям к активной работе в органах.
Уволенные из органов Василевский, Зарубин и его жена, Серебрянский, Афанасьев, Семенов, Таубман вновь были возвращены на Лубянку для продолжения службы.
Таким образом, опыт разведработы Серебрянского в очередной раз был востребован. 30 мая 1953 года Яков Исаакович вернулся на службу в центральный аппарат МВД в 9‐й отдел, ставший преемником Четвертого управления НКВД — НКГБ. Однако уже 31 июля функции 9‐го отдела были переданы Второму главному управлению МВД СССР, и через несколько месяцев судьба Серебрянского снова резко изменилась.
Произошло ошеломляющее событие. Отсутствие у Берии надежных союзников в высшем партийном руководстве привело в итоге к его падению. 26 июня 1953 года, во время очередного заседания Президиума (позднее Политбюро) ЦК ВКП(б) Л. Берия был арестован.
Н.С. Хрущев объявил присутствующим, что Берия планировал совершить государственный переворот и арестовать весь состав Президиума ЦК ВКП(б).
21 августа 1953 года по ложному обвинению в причастности к «заговору Берии» были арестованы П.А. Судоплатов и Н.И. Эйтингон. Вскоре после ареста Судоплатова всех принятых им на службу бывших «врагов народа» снова уволили, а 8 октября 1953 года Я. Серебрянский в 4‐й раз был арестован. Якова Исааковича обвинили в том, что он избежал высшей меры наказания в начале войны только благодаря заступничеству Судоплатова. А Павлу Анатольевичу инкриминировали преступные связи с «врагами народа» — Серебрянским, Малли, Сосновским, Шпигельгласом и др. нелегалами.
В ходе следствия по уголовному делу, возбужденному в 1953 году против Серебрянского, никаких доказательств причастности его к «заговорщической деятельности Берии» выявлено не было.
Однако освобождать Серебрянского, Судоплатова и Эйтингона не собирались. Легендарные разведчики никогда не участвовали в борьбе партийных кланов за власть, тем не менее знали «слишком много» об участии Хрущева, Кагановича, Маленкова, Молотова и др. «верных соратников Сталина» и «друзей Берии» в политических репрессиях 1930‐х годов.
И тогда был сделан следующий шаг: следуя указаниям инстанций, следствие реанимировало старое уголовное дело за № Н-15222. «Служители Фемиды» вновь признали осуждение четы Серебрянских в 1941 году законным и обоснованным. Двуличие и подлость политической верхушки проявились в полной мере!
По представлению Генеральной прокуратуры СССР Президиум Верховного Совета СССР 27 декабря 1954 года отменил свое постановление от 9 августа 1941 года об амнистии Я.И. и П.Н. Серебрянских. На Полину Натановну также завели уголовное дело. Старое дело Серебрянского было поднято из архива и направлено в Верховный суд СССР с предложением заменить ему высшую меру наказания 25 годами лишения свободы с отбыванием срока в исправительно-трудовом лагере.
Но и после этого интенсивные допросы Серебрянского (теперь уже у следователей Генпрокуратуры СССР) продолжались. Меры физического воздействия к Якову Исааковичу не применялись, однако постоянно оказывали на него психологическое давление с целью получения нужных признательных показаний. Сердце много повидавшего и пережившего разведчика-нелегала не выдержало: 30 марта 1956 года в Бутырской тюрьме на очередном допросе у следователя Военной прокуратуры генерал-майора Цареградского Яков Исаакович скончался от сердечного приступа на 64‐м году жизни. Точное место его захоронения до сих пор неизвестно.
Борьба за реабилитацию Якова Исааковича и Полины Натановны Серебрянских была невероятно тяжелой.
Только 4 августа 1966 года Военной коллегией Верховного суда Союза ССР в составе председательствующего генерал-майора юстиции Терехова, полковника юстиции Курбатова и подполковника юстиции Смирнова в порядке статей 337 и 388 УПК РСФСР уголовное дело по обвинению П.Н. Серебрянской было пересмотрено.
Рассмотрев материалы дела и дополнительного расследования, Военная коллегия Верховного суда СССР, соглашаясь с заключением и руководствуясь ст. 50 «Основ уголовного судопроизводства Союза ССР и союзных республик»
ОПРЕДЕЛИЛА:
«Приговор Военной коллегии Верховного суда СССР от 7 июля 1941 года в отношении Серебрянской Полины Натановны по вновь открывшимся обстоятельствам отменить и дело прекратить за недоказанностью ее участия в совершении преступления».
Получив 8 августа 1966 года справку о реабилитации, Полина Натановна с неиссякаемой энергией повела борьбу за восстановление честного имени своего мужа.
Из воспоминаний Анатолия Яковлевича Серебрянского:
«Август 1966 года. Маму приглашают в ГВП на Кировскую, чтобы выдать справку о реабилитации. Майор административной службы ГВП Юрьева говорит: «Мы подготовили справки не только для вас, но и для Якова Исааковича. В последний момент Руденко не разрешил».
До реабилитации отца оставались еще долгие пять лет».
12 ноября 1968 года Полина Натановна получила из Главной военной прокуратуры ответ за № 4в-23053—39, подписанный старшим помощником главного военного прокурора полковником юстиции Н. Зарубиным:
«Ваша жалоба от 28 октября 1968 года по делу Серебрянского Якова Исааковича, адресованная в Главную военную прокуратуру, рассмотрена и оставлена без удовлетворения. Оснований для реабилитации Серебрянского Я.И. не имеется».
Следует заметить, что ни руководство разведки, ни иные компетентные органы в течение полутора десятков лет не предпринимали мер по реабилитации Я.И. Серебрянского. Разыскать рабочее дело Серебрянского и установить, какую пользу он принес советской разведке, не представлялось возможным. Однако затем ситуация изменилась.
В марте 1971 года Полина Серебрянская направила жалобу в адрес XXIV съезда КПСС. Примерно в то же время в КГБ при СМ СССР шла подготовка первого учебника по истории советской внешней разведки. Председатель КГБ при СМ СССР Ю.В. Андропов, узнав о героической и вместе с тем трагической судьбе Я.И. Серебрянского, распорядился провести серьезное дополнительное расследование. Проверку проводил A.Д. Бобков и он представил Юрию Владимировичу положительный отзыв. Слово Андропова, в то время кандидата в члены Политбюро ЦК КПСС, имело большой вес. И уже 12 апреля 1971 года Полина Серебрянская получила ответ из Верховного суда СССР за подписью заместителя председателя С. Банникова (№ 4в-02854/55):
«Сообщаю, что ваша жалоба от 3 марта 1971 года, адресованная XXI съезду КПСС, передана для рассмотрения в Верховный суд СССР, откуда она вместе с уголовными делами в отношении Вашего мужа Серебрянского Я.И., возбуждавшимися в 1938 и 1953 годах, направлена для дополнительной проверки
